丙申（二十五日），王含等烧毁营寨连夜逃跑。丁酉（二十六日），明帝回宫，大赦天下，只有王敦的党羽不赦免。命令庾亮统领苏峻等在吴兴追击沈充，温峤统领刘遐等在江宁追击王含、钱凤，分别命令各将领追击他们的党羽。刘遐的士兵大肆劫掠，温峤责备他说：“天道帮助顺应天命的人，所以王含被消灭，怎能趁乱作乱呢！”刘遐惶恐谢罪。
王含想投奔荆州，王应说：“不如去江州。”（胡三省注：荆州是王舒镇守；江州是王彬镇守。）王含说：“大将军平时和江州王彬关系怎么样，却想投奔他？”王应说：“这正是应该去的原因。江州王彬在别人强盛时，能提出不同意见，这不是一般人能做到的；现在看到我们困厄，必定有怜悯之心。荆州王舒循规蹈矩，怎能做出意外的事呢！”（胡三省注：王应的见识，还能超出平常，这就是王敦以他为继承人的原因吧！能提出不同意见，指王彬哭周顗、数落王敦的罪行、以及劝谏王敦不要叛逆。）王含不听，于是投奔荆州。王舒派兵迎接，把王含父子沉入江中。王彬听说王应要来，秘密准备船只等待；没来，深感遗憾。钱凤逃到阖闾洲（今江苏南京长江中，胡三省注：阖闾洲在江中。贺循说：江中险要之地，只有阖闾一处，地势险要隐蔽，是逃亡者聚集的地方。），周光杀了他，到朝廷赎罪。（胡三省注：《考异》说：《晋春秋》说“戴渊的弟弟戴良杀了钱凤”，现在依从《王敦传》。）沈充逃跑时迷路，误进吴儒家。吴儒引诱沈充进入复壁中，趁机笑着对沈充说：“我要得三千户侯了！”（胡三省注：当时朝廷悬赏杀钱凤的封五千户侯，杀沈充的封三千户侯。）沈充说：“你若出于道义放我，我家必定厚报你；若为利益杀我，我死了，你家族也会灭亡！”吴儒于是杀了他，把首级送到建康。王敦的党羽全部平定。沈充的儿子沈劲应当被处死，同乡钱举把他藏起来，得以幸免。后来，沈劲最终灭了吴氏。
有关部门挖开王敦的坟墓，挖出尸体，烧毁他的衣冠，让尸体跪着斩首，和沈充的首级一起悬挂在南桁（朱雀桁）。郗鉴对明帝说：“前朝诛杀杨骏等人，都先施加官刑，后允许私下殡葬。我认为君王的诛杀施加于上，私人的道义实行于下，应该允许王敦的家人收葬，从道义上更为弘大。”明帝同意。司徒王导等都因讨伐王敦的功劳受到封赏。
周抚和邓岳一起逃亡，周光想资助他的哥哥而抓获邓岳。周抚发怒说：“我和伯山（邓岳，字伯山）一起逃亡，（胡三省注：邓岳，字伯山。）为什么不先斩我！”恰逢邓岳到来，周抚出门远远对他说：“为什么不赶快离开！现在亲骨肉尚且想互相危害，何况别人呢！”邓岳掉转船头逃走，和周抚一起进入西阳（今湖北黄冈东）蛮人中。第二年，下诏赦免王敦的党羽，周抚、邓岳出来自首，得以免死，被禁锢。
前吴内史张茂的妻子陆氏，拿出全部家产，率领张茂的部曲作为先锋讨伐沈充，报丈夫的仇。（胡三省注：沈充杀张茂见上卷元帝永昌元年。）沈充失败后，陆氏到朝廷上书，为张茂未能阻止贼寇谢罪；（胡三省注：谢张茂守郡不能阻止寇虐，被沈充杀死。）下诏追赠张茂为太仆。
有关部门上奏：“王彬等是王敦的亲属，都应当除名。”下诏说：“司徒王导以大义灭亲，还将百世宽恕他，何况王彬等都是王导的近亲呢！”全都不追究。
下诏：“王敦幕府的主管官员除名，僚属禁锢。”（胡三省注：纲纪是综理府事的人；参佐是各僚属。）温峤上疏说：“王敦刚愎不仁，肆意杀戮，朝廷不能控制，骨肉不能劝谏；在他幕府中的人，常担心危亡，所以人们闭口不言，在路上只用眼神示意，实在是贤人君子走投无路，退隐待时的时候；（胡三省注：《周颂·酌》的诗说：遵养时晦。毛氏《注》说：遵，率；养，取；晦，暗。郑氏《笺》说：容忍这个昏庸的君主来让他的罪恶发展到极点。）推究他们的私心，怎会安心处之！像陆玩、刘胤、郭璞等人常和我说话，我完全了解。如果他们确实赞助引导王敦的凶逆，自然应当依法惩处；如果是被冤枉牵连为奸党，就应该加以宽恕。我认为陆玩等人的忠诚，已让圣上知道，我应当承担和贼寇同罪的责任；如果沉默不言，实在辜负了他们。希望陛下仁慈圣明，裁决此事！”郗鉴认为“先王建立君臣的教化，贵在坚守节操，为义而死。王敦的僚属，虽然多被逼迫，但进不能阻止他的叛逆阴谋，退不能脱身远逃，按照从前的准则，应当加以道义上的谴责。”（胡三省注：指以大义责备他们。）明帝最终听从了温峤的意见。
6冬季，十月，任命司徒王导为太保、兼司徒，加授特殊礼遇，西阳王司马羕兼太尉，应詹为江州刺史，刘遐为徐州刺史，代替王邃镇守淮阴（今江苏淮阴），苏峻为历阳内史，（胡三省注：为苏峻在历阳起兵埋下伏笔。）加授庾亮护军将军，温峤前将军。王导坚决推辞不接受。应詹到江州，官吏百姓不安定，应詹安抚他们，没有不高兴服从的。
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