更严重的是，雅尔哈善忽视了叛军的援军，没有派遣部队拦截，导致波罗尼都从喀什噶尔派遣的援军顺利抵达叶尔羌，与城内叛军汇合，叛军的兵力大幅增加。清军陷入了腹背受敌的困境，不得不停止攻城，撤退至库车，坚守待援。
清军进攻叶尔羌失利的消息传到北京后，乾隆帝大怒，严厉斥责雅尔哈善“指挥失误、骄傲自满、贻误战机”，下令将雅尔哈善革职查办，任命兆惠为新任靖逆将军，接管平叛大军，重新制定平叛战略。
兆惠是清代着名的军事将领，久经沙场，作战经验丰富。他接管平叛大军后，并没有急于出兵，而是先深入了解西域的地形地貌、叛军的兵力部署与回部百姓的情况，然后制定了“稳扎稳打、逐步推进、分化瓦解”的平叛战略：一方面，加强清军的防御，巩固库车、阿克苏等已收复地区的统治，安抚百姓，筹集粮草；另一方面，派遣小股部队，深入叛军控制区域，骚扰叛军，搜集情报，瓦解叛军的势力；同时，继续联络回部贵族与宗教人士，争取他们的支持，孤立大小和卓的叛军。
第三阶段：决战昆仑，平定叛乱
乾隆二十四年，兆惠率领清军主力，再次南下，向叶尔羌、喀什噶尔进军。此时，清军经过休整，士气高涨，后勤保障充足，且得到了回部百姓的广泛支持；而大小和卓的叛军，由于长期被清军围困，粮草短缺，士气低落，且内部矛盾重重，许多叛军士兵不愿继续为大小和卓卖命，纷纷投降清军。
清军首先进攻叶尔羌，兆惠采取了“围城断水、分化瓦解”的战术，派重兵包围叶尔羌城，切断城内的水源与粮草供应，同时派遣额敏和卓前往城外，向城内的叛军士兵宣传清军的政策，劝他们投降。城内的叛军士兵，在缺水缺粮、走投无路的情况下，纷纷打开城门，向清军投降。霍集占见叶尔羌城无法坚守，再次率领少数亲信，逃往喀什噶尔，与波罗尼都会合。
清军收复叶尔羌后，乘胜追击，向喀什噶尔进军。喀什噶尔是大小和卓的老巢，也是回部的宗教中心，叛军的防御极为严密。兆惠率领清军抵达喀什噶尔后，并没有急于攻城，而是先派遣部队，占领喀什噶尔城外的制高点，切断叛军的退路，然后组织清军，对喀什噶尔城发起猛攻。
波罗尼都与霍集占率领叛军，在喀什噶尔城内顽强抵抗，试图坚守城池，但叛军士兵士气低落，战斗力低下，根本无法抵挡清军的进攻。激战数日，清军攻破喀什噶尔城的城门，冲入城内，与叛军展开巷战。波罗尼都与霍集占见大势已去，不敢继续抵抗，率领少数亲信，从喀什噶尔城的东门突围，逃往中亚的巴达克山。
清军顺利收复喀什噶尔，彻底摧毁了大小和卓的割据政权。随后，兆惠率领清军，在回部百姓的支持下，迅速收复了天山南路的所有失地，平定了大小和卓的主力叛军，取得了平叛战争的决定性胜利。
第四阶段：肃清残余，巩固战果
波罗尼都与霍集占逃往巴达克山后，并没有放弃叛乱的野心，而是试图联络巴达克山的国王，寻求支持，伺机卷土重来。兆惠得知消息后，立即派遣使者前往巴达克山，向巴达克山国王施压，要求他交出大小和卓，否则清军将出兵攻打巴达克山。
巴达克山国王深知清军的强大，不敢得罪清朝，因此，在清军使者的压力下，派遣军队，擒获了波罗尼都与霍集占，将二人处死，并将他们的首级交给清军使者，送回北京。大小和卓被处死的消息传到西域后，残余的叛军群龙无首，纷纷向清军投降，大小和卓叛乱的残余势力被彻底肃清。
至此，历时两年的大小和卓叛乱，被清军彻底平定。这场平叛战争，清军历经艰辛，浴血奋战，不仅摧毁了大小和卓的割据政权，解救了回部百姓，还将天山南路彻底纳入大清的版图，实现了西域的统一与安定。
四、战后治理：长治久安的西域新政
乾隆帝平定大小和卓叛乱后，深知“平叛易，治理难”，若不能采取有效的治理措施，西域仍可能再次爆发叛乱。因此，他以“长治久安”为核心，推行了一系列西域新政，从政治、军事、经济、文化等多个方面，加强对西域的管辖，促进西域的稳定与发展，让西域成为大清领土不可分割的一部分。
政治治理：设立伊犁将军，完善行政体系
为了加强对西域的管辖，乾隆帝下令，在西域设立伊犁将军，作为西域的最高军政长官，负责管辖天山南北的所有地区，包括新疆全境以及巴尔喀什湖以东、以南的广大地区。伊犁将军的设立，标志着清朝对西域的管辖进入了一个全新的阶段，西域正式成为大清的一个省级行政区。
除了设立伊犁将军，乾隆帝还在西域完善了行政体系，将西域分为天山北路与天山南路，分别设立不同的行政机构进行管理：天山北路以乌鲁木齐为中心，设立迪化直隶州，由陕甘总督管辖，负责管理天山北路的汉族、蒙古族等各族百姓；天山南路以喀什噶尔为中心，设立喀什噶尔参赞大臣，协助伊犁将军管理天山南路的回部百姓，同时在叶尔羌、库车、阿克苏等重要城市，设立阿奇木伯克，负责当地的行政事务，阿奇木伯克由回部贵族担任，但必须服从清朝官员的管辖，接受伊犁将军与参赞大臣的监督。
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