处置完宗族，朝廷随即依“协从有别”之策，发落其余党羽。对于被裹挟或态度暧昧的将领如吴兰、雷铜，鉴于其最后时刻反正有功，依刘禅前诺，赦免其罪，但仍剥夺部分兵权，调任虚职或降级使用，既示惩戒亦安降人之心。二人得此宽宥，感激涕零，顿首谢恩，誓言效死，成为了安抚其他降将的活榜样。
与此同时，为迅速安定大局，朝廷双管齐下：
一在稳定军心。对永安、江州等地普通将士，宣布概不追究，并迅速拨付足量钱粮犒赏，由董允、费祎派能吏监督发放，确保每一文钱、每一粒米都落到实处，绝无克扣。军士们拿到实实在在的赏赐，惶恐之心顿去，纷纷称颂陛下与丞相仁德，军心遂定，有效防止了溃兵为祸的可能。
二在抚恤民生。刘禅特意下旨，言辞恳切，掷地有声：“此番动荡，军民皆有损伤，朕心甚恻。着令神农院医药司司正杜恕，即刻抽调精干医师，携《伤寒杂病论》中所载良方与充足药材，火速前往巴东、永安等受扰之地，妥善救治伤兵与受灾百姓，严防时疫发生。
所需一切药物钱粮，由少府与大司农协同保障，不得有误，若有延误，严惩不贷！”此旨一下，民间颂声四起，称颂陛下仁德，与李严之流形成天壤之别。
然清算过程并非全无波澜。一位与李严有姻亲关系的梓潼大姓官员，自恃家族势大根基深，门生故吏遍布朝野，竟在朝会上公然哭诉，称清算过苛，牵连太广，求陛下念及旧情，网开一面，言语间甚至暗藏机锋，指斥朝廷“鸟尽弓藏”，“恐寒了益州士人之心”。
御座上的刘禅面色沉静如水，眼中却闪过一丝不易察觉的厌烦与冷厉，他微微瞥了一眼诸葛亮，得到后者一个几不可察的颔首。
不待刘禅开口，早已准备妥当的董允立刻应声出列，手持一卷文书，朗声读出该官员自身虽未直接参与谋逆，但此前借李严之势贪墨官帑、排挤贤能、欺压百姓的数条劣迹，桩桩件件，时间地点人物俱在，证据确凿无疑，其贪渎之巨，令人侧目。
刘禅面色猛地一沉，当即厉声斥道：“旧情？若念旧情便可枉法，纲纪何存？国将不国！尔自身不端，竟敢妄言朝政，挟众邀赦，实乃罪加一等！拖下去，交由有司，严查不贷！”羽林郎应声而入，将那面如死灰、瘫软在地的官员拖出大殿。
此举雷霆万钧，如泰山压顶，瞬间震慑了所有还心存侥幸或想借机生事的残余势力，朝堂之上一片死寂，落针可闻，再无一人敢公开为李严党羽发声，充分显示了新政权的绝对权威和赏罚分明、不容置疑的钢铁决心。
经此朝会风波，再无阻挠，权力接管与重组随即全面展开。
朝廷论功行赏，破格用人：永安都督一职由赵云暂时兼任，老将军威名素着，到任后第一道命令便是修缮城防、抚恤伤亡，并亲自巡营，嘘寒问暖，军心遂定，防务得以迅速整饬，并对东吴方向保持高度警戒。
江州防务则由陈到暂时接管，霍弋因其在此次行动中表现出的沉稳、细致与果决（如精准控制李严家小、迅速稳定江州秩序、提供关键情报），虽朝臣中对霍弋的年轻略有微词，但陛下与丞相力排众议，刘禅更在朝堂上直言：“非常之时，当用非常之才。霍弋之能，忠勤可嘉，朕与丞相皆亲眼所见，足当此任！”
遂破格擢升其为江州督，实领江州防务，辅佐陈到，并继续负责对东吴的情报侦缉工作，委以重任。
此任命一出，彰显了朝廷用人不拘一格、唯才是举的决心，令年轻才俊振奋不已。
张苞、关兴平叛有功，率军凯旋成都，备受嘉奖，恩宠有加，其麾下龙骧营将士也获重赏，军威更盛，一时无两，成为成都百姓争相瞻仰的英雄。
经此一役，借清算李严的雷霆余威，朝野上下无人再敢公开质疑“格物司”及新政。朝会上，刘禅特意重申，语气斩钉截铁，目光扫视群臣：
“格物致知，乃强国之本。前时所议，绝非虚言。谯卿所领编撰之事，需再接再厉，务求精深实用，使之成为育才之典范、强国之基石！”
董允趁此大势，大力推行官吏选拔考核新标准，更多寒门学子与技术人才得以进入朝堂视野，带来一股锐意进取的清新之风。
费祎的财政改革也借此东风，新钱彻底站稳脚跟，物价趋于稳定，国库收入显着增加，初见成效。
一场巨大的政治危机，最终化为巩固权力、推进改革的强大动力。
雷霆过后，益州的天空虽已澄清，但每个人都知道，这平静之下，新的征程才刚刚开始。
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