经层层筛选、反复考察，吴鼎最终举荐礼部郎中温彦为宗教管理司司长。温彦出身儒学世家，自幼饱读诗书，博通三教源流，对各类宗教教义、典章习俗了然于胸；其为人公正不阿，历任地方教化之职，在任期间曾妥善处置多起民间宗教纠纷，政绩卓着，深得民心。萧燊闻讯，即刻传召温彦入宫觐见，当面询问教务整治之策。温彦入宫后，举止端庄，对答如流，既阐述了对当前教务乱象根源的深刻认知，又提出了“先核查、后规范、再引导”的分步推进思路，见解独到，言辞恳切，深合萧燊心意。萧燊甚为满意，当即下旨，任命温彦为宗教管理司司长，赐尚方宝剑一柄，许其便宜行事之权。
司长人选确定后，宗教管理司各司职位亦相继确定：吴鼎从户部遴选精通田产核算的主事协管宗教场所田产核查，确保田产核查精准无误；从刑部选调执法严明的主事协管违法案件处置，保障执法公正；同时奏请玄夜卫派驻十名干练人员，协助调查隐秘乱象，肃清积弊。各司官员皆为经过严格筛选的干练之才，入职后迅速熟悉业务，协同配合，宗教管理司机构渐趋完善，权责明晰。
为确保政策落地，吴鼎亲自组织司内官员研习教务管理方略及各项细则，逐条拆解分析，明确各岗位职责与工作流程，制定详尽的核查流程、申报规范、处罚标准等实操细则，要求官员熟练掌握。同时，吴鼎通令全国各州府，要求地方官密切配合宗教管理司开展工作，限期一个月内完成辖区内宗教场所数量、田产规模、人员构成等核心信息的统计上报，为后续整治工作奠定坚实基础。各地州府不敢怠慢，即刻组织人手开展统计工作，及时上报中枢。
筹备月余，宗教管理司正式挂牌办公。挂牌当日，萧燊亲派内侍传旨慰问，传谕众官员：“尔等身负整饬教务、安定民心之重责，当牢记初心，秉公执法，体恤民情，坚守国法底线，使宗教归位教化之本；同时需宽严相济，引导宗教界为国家安定、抗倭备战助力。若有徇私枉法、懈怠渎职者，朕必严惩不贷！”众官员肃立于司衙大堂，齐声领旨：“臣等遵旨！必恪尽职守，不负圣望！”随后各归其位，正式履职。
宗教管理司成立伊始，便将宗教场所资质与田产核查列为首要工作。温彦亲自挂帅，抽调核查科与玄夜卫派驻人员组成十个核查专班，分赴全国各地督导工作，同时发布公告，严令各宗教场所限期半个月内如实申报田产、人员信息，逾期未报或申报不实者，从严处置，绝不姑息。公告发布后，多数宗教场所心存忌惮，主动开始整理信息，准备申报；但仍有部分势力庞大的宗教场所恃势骄横，拒不配合。
核查工作推进之初，便遭遇不小阻力。江南苏州某大寺，历史悠久，信众众多，田产丰厚，远超规制数倍，寺主仗着背后有地方豪强支持，不仅拒不申报，更唆使百余僧众手持棍棒、法器阻拦核查人员，在寺门外叫嚣谩骂，气焰嚣张至极。核查专班无奈，只得迅速将情况上报温彦。温彦闻讯，怒不可遏，即刻调派当地府兵三百人协助，亲自率领专班前往寺中处置。抵达寺外后，温彦身着官服，手持尚方宝剑，立于阵前，出示中枢诏令，严正声明：“中枢整饬教务，乃为安定民心、稳固国本，凡违抗规制者，必依法处置，绝不姑息。尔等若敢顽抗，休怪国法无情！”声如洪钟，震慑全场。
寺主见温彦态度坚决，手持尚方宝剑，身后府兵戒备森严，深知无法抗衡，心中畏惧，只得收敛气焰，急忙上前躬身致歉，乖乖同意申报田产。核查专班随即入驻寺庙，逐一核查田产账簿与实地地块，经查，该寺侵占周边民田达两千亩，涉及农户百余户。温彦当即下令，限寺主十日之内将侵占田产全数归还于民，并对寺主处以重金罚金，责令其公开向受害百姓致歉；同时将此案通报全国，警示各地宗教场所。此案例一经通报，震慑了诸多心存侥幸的宗教场所，各地核查工作得以顺利推进。
在西北凉州，宗教管理司核查专班暗访时发现，此前奏报中提及的某道观观主，不仅借宗教之名大肆聚敛钱财，更勾结地方劣绅干预诉讼，收取贿赂，颠倒黑白，致数户百姓蒙冤家破人亡，当地民怨沸腾。温彦闻讯，即刻联合当地布政使、按察使，组建专项调查组展开调查取证。调查组乔装打扮，深入民间走访受害百姓，搜集证据，历时半月，终于掌握了观主违法乱纪的确凿证据。随后，温彦下令抓捕观主及涉案劣绅，依法将其逮捕入狱；将道观非法所得财产全数充公，一部分用于抚恤受害百姓，一部分用于当地民生工程，平息了民怨。
经数月密集核查整治，全国共清理宗教场所侵占民田数万亩，全数归还于民，惠及农户数千户；查处违法违规宗教场所百余处，其中取缔非法场所三十余处，处置涉案人员两百余人，其中不乏罪大恶极者，被判处流放、斩首之刑。宗教场所乱象得到有效遏制，百姓拍手称快，奔走相告，纷纷称赞朝廷举措英明；地方治理秩序亦随之清明，民心渐稳。
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