在失去陈岩的巨大悲痛中，林悦带领反抗组织继续追查生化危机的根源。通过破解深海议会残留的数据，他们发现一切灾难的背后，指向位于南美洲雨林深处的神秘组织“普罗米修斯”。这个组织表面上是致力于生态保护的国际基金会，实则在雨林腹地的地下实验室中，进行着将人类基因与远古生物融合的疯狂实验。
林悦等人深入雨林后，发现这里的生态系统已被彻底扭曲。树木表面长满蠕动的触须，溪流中潜伏着形似鳄鱼却长着翅膀的“鳄翼兽”，而空气中弥漫的孢子会让人产生强烈的幻觉。更诡异的是，当地原住民感染病毒后，变异成了拥有预知能力的“先知者”，他们在丛林中搭建祭坛，将活人献祭给所谓的“雨林之神”。
随着探索的深入，小队遭遇了普罗米修斯的精英部队“基因猎手”。这些士兵的身体经过基因改造，不仅拥有超强的自愈能力，还能根据战斗环境切换不同的生物特性：有人的皮肤能瞬间硬化成甲壳，有人则能像变色龙一样隐身。在与基因猎手的交锋中，小雨展现出惊人的黑客天赋，她黑入对方的神经控制系统，短暂扰乱了敌人的行动节奏。
在一座古老的玛雅神庙遗址下，林悦等人发现了普罗米修斯的核心实验室。巨大的培养舱中浸泡着融合恐龙基因与人类DNA的“始祖体”，一旦苏醒，将释放足以毁灭大陆的远古病毒。而实验室的监控画面显示，普罗米修斯的首领——一位自称“造物主”的神秘人，正在策划一场全球性的“基因净化”计划，他妄图通过病毒筛选出“完美人种”，重塑人类文明。
为了阻止病毒释放，林悦带领小队与基因猎手展开殊死搏斗。在战斗中，林悦发现自己的变异能力与始祖体产生了共鸣，她能感知到对方的弱点。然而，“造物主”却启动了实验室的自毁程序，同时派出更强大的生化兵器“利维坦II型”追杀众人。这只由深海巨兽基因改造而来的怪物，不仅拥有坚不可摧的外壳，还能喷射溶解一切的强酸。
在神庙即将崩塌之际，林悦冒险进入核心舱室，利用自身的变异能量与始祖体进行对抗。小雨则在关键时刻破解了“造物主”的防御系统，揭露了他的真实身份——竟然是保护伞公司的创始人之一，为了实现自己扭曲的“人类进化”理念，不惜制造一场又一场灾难。
最终，林悦成功摧毁了始祖体，但“造物主”却趁乱逃脱。当小队从爆炸的神庙中死里逃生时，他们发现雨林中的病毒已开始向周边国家扩散。更糟糕的是，暗网流传出一段视频，“造物主”站在一架巨型空天母舰前，身后是密密麻麻的病毒发射舱。林悦握紧拳头，眼神坚定地看向远方：“下一次，我们绝不会让他得逞。”
陈玥萧等人摧毁靖国神社地下实验室的行动虽重创R国生化势力，但残余分子与M国保护伞公司迅速勾结，在北海道的无人岛重启了代号“雪风”的复仇计划。他们利用火山地热构建新型实验室，将T病毒与R国特有的寒地真菌基因融合，制造出能在极寒环境中极速传播的“霜烬病毒”——感染者会在三小时内结晶化，破碎的冰晶随风飘散后将继续感染新宿主。
林悦带领的反抗组织通过暗网截获加密信息，得知敌人计划在冬奥会期间，利用无人机群将病毒释放到运动员村。当小队伪装成维修人员潜入北海道实验室时，发现这里已被改造成一座冰雪堡垒，走廊遍布自动机枪与低温陷阱，墙壁中还镶嵌着被冻成标本的感染者，他们扭曲的面容仿佛在无声控诉。
在实验室核心区，众人遭遇R国秘密部队“绯樱”的首领——曾在靖国神社事件中侥幸逃生的军官佐藤信介。他的左臂已替换成装载病毒喷射器的机械义肢，周身缠绕着冰晶构成的铠甲，自称是“净化远东的执行者”。战斗中，小雨的无人机探测到地下深处隐藏着更大的危机：保护伞公司正在培育结合恐龙基因与人工智能的终极兵器“苍雷龙”，其骨骼由合金与病毒结晶构成，能通过电磁脉冲瘫痪整个城市电网。
林悦在与佐藤的对决中，意外激活了体内新的变异能力——她能短暂吸收环境中的冷能，将敌人的冰霜攻击转化为自己的护盾。但苍雷龙的苏醒打破了战局平衡，这头机械巨兽破土而出，喷射的等离子吐息瞬间融化了半座岛屿。为争取摧毁病毒储存库的时间，陈玥萧驾驶改装后的雪地摩托引开苍雷龙，在雪原上与巨兽展开生死追逐。
当林悦终于接近病毒核心时，发现启动装置竟与R国皇室血脉绑定——佐藤信介作为天皇远亲，正准备亲自启动全球感染程序。千钧一发之际，小雨破解了基因锁的后门，林悦趁机将自身变异能量注入系统，引发病毒容器的连锁爆炸。爆炸产生的冲击波中，苍雷龙被撕裂成碎片，佐藤信介也在能量风暴中灰飞烟灭。
然而，撤离时卫星监测到，已有三架装载病毒的隐身飞机突破防线。林悦看着手机里陈岩遗留的照片，眼神变得愈发坚毅：“他们不会得逞。”此时，反抗组织的新据点传来消息——在欧洲阿尔卑斯山深处，出现了保护伞公司更隐秘的生化要塞，那里或许藏着彻底终结这场危机的关键……
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