最让人触目惊心的，是车上乘客的惨状。血肉模糊的遗骸散落在车厢内外，有的被压在扭曲的钢铁之下，有的挂在断裂的高压线上，还在冒着黑烟。有几位侥幸存活的伤者，浑身是血地从车厢里爬出来，一边哭喊着，一边试图寻找自己的亲人。围观的人群中，有人忍不住捂住了眼睛，发出压抑的抽泣声；带着孩子的家长，赶紧捂住孩子的眼睛，转身快步离开，孩子的哭声在混乱的现场格外刺耳。
一位当时路过的退休教师后来回忆：“我活了六十多岁，从来没见过这么惨的场面。公交车被炸得不成样子，地上全是血和碎肉，空气里的味道让人作呕。好多人站在路边哭，那种绝望的哭声，我这一辈子都忘不了。”
最先赶到现场的是附近派出所的民警，他们一边迅速疏散围观群众，设立警戒区域，防止发生二次事故，一边紧急拨打了急救电话。短短十几分钟内，300 多名民警陆续抵达现场，救护车的鸣笛声从四面八方传来，将伤者源源不断地送往附近的医院。
负责现场指挥的民警，看着眼前这片狼藉，内心充满了沉重与焦灼。“当时脑子里一片混乱，首先要弄清楚的是，这到底是意外事故，还是人为制造的爆炸？” 一位参与现场处置的老民警回忆道，“如果是意外，可能是车辆故障引发的燃气爆炸；但从现场的破坏程度来看，更像是人为携带炸药引爆。可如果是人为，凶手是谁？他还活着吗？”
这起爆炸案的严重性，很快引起了各级领导和公安部门的高度重视。当晚，福建省公安厅、厦门市公安局联合成立了 “6?24” 公交车爆炸案专案组，抽调了全省最精干的刑侦、技术和法医人员，全力投入案件侦破工作。那个夜晚，专案组的所有成员都没有合眼，他们在现场搭建了临时指挥部，制定了详细的侦破方案，兵分三路展开工作。
第一组警力负责维护现场秩序，清理现场残留物，尽快恢复交通通行。民警们穿着防护服，小心翼翼地清理着现场的遗骸和碎片，每一个细小的物品都被妥善保管，作为潜在的证据。为了避免破坏现场，他们甚至放弃了使用大型机械，用手和小型工具一点点清理，双手被划破是常有的事。
第二组警力承担起排查可疑人员的任务。他们以厦门为中心，辐射全省范围，对有盗窃、爆炸前科的人员，近期流入厦门的外来人员，以及各类重点管控对象进行逐一排查。同时，他们还走访了公交车沿线的商铺、居民和过往行人，希望能找到目击者，获取有价值的线索。
第三组是技术勘查组，这也是案件侦破的核心力量。技术人员带着专业设备，对爆炸现场进行了全方位的勘查，提取了爆炸残留物、车辆碎片和受害者的随身物品等大量物证。他们的目标很明确：通过技术分析，确定爆炸物的种类和数量，锁定爆炸中心点，为后续的侦破工作提供方向。
技术人员经过连续几天的细致勘查和反复比对，最终确定了爆炸的精确位置：位于车厢前部第六个座位右侧前方约 20 厘米的通道地板上。爆炸在地板上炸出了一个直径约 50 厘米的大洞，洞下方的钢梁从上到下被彻底撕裂，车轮外胎呈现粉碎性破坏，轮毂也严重凹陷。这些痕迹表明，爆炸物是被放置在车厢地板上引爆的，且威力巨大。
为了确定爆炸物的具体种类和数量，技术人员将提取到的残留物样本送往国家权威技术部门进行鉴定。经过专业分析，最终确认爆炸物为硝氨类炸药，总重量约 9 公斤。硝氨类炸药威力强劲，通常用于矿山开采和大型工程爆破，如此大剂量的炸药被带入公交车，显然是有预谋的犯罪行为。
与此同时，专案组的 49 名成员开始了一项艰巨的任务：核实车上所有乘客的身份和位置。当时，这辆公交车上共有 169 名乘客，其中 8 人在中途下车，幸免于难。要在短时间内核实 169 人的身份信息，并确定他们在车厢内的具体位置，难度极大。专案组采用了 “滚雪球式” 的排查方法：先找到幸存的乘客和部分遇难者家属，通过他们回忆同行的熟人或相邻的乘客，再顺藤摸瓜，逐步扩大排查范围。
这个过程异常繁琐。民警们白天走访幸存者和家属，晚上整理信息，常常忙到凌晨。有一位幸存的工人，因为爆炸导致听力受损，交流十分困难，民警们耐心地用纸笔与他沟通，花了整整一天时间，才从他口中了解到相邻几位乘客的信息。经过 20 多天的不懈努力，专案组终于核实了所有 169 名乘客的身份，并且绘制出了他们在车厢内的大致位置分布图。
身份核实工作完成后，案件侦破进入了关键阶段：锁定嫌疑人。专案组对所有乘客的背景信息进行了详细调查，包括他们的职业、社会关系、有无犯罪记录等。同时，法医对 40 名遇难者的遗骸进行了长达三个月的细致检验。在检验过程中，技术人员发现，所有遗骸上都没有发现自动引爆装置的残留物，这就排除了凶手安装定时炸弹后离开现场的可能性。
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