萧衍和范云早就认识，萧衍就把范云留下来参与军中机密事务。王亮在东昏侯在位的时候，总是左右摇摆、迎合讨好。萧衍到新林的时候，官员们都从小路去给萧衍表达归顺之意，只有王亮没派人去。东昏侯战败后，王亮出来见萧衍，萧衍说：“国家要倒了都不扶一把，还要你这个丞相干什么！”王亮说：“要是能扶得起来，您哪会有今天这举动啊！”从城里出来的人，有的会被抢劫。杨公则亲自带着手下的人在东掖门列阵，护送公卿和百姓，所以很多人出城都从杨公则的营地走。萧衍派张弘策先进入皇宫清理，封存府库和图书典籍。当时城里珍宝堆积如山，张弘策约束手下士兵，做到秋毫无犯。把潘妃以及得宠的大臣茹法珍、梅虫儿、王咺之等四十一人都交给相关部门处置。
当初，海陵王被废，王太后就搬去鄱阳王以前的府邸居住，那地方叫宣德宫。己巳日，萧衍以宣德太后的名义下令，追废涪陵王为东昏侯，褚皇后和太子萧诵都降为平民。任命萧衍为中书监、大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，封建安郡公，依照晋代武陵王司马遵秉承皇帝旨意行事的旧例，官员们都要向他致敬；任命王亮为长史。壬申日，把建安王萧宝寅改封为鄱阳王。癸酉日，任命司徒、扬州刺史晋安王萧宝义为太尉，兼任司徒。
己卯日，萧衍进驻阅武堂，下令大赦天下。又下令：“除了那些昏庸的制度、错误的赋税、过度的刑罚和滥用的徭役，其他的可以详细检查以前的规定，全部清除；对于那些负责看守而造成的损失，要精确地制定条例，都按照宽赦的原则处理。”还下令：“全面检查尚书各部门，东昏侯时期那些处理不合理的诉讼案件以及主管官员拖延不及时处理的事务，要仔细审讯分辨，根据具体情况商议后上奏。”另外下令：“收葬起义军队的遗体，掩埋叛军死亡者的尸体。”
潘妃长得极其漂亮，萧衍想把她留下来，就问侍中、领军将军王茂，王茂说：“导致齐灭亡的就是她，留下她恐怕会招来外面的议论。”于是就在狱中把潘妃勒死了，同时也杀了茹法珍等得宠的大臣。把两千名宫女赏赐给将士们。乙酉日，任命辅国将军萧宏为中护军。
萧衍向东进军的时候，豫州刺史马仙琕带兵不归附萧衍，萧衍派他的老朋友姚仲宾去劝说，马仙琕先摆了酒席招待，然后在军门前把姚仲宾斩了示众。萧衍又派马仙琕的族叔马怀远去劝，马仙琕说：“为了大义可以不顾亲情。”又要把马怀远斩了；军中众人求情，才免了一死。萧衍到新林的时候，马仙琕还在长江西边每天抢劫萧衍的运粮船。萧衍包围宫城后，各州郡都派使者来请求投降，只有吴兴太守袁昂据守境内不接受命令。袁昂是袁顗的儿子。
萧衍派驾部郎考城人江革给袁昂写信说：“树根都倒了，枝叶还能依附在哪里呢？现在还为昏君竭尽全力，这算不上忠诚；家门都被灭了，也不能说是孝顺。哪比得上赶紧改变主意，给自己招来更多福运呢！”袁昂回信说：“三吴地区是内地，不是用兵打仗的地方；何况我这只是一个偏僻的小郡，又能有什么作为呢！自从得知您率军到来，大家都到军门前屈膝投降。只有我一个人敢来得晚，实在是因为我衡量自己，才能平庸，文武方面都没什么本事，就算想献上忠心，也不能增加您大军的勇猛；就算我沉默不语，也不至于减弱大军的威风。幸好将军您有宽宏大量的胸怀，我才得以以礼相待，从容行事。我觉得哪怕别人只是给过一顿饭这样微小的恩情，我昨天也愿意为他卖命；何况我吃着朝廷的俸禄，怎么能一下子就忘掉，这不光是舆论不允许，恐怕您也会看不起我，所以我才犹豫不决，没来得及献上降书。”
袁昂向武康令北地人傅映询问当前局势，傅映说：“以前元嘉末年，局势前所未有的艰难，所以太尉为了表明气节而牺牲。司徒肩负重任，按道理不能苟且偷生，所以不顾危险，坚守道义。现在继位的君主昏庸残暴，一点都没有悔改；荆州、雍州一起举兵，占据上游，天意人心已经很明显了。希望您仔细考虑，不要后悔。”等到建康平定，萧衍派豫州刺史李元履去巡视安抚东部地区，告诫李元履说：“袁昂出身于道德高尚的家族，世代都有忠诚的气节，天下人都应该包容他，不要用武力去欺凌他。”李元履到了吴兴，传达萧衍的旨意；袁昂也不请求投降，只是打开城门，撤去防备。
马仙琕听说台城失守，大哭着对将士们说：“我受别人的信任和托付，按道义不能投降，你们都有父母，我做忠诚的臣子，你们做孝顺的儿子，这样不也挺好吗！”于是把城里的士兵都打发出去投降，自己带着几十个壮士，关起门独自坚守。没过多久，士兵们冲进来，把他围了几十层。马仙琕让士兵们都拉满弓，围上来的士兵不敢靠近。天黑的时候，马仙琕才扔掉弓箭说：“你们来抓我吧，我按道义绝不投降！”于是被装进囚车送到石头城。萧衍把他放了，等袁昂到了，让他们一起进来，说：“让天下人看看这两位义士。”萧衍对马仙琕说：“管仲射中齐桓公的衣带钩，寺人披斩断晋文公的衣袖，这些行为在以前都被人赞美。你不要因为杀了使者、截断运粮而心里有顾虑。”马仙琕道歉说：“我就像丢了主人的狗，新主人喂养我，我就又会为他效力了。”萧衍笑了，对他们都很好。丙戌日，萧衍进入宫殿镇守。
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