就在洛亚操纵着融合了绫波丽灵魂的零号机，携带着抢夺到手的初号机一同融入莉莉丝体内，并成功掌控莉莉丝的那一刻。
灵魂与初号机完美融合的碇唯，也自然而然地被卷入了莉莉丝的体内。
碇唯深知洛亚此举的目的和后果，她明白这不仅会对自己的儿子碇真嗣构成巨大威胁，更可能导致 SEELE 的人类补完计划给人类带来无法挽回的灾难。
于是，为了保护自己的儿子，更为了阻止洛亚利用 SEELE 的计划对人类造成伤害，碇唯毫不犹豫地拼尽全力，与洛亚展开了一场惊心动魄的较量。
尽管碇唯的灵魂强度和实力相较于洛亚而言稍显逊色，她几乎不可能对洛亚造成实质性的伤害，但她依然毫不退缩，顽强地给洛亚制造了诸多麻烦。
而洛亚之所以选择让使徒之躯出手消灭量产机，而非亲自操纵莉莉丝去完成这一任务，很大程度上正是因为碇唯的阻挠。
毕竟，初号机是以莉莉丝整个下半身为材料制造出来的，其内部容纳灵魂的空间无论是能量种类还是性质，都与莉莉丝极其相似。
这使得碇唯能够在一定程度上干扰洛亚对莉莉丝的控制，从而让洛亚无法随心所欲地施展自己的力量。
在碇唯的灵魂与初号机融合之后的漫长岁月里，她的灵魂经历了一场奇妙的蜕变。
初号机体内源自莉莉丝的强大力量，犹如一把双刃剑，既锤炼着碇唯的灵魂，使其变得越发坚韧，又在她与初号机之间建立起一种前所未有的紧密联系。
这种紧密联系不仅让碇唯能够熟练掌握初号机的绝大部分力量，更使她与莉莉丝的力量产生了一定程度的契合。
这意味着，对于碇唯而言，莉莉丝的身体就如同她的主场一般，她可以随心所欲地调动莉莉丝的力量，与之相抗衡。
然而，尽管碇唯能够调动的莉莉丝的力量在一定程度上能够对洛亚的控制造成影响，但这股力量相较于洛亚对莉莉丝的掌控而言，仍显得微不足道。
不过，幸运的是，与碇唯一同进入莉莉丝体内的还有绫波丽的灵魂。
绫波丽的灵魂与碇唯的灵魂相互呼应，彼此协作。尽管她们所能够调动的莉莉丝的力量有限，但两人合力却足以对洛亚的控制产生干扰。
虽然这种干扰无法从根本上动摇洛亚的地位，但至少能够给洛亚带来一些麻烦。
面对碇唯和绫波丽的联手干扰，洛亚并非毫无办法。
他完全有能力花费一些时间来镇压这种干扰，重新夺回对莉莉丝的绝对控制权。
然而，时间对于洛亚来说是宝贵的，他不愿在这上面过多纠缠。
于是，为了迅速解决问题，洛亚果断地选择了一种最为直接、简单的方法——超负荷。
在洛亚成功地压制住碇唯和绫波丽对他操纵莉莉丝的干扰之后，他毫不犹豫地开始控制莉莉丝膨胀其体型。
他深知，身体越是强大，那么控制身体所需要的精神能量和灵魂强度就越高，而碇唯和绫波丽的灵魂强度是无法长时间承受这种巨大压力的。
随着莉莉丝的身形不断膨胀，最终达到了万米级别的巨大规模。
此时的碇唯和绫波丽大部分精力都消耗在维持巨大的形体上，几乎无力再干涉洛亚的行动，她们所能做的仅仅是分担一部分控制莉莉丝的灵魂压力。
时间一分一秒过去，人类补完仪式逐渐接近尾声。当仪式最终完成的那一刻，洛亚果断地将碇唯和绫波丽的灵魂，连同一些LCL液体一起从莉莉丝的体内踢了出去。
被排出莉莉丝体内的碇唯和绫波丽的灵魂，以及那些LCL液体，在离开莉莉丝的瞬间释放出强大的AT立场。
这股力量迅速重塑了她们的形体，使她们重新获得了实体。
然而，这一切都发生在正宇宙之中，洛亚对此一无所知。此刻的他，正沉浸在EVA世界的本源之中，尽情地汲取着远古时代的智慧。
与此同时，洛亚也开始吞噬那些自亚当和莉莉丝降临地球后，历经几十万年岁月沉淀、数量高达百万亿的灵魂所遗留下来的灵魂能量。
在负宇宙中，自从洛亚踏入其中的那一刻起，整个空间便一直处于一种静默的状态，仿佛时间都在这一刻静止了。
然而，这种静默并没有持续太久，突然间，象征着负宇宙核心的黑色星体发出了一阵低沉的嗡鸣声，这声音就像是心脏跳动一般，有节奏地回响在整个负宇宙之中。
伴随着这阵嗡鸣声，黑色星体周围的空间开始发生微妙的变化。
渐渐地，无数蓝黑色的迷雾如烟雾般缓缓升起，将黑色星体紧紧地包裹起来。
这些迷雾仿佛具有生命一般，它们在黑色星体周围不断地翻滚、流动，宛如一片神秘的海洋。
在这片迷雾之中，无数外形模糊的人影若隐若现。这些人影就像是随波逐流的水草一样，在迷雾中无意识地摆动着。
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