有人认为“王含、钱凤的兵力是我们的百倍，苑城（今江苏南京玄武湖南，胡三省注：苑城是孙氏定都秣陵时所筑。晋在秣陵水北设置建康，南渡后建都，依靠苑城防守。）狭小不坚固，应该趁他们军势未成，天子亲自出兵抵抗。”郗鉴说：“叛贼放纵不羁，势不可挡；可以用计谋制服，难以凭力量竞争。况且王含等号令不一，劫掠不断，官吏百姓鉴于往年的残暴劫掠，都会各自防守。凭借顺逆的形势，何必担心不能取胜！而且贼兵没有长远的谋划，只靠像野猪一样冲击一战；时间长了，必定会激发义士的斗志，使他们的智慧和力量得以施展。现在用这样弱小的力量对抗强大的贼寇，在一时之间决胜负，在呼吸之间定成败，万一失利，即使有申包胥那样的人，立志救国，（胡三省注：《左传》记载，吴人攻入郢都，楚国大夫申包胥到秦国求救，最终保全了楚国。投袂，说匆忙；《传》说：楚子听说后，拂袖而起。）对已经发生的事又有什么补救呢！”明帝于是停止。
明帝率领各军出城驻守南皇堂。癸酉（初二）夜，招募壮士，派将军段秀、中军司马曹浑等率领一千精兵渡江，趁他们没有防备进行突袭。天亮时，在越城（今江苏南京秦淮河南）交战，大败贼兵，斩杀他们的前锋将领何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦听说王含战败，大怒说：“我哥哥是个老婢！家族衰败，大事完了！”回头对参军吕宝说：“我要尽力行动。”于是挣扎着起来，因身体困乏，又躺下。（胡三省注：气不能充满身体是困，力不能支撑身体是乏。）于是对他的舅舅少府羊鉴和王应说：“我死了，王应就即位，先设立朝廷百官，然后办理安葬事宜。”王敦不久去世，王应隐瞒死讯，用席子裹尸，外面涂蜡，埋在厅堂里，和诸葛瑶等日夜饮酒作乐。
明帝派吴兴人沈桢劝说沈充，许诺任命他为司空。沈充说：“三司是众人敬仰的重要职位，（胡三省注：《诗经·节南山》说：赫赫师尹，民具尔瞻。）岂是我能胜任的！礼物丰厚，言辞动听，是古人所警惕的。（胡三省注：《左传》记载，晋郤芮说：“礼物厚重而言辞动听，是在引诱我。”）况且大丈夫共事，应当始终如一，怎能中途改变，谁会容我呢！”于是起兵奔赴建康。宗正卿虞潭因病回到会稽，（胡三省注：按汉、晋以来，宗正列于九卿，但没有用“卿”字连缀官名；梁设置十一寺，才用“卿”字连缀。这里“卿”字是多余的。）听说后，在余姚（今浙江余姚）起兵讨伐沈充。明帝任命虞潭兼会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅都起兵讨伐沈充。义兴人周蹇杀了王敦任命的太守刘芳，（胡三省注：晋惠帝永兴元年，分吴兴的阳羡、丹阳的永世设立义兴郡。）平西将军祖约驱逐了王敦任命的淮南太守任台。（胡三省注：祖约驻守寿春，所以能驱逐任台。）
沈充率领一万多部众和王含的军队会合，司马顾扬劝沈充说：“现在发动大事，而天子已经控制了要害，前锋受挫，士气低落，相持久了，必定招致祸败。现在如果决开栅塘，借湖水灌京城，（胡三省注：这就是玄武湖水，在建康城北，今在上元县北十里。）趁水势，派水军进攻，这是上策；凭借刚到的锐气，合并东、西军的力量，（胡三省注：东军指沈充的军队；西军指王含、钱凤等的军队。）分十路并进，兵力超过对方一倍，按理必定能攻克，这是中策；转祸为福，召钱凤来商议事情，趁机杀了他投降，这是下策。”沈充都不采用，顾扬逃回吴郡。
丁亥（十六日），刘遐、苏峻等率领一万精兵到达，明帝连夜召见，慰劳他们，赏赐将士各有差别。沈充、钱凤想趁北方军队刚到疲惫的时候攻击他们，乙未（二十四日）夜，沈充、钱凤从竹格渚（今江苏南京西南长江边）渡过秦淮河。（胡三省注：秦淮河在今建康上元县南三里。秦始皇时，望气的人说金陵有天子气，派人凿山开沟来断绝地脉，所以叫秦淮河。有人说：淮水发源曲折，不像人工开凿的。）护军将军应詹、建威将军赵胤等抵抗作战失利，沈充、钱凤到宣阳门（今江苏南京朱雀门，胡三省注：晋定都建康，外城用篱笆环绕，各门都用洛阳城门的名称；宣阳门在城南面。），攻破栅栏，将要交战，刘遐、苏峻从南塘（今江苏南京秦淮河以南）拦击，大败他们，（胡三省注：晋定都建康，从江口沿淮河筑堤；南塘是秦淮河的南岸堤岸。）投水死的有三千人。刘遐又在青溪（今江苏南京玄武湖东南，胡三省注：青溪水发源于钟山，连接秦淮河，吴孙权凿城北壕沟来排泄玄武湖水。）打败沈充。寻阳太守周光听说王敦起兵，率领一千多人赶来。（胡三省注：沈约说：寻阳本是县名，因水名县，水向南流入长江，汉属庐江郡；惠帝永兴元年，分庐江、武昌设立寻阳郡，治柴桑县。）到后，请求见王敦。王应以生病为由推辞。周光退下说：“现在我远道而来却不能见他，主公大概死了吧！”立刻见他的哥哥周抚说：“王公已经死了，哥哥为什么和钱凤做贼！”众人都很惊愕。
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