此外，乾隆帝还从西北边防军中抽调精锐兵力，组建了一支由满、汉、蒙古、回等多个民族组成的平叛大军，共计三万余人。这支大军中，既有擅长骑兵作战的八旗子弟与蒙古骑兵，也有擅长步兵作战的汉族士兵，还有熟悉西域地形的回部士兵，兵种齐全，战斗力强劲。乾隆帝特意叮嘱雅尔哈善与额敏和卓，要“严明军纪，善待百姓，严禁烧杀抢掠，以安抚民心为首要任务”，确保清军得到西域各族百姓的支持。
筹集粮草武器，保障后勤供应
西域路途遥远，后勤保障是平叛战争的重中之重。乾隆帝下令，由陕甘总督负责筹集粮草、武器与物资，从甘肃、陕西等地调拨粮食、布匹、药品、武器等，通过陆路运输，运往天山北路的清军驻地。为了解决粮草运输困难的问题，乾隆帝采取了“军屯自给、就地筹粮”的策略，命令清军在天山北路的巴里坤、乌鲁木齐等地开展军屯，组织士兵开垦土地，种植粮食，同时鼓励当地百姓与商人向清军出售粮食，给予丰厚的报酬。
此外，乾隆帝还下令修缮西域的交通要道，修建驿站，设立粮站，确保粮草、武器能够及时运往前线；同时，派遣专人负责后勤管理，严禁官员克扣、挪用粮草物资，若有违反，一律严惩不贷。经过数月的筹备，清军筹集了足够的粮草与武器，建立了完善的后勤保障体系，为平叛战争的顺利推进提供了坚实的物质基础。
安抚西域各族，瓦解叛军势力
乾隆帝深知，平叛战争不仅是军事上的较量，更是人心的较量。因此，在出兵平叛的同时，他采取了“安抚为主、军事为辅”的策略，大力安抚西域各族百姓，瓦解大小和卓的叛军势力。
首先，乾隆帝下旨，明确表示清军出兵的目的是“平定叛乱、解救回部百姓、维护西域安定”，并非针对回部百姓与伊斯兰教，严禁清军伤害无辜百姓、破坏宗教场所；同时，宣布废除大小和卓推行的繁重赋税与徭役，对归顺清朝的回部百姓，一律减免赋税，给予妥善安置。
其次，乾隆帝派遣额敏和卓前往天山南路，联络回部中的爱国贵族与宗教人士，向他们宣传清军的平叛宗旨，揭露大小和卓的残酷统治与叛乱真相，争取他们的支持。额敏和卓凭借自己的威望与影响力，成功说服了许多回部贵族与宗教人士归顺清朝，他们纷纷组织百姓，反抗大小和卓的叛军，为清军提供情报、粮草与兵力支持。
此外，乾隆帝还安抚天山北路的蒙古族、汉族等各族百姓，鼓励他们支持清军平叛，同时严防准噶尔部残余势力趁机作乱，确保清军后方的稳定。通过这一系列举措，清军逐渐赢得了西域各族百姓的支持，大小和卓的叛军陷入了孤立无援的境地。
三、浴血平叛：清军的征战历程
乾隆二十三年，一切筹备就绪，雅尔哈善率领清军主力从天山北路出发，正式开启了平定大小和卓叛乱的征程。平叛战争历时两年，分为“初战告捷、遭遇挫折、决战获胜、肃清残余”四个阶段，清军历经艰辛，浴血奋战，最终彻底平定了大小和卓叛乱。
第一阶段：初战告捷，收复库车
库车是天山南路的战略要地，也是大小和卓叛军的重要据点，由霍集占亲自率领叛军驻守。雅尔哈善率领清军抵达库车后，并未急于攻城，而是采取了“围城打援”的战术，派重兵包围库车城，同时派遣一支精锐部队，埋伏在库车城外的必经之路，拦截前来增援的叛军。
霍集占深知库车的重要性，因此，在清军包围库车后，多次组织叛军出城反击，试图突破清军的包围，但都被清军击退。与此同时，波罗尼都派遣的援军，在前往库车的途中，遭到清军的伏击，全军覆没，库车城彻底陷入孤立无援的境地。
清军包围库车城数月后，城内叛军的粮草逐渐耗尽，士兵士气低落，许多叛军士兵纷纷逃出城外，向清军投降。霍集占见大势已去，不敢继续坚守库车，趁着夜色，率领少数亲信，从库车城的西门突围，逃往叶尔羌。霍集占逃走后，库车城内的叛军群龙无首，纷纷打开城门，向清军投降。清军顺利收复库车，取得了平叛战争的首场大捷。
收复库车后，雅尔哈善按照乾隆帝的旨意，安抚城内的回部百姓，废除大小和卓推行的苛捐杂税，发放粮食与布匹，帮助百姓恢复生产。同时，清军在库车设立行政机构，派遣官员管理，加强对库车的控制，为后续的征战奠定了基础。
第二阶段：遭遇挫折，调整战略
清军收复库车后，士气大振，雅尔哈善率领清军继续南下，向叶尔羌、喀什噶尔进军，目标直指大小和卓的老巢。然而，由于雅尔哈善骄傲自满，指挥失误，清军在进攻叶尔羌的过程中，遭遇了重大挫折。
霍集占逃往叶尔羌后，与波罗尼都会合，重新集结叛军，加固叶尔羌城的防御，准备与清军决战。雅尔哈善率领清军抵达叶尔羌后，不顾清军长途跋涉、疲惫不堪的现状，急于求成，下令立即攻城。叶尔羌城城墙高大坚固，叛军防守严密，清军多次攻城，都被叛军击退，伤亡惨重。
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