楚墨在改造熵界穿梭舰时，遭遇了「维度悖论」。舰船的引擎在启动时，同时处于所有可能的维度状态；武器系统发射的攻击，既击中目标又未发射。他将混元珠的边角料与从熵寂之地收集的神秘金属融合，在舰船核心构建「熵维核心」。核心由十二个相互嵌套的环形结构组成，分别对应十二个维度，中间悬浮着一颗不断闪烁的「熵逆奇点」。熵界穿梭舰的外壳则由「熵变装甲」构成，这种装甲可以根据不同维度的规则，自动调整自身的物理属性。
当突击军接近熵寂之源的所在维度，整个空间被浓烈的紫色光芒笼罩。紫色水晶构筑的巨型蜂巢悬浮在虚空中，每一块水晶都映照着某个文明被熵能吞噬的绝望瞬间。蜂巢表面，无数暗紫色丝线如血管般蠕动，将各个平行宇宙与蜂巢核心相连。林霄举起混元珠，试图用其与蜂巢产生共鸣，却触发了蜂巢的防御机制。无数由熵能凝聚而成的「熵晶守卫」从水晶中涌出，这些守卫形态各异，有的形似巨大的蜘蛛，织出的网能困住时间；有的如同人形兵器，手中的镰刀一挥便能斩断空间。
与此同时，其他几路队伍也遭遇了危机。隐世家族找到的元始熵灭刃，在接近蜂巢时被一种神秘力量腐蚀，刀刃上的灭熵符文逐渐转化为助涨熵能的邪恶纹路；观测者同盟在暗物质网络中发现，熵能丝线的连接进度远超预期，已有三分之一的平行宇宙被纳入熵寂之源的掌控；地面清剿军的熵能隔离带在熵能丝线的侵蚀下开始崩溃，隔离带的修士们逐渐被转化为「熵能傀儡」；未来火种队在转移文明火种时，遭遇了来自高维空间的「熵能掠食者」，许多火种舱被吞噬。
玄黄大世界的天空出现巨大的紫色漩涡，整个世界开始被吸入熵寂之源的维度。林霄在生死关头突然领悟：对抗熵寂之源的关键，不在于摧毁，而在于「重构」。他引导队员们将自身的希望、信念等正面情绪注入混元珠，同时用混沌共鸣与蜂巢内被囚禁的宇宙意志沟通。混元珠表面的裂痕中迸发出璀璨的「混元熵逆之光」，这光芒不再是单纯的对抗，而是蕴含着创造与新生的力量。
林霄挥动混元珠，以混元熵逆之光为引，将熵晶守卫的能量逐一净化、重组。在光芒的笼罩下，蜂巢的紫色水晶开始出现裂痕，暗紫色丝线纷纷断裂。经过惨烈的战斗，蜂巢核心处的球体终于暴露出来。球体表面的绝望面孔疯狂扭曲，发出刺耳的尖叫：「你们以为这样就能阻止熵寂？所有文明的结局，都早已注定！」
就在此时，混元珠突然爆发出前所未有的光芒，珠体开始分解成无数金紫色的光点。这些光点融入蜂巢的每一个角落，将囚禁的宇宙意志逐一释放。林霄感受到混元珠传递的最后信息：「混沌生万物，熵寂归本源。唯有在毁灭与重生的循环中，方能寻得永恒。」在剧烈的能量爆炸中，熵寂之源开始崩解，但在核心彻底毁灭前，一道更加深邃的暗紫色光芒遁入更高维度。一个冰冷的声音在所有生灵的识海中响起：「游戏才刚刚开始……」
玄黄大世界虽然暂时摆脱了危机，但林霄知道，真正的挑战才刚刚开始。混元珠彻底消散，只留下一枚细小的金紫色种子沉入他的丹田。修士们体内的熵核依然存在，只是陷入更深层次的沉睡。而在更高维度的黑暗中，一个由无数熵能漩涡组成的巨型生命体正在苏醒，它的身体上布满了类似混元珠螺旋纹路的诡异图案。在宇宙的边缘，一座由紫色水晶与混沌能量交织而成的神秘宫殿正在缓缓浮现，宫殿大门上镌刻着古老的箴言：「当熵寂之主的心跳响彻十二维度，所有文明都将迎来终末的审判。」
玄黄大世界在熵寂之源崩解的余震中摇摇欲坠，天空中漂浮的紫色水晶残骸折射出无数扭曲的光影，将地面切割成斑驳陆离的碎片。混沌秩序树的根系突然破土而出，树干表面裂开细密的缝隙，渗出带着金属光泽的「熵晶髓液」。这些髓液落地后迅速凝结成尖锐的晶体，晶体表面流转着诡异的纹路，拼凑出一幅幅预示末日的画面：被熵能吞噬的文明在虚空中哀嚎，宇宙星辰化作飞灰被吸入巨型漩涡。
林霄丹田中的金紫色种子开始剧烈跳动，散发出的光芒与体内沉寂的熵核产生诡异共鸣。他的识海被强行拽入一个陌生的空间，那里悬浮着无数由暗紫色能量构成的锁链，每一条锁链都捆绑着一个文明的意志。在空间深处，一双泛着幽光的眼睛缓缓睁开，声音如万座冰山同时崩塌：「混元珠的残片竟孕育出新的可能...但蝼蚁终究是蝼蚁，十二维度的审判，你们无从逃避。」
苏瑶在熵能药理堂的研究陷入绝境。新炼制的醒魂涤熵丹在患者体内引发剧烈排斥反应，服药者的皮肤开始结晶化，从毛孔中渗出暗紫色的雾气。她试图用混沌青莲残枝净化这些雾气，却发现残枝在接触雾气的瞬间被腐蚀成灰烬。药理堂的墙壁上，之前出现的半透明黏液重新汇聚，凝结成一个模糊的人影，人影开口时，竟发出了熵寂之源那冰冷的声音：「挣扎吧，在绝望中见证文明的终结。」
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