官军在击败叶尔羌军队之后，自然是追亡逐北，之前叶尔羌士卒的挑衅也激怒了官军，吴兑命令官军各部不准接受叶尔羌军队投降，既然要挑衅官军，就必须付出代价，这点是毋庸置疑的，官军一直追击叶尔羌人直到天黑才收兵。
而在京师，在太子的主导之下，针对闽粤两省的整顿也展开了，之前朱载坖已经命令曹国公李言恭出镇广东，加强朝廷对于闽粤两省的控制，同时将东海水师以避冻为由调闽粤两省驻扎。
而太子主要是针对闽粤两省的吏治问题开刀，广东道、福建道的御史被朝廷更易之后，对于这两省以府为单位进行的清查，同时对于海关、税务等分司的账目，由都察院和海关、税务总署派遣专员以钦差的形式予以核查，事实证明，这些官运是经不起朝廷认真查察的。
在御史们的核查之下，很快就核查出了这些地方官员们的相关罪证，放纵地方豪强欺压百姓，在清丈田亩中弄虚作假，放纵走私和私港等情况，在科举、吏员考选之中弄虚作假，这些罪名一旦做实，就不是丢官罢职这么简单了，对于这些被清查出来的赃官，朱载坖自然是不会客气。
朱载坖立即下旨，将这些涉案官吏，七品以上的，移送浙江、南直审断之后报法司复核，七品以下的，闽粤两省异地审断，应当判处极刑的，直接向大理院奏报之后送朱载坖勾决，决不待时。
这么多的官吏被弹劾，甚至是收系，必然出现地方政局的动荡，朱载坖一面命令御史们暂时代理州县政务，同时命令吏部迅速选拔新的官员到任，而吏部文选司郎中方从哲则是向朱载坖上了铨政刷新疏，提出应该刷新铨政，方从哲认为，对于朝廷的选官制度进行改革。
方从哲对于现在朝廷所实行的铨选制度还是有一些看法的，现在朝廷的铨选制度集中于文选司，而文选司对于各种官职并不一定了解，使得铨选有很大的随机性，这些问题在之前方从哲通过吏部尚书杨俊民的密疏中已经说过了，朱载坖命令方从哲详细上疏就此事予以讨论。
方从哲也向朝廷上疏详细讨论了此事，现在吏部负责文官铨选的主要是文选司和考功司，考功司与文选清吏司形成选任-考核的闭环管理体系，考功司主要是负责按照考成法对于天下的文官进行考核，审核官员任期内的政绩表现，拟定官员升降调补方案，而文选司则是根据考功司的相关意见，对官员进行升迁和降调。
但是对于具体官员和考核不够明确，对于职务的标准也不够明确，这点是大明现在铨选中的弊端，针对这种弊端，方从哲提出，对于官员的考核，实施考四格八法的措施，即以四格叙功，纠以八法处分。
四格是指守、才、年、政，从操守、才能、年龄、政治资历与经历这四个方向对于官员进行详尽的考核，四格皆有三等，才分长、平、短；守分清、谨、平；政分勤、平、怠；年分青、壮、健。每个官员根据不同的分等，便可得出考核的最终成绩。形成一个客观的分数，作为朝廷的选拔官员的参考标准。
才，是指执事指能力。从未入流之驿丞等到布政使、按察使等地方要职，每个职位都有其各自的职责，都需要相应的办事能力，在履行具体职责的过程中“才”的意义才会体现。
守，指官员的操守、品行。是官员施政过程中职业道德、职业准则的具体体现。操守中以“清”为最高要求，次等要求“谨”，即谨慎、小心之意。守谨意为严格要求或重视为官之操行。这是对于官员最严格的要求，一旦有贪墨等行为，即便是不构成罢黜或者移送法司，在后续的调遣中也要被打入另册，不能委以重任。
政，是指官员的为政态度，指官员实际工作状况及对工作的重视与负责程度。主要是根据考成法等考功司的考成和地方督抚等上官的考语来进行衡量的，对于一些无法完成朝廷所交付任务的官员，自然是要予以处分的，
年，就是官员实际身体状况。它要求官员须有正常工作的能力，这是对官员任职最基本的要求。尤其是地方正印官，不能有老迈昏聩的人，必须要有足够的精力处理政务，对于不能任事的官员，吏部要及时予以致仕，保障大明官员的结构年轻，使得这些老迈的昏官去位。
除了四格来考察官员之外，还有八法，也就是对于官员所出现的八种要予以惩处的情形，有贪、酷、不谨、疲软、浮躁、才力不及、年老、有疾。
方从哲指出：“八法处分，贪酷者革职提问，如事在赦前，免罪，永不叙用；不谨、疲软者皆革职；年老、有疾者皆休致；才力不及者降二级调用；浮躁者降三级调用，皆不准援赦，纪荐、加级，不准抵销。”
之前朝廷在考成之中也有相关的规定，但是没有一个完善的惩处规定，八法中最为严重的就是贪、酷两项了，这两者是绝对不能容忍的，所以一旦发现有贪、酷两项，吏部考功司直接要将相关的情形汇总，与文选司一道向吏部堂官提奏，予以罢黜，剥夺官籍，交法司审断。
而除了这两项之外，比较严重的就是不谨，这是八法中除贪酷以外最重的处分，大计官员不谨者要革职。实际上，“谨”的意思比较宽泛，涉及官员的操守、品行、职业道德等。概而言之，凡是有玷官箴者都可归为不谨的范畴。
还有就是疲软，这也是现在官员们经常犯的毛病，地方官员往往玩忽懈怠，对于朝廷的各项政令不能贯彻，软弱无能，遇公事毫无定见，听讼词执持两端，诸务废弛，对于这些庸官也要予以严惩。
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