徐光启面临着巨大的压力。他知道，这两起事件虽是试行中不可避免的“阵痛”，却也是对手精心挑选的攻击点。他必须谨慎应对，既要维护新政的严肃性，又要避免被对手牵着鼻子走。
他首先以个人名义，给李之藻去信，肯定了其严格执法、不徇私情的做法，并指示：对于走私案，务必查明背后是否还有更大牵扯，但需注意方式方法，避免激起地方全面反弹；对于技术纠纷，要支持宋应星实事求是，同时也要讲究策略，对确因技术局限导致的误差，可酌情灵活处理，但必须记录在案，作为今后改进依据。
同时，他亲自起草奏章，回应朝中攻击。在奏章中，他坦然承认试行过程中发现了问题：一曰“奸商欺瞒，法当严惩”，将陈三宝案作为“法网恢恢，疏而不漏”的正面案例，强调严格执行条则的必要性；二曰“器物初用，尚待精进”，将勘验纠纷归因于“格致之学，精益求精”过程中的正常困难，并汇报了宋应星已发现问题并着手改进的情况。最后，他话锋一转：
“……陛下，试行者，试其可行与否，亦试其弊病何在也。今月港甫开，即查获奸私，可见条则非虚设；勘验遇疑，即知器物需改良，可见实学无止境。此皆试行应有之义，何足为怪？若因噎废食，见小弊而弃大政，则天下永无可成之事！臣请陛下假以时日，使臣等可继查奸宄以儆效尤，精研器物以利勘核。待航道清、税基稳、法度明、器物精，则试行之效，必将彰显！”
奏章呈上，徐光启又通过内廷关系，将月港查获私盐、香料的实物样品（极小部分）及宋应星关于仪器问题的改进方案摘要，设法呈送御前。万历皇帝看着那些陌生的走私货样和满是齿轮、角度标注的草图，虽不明所以，但“查获奸私”、“精研器物”这些字眼，还是让他觉得徐光启是在认真办事、解决问题，而非推诿搪塞。
“开埠之事，本就艰难。”皇帝对张宏道，“徐先生能直面问题，想法子解决，便好。告诉那些弹劾的人，试行才刚开始，有点波折正常，不必大惊小怪。让徐先生和李之藻，继续仔细办着。”
皇帝的再次表态，暂时稳住了阵脚。然而，徐光启深知，月港的“规则”与“反规则”之争，才刚刚拉开序幕。查获一个陈三宝，震慑的只是小角色；仪器的一点误差，暴露的也只是技术冰山一角。那些更深藏不露的势力，那些更巧妙的走私手法，那些对“格致”新知更顽固的抵触，都将在接下来的日子里，以更隐蔽或更激烈的方式，不断挑战着这道刚刚建立的、脆弱的海洋新秩序。
而在江南，赵宸收到各方消息后，只是淡淡评价了一句：“立规矩不难，难在让人守规矩，更难在让守规矩的人觉得有利可图。徐华亭此番，是真正开始‘摸石头过海’了。”他知道，月港的每一道波涛，都将为帝国未来的海洋战略，提供最真实也最宝贵的经验与教训。
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