而让真嗣一生都活在其阴影之下的冷酷父亲，碇源堂，其原型则被大家认定为是宫崎骏。
庵野秀明在职业生涯的早期，曾参与宫崎骏的旷世之作《风之谷》的制作。
他被委以重任，负责绘制其中最宏大、最复杂、也最能展现末日感的巨神兵场景。
真嗣无法理解碇源堂为何要抛弃一切，去追求那个疯狂的人类补完计划。就像年轻的痞子，同样无法理解宫崎骏，为何要对动画电影艺术，抱有那种近乎宗教般的、不容任何瑕疵的绝对追求。
于是一个看不上另一个的故弄玄虚，称其作品没用。另一个则嫌弃对方后期的作品无聊。
【叮。】
【受试体K03，归源基因（莉莉丝系）强化程序，完成。】
提示音在岳舟脑海中响起，但他没有立刻停止实验。他的目光穿透了强化舱，投向了整备区另一端，那台被无数拘束器和管线包裹的紫色巨人。
EVA初号机。
“皇后，开始第二阶段。”
【指令已确认。正在接管EVA初号机维生系统。】
整备区内，初号机的拘束器接口处，数十根粗大的神经接驳探针被一股无形的力量拔出。
没有丝毫的停顿，岳舟同步启动了第三阶段。一个早已准备好的、注入了真嗣基因蓝本的空白共生体，在培养槽中被激活。
一团深紫色的、充满了生命活力的生物质，瞬间成型。
在碇源堂的注视之下，一场与一年前在德国支部如出一辙的实验，再次上演。
那团深紫色的生物质扑向了紫色的巨人，一场无声的吞噬开始了。
构成初号机的庞大物质，被分解、同化、吸收。它内部蕴含的、源自S2机关的庞大能量，则被共生体本能地压缩、凝聚，最终在能量中枢位置，形成了一个稳定、独立的球形态能量核心。
真嗣专属的外丹。
【共生体意志绑定完成。】
强化舱的舱盖无声滑开。全新的真嗣，从生物凝胶中坐起身。一种前所未有的、充满了活力的感觉，流遍他的全身。
他低头看着自己那双变得有力的手，又抬头看向前方。
那团吞噬了整个初号机的深紫色生物质，正在他面前缓缓地、温柔地，凝聚成了一个人形。
一个穿着白色研究服、留着棕色短发、面容温柔的女人。
真嗣看着眼前的女人，身体僵住了。
那个只存在于模糊记忆中的形象，此刻，活生生地，站在了他的面前。
女人缓缓地蹲下身，伸出了由共生体物质构成的、温暖的双手。她没有说话，只是用那双和真嗣一模一样的、充满了爱与歉意的棕色眼眸，静静地看着他。
真嗣的嘴唇开始颤抖。他想叫一声妈妈，但喉咙却像被堵住了一样，发不出任何声音。
最终，这个少年伸出颤抖的双手，扑进了那个他梦见了无数次的怀抱。
“妈……”
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