随着赵刚一声令下，新华军的迫击炮部队立刻展开攻击，炮弹朝着村内的战壕、路障与防御工事猛烈轰击，爆炸声此起彼伏，村庄内的简易防御工事被逐一摧毁，碎石与尘土漫天飞扬，不少残部士兵被炸弹炸死、炸伤。残余士兵见状，纷纷躲在房屋废墟后，用步枪、手榴弹还击，试图阻挡新华军的进攻。新华军步兵部队在迫击炮的掩护下，迅速突破村庄外围的防御，突入村内，与残部展开近距离激战。
村内的道路狭窄，废墟遍布，双方士兵在废墟中穿梭、厮杀，枪声、爆炸声、惨叫声交织在一起。新华军士兵凭借精良的装备与灵活的战术，逐户清剿藏匿的残部，遇到负隅顽抗的士兵，直接用冲锋枪扫射、手榴弹轰击；遇到投降的士兵，则及时制止攻击，将其集中看管。山田伊狼试图带领残余士兵突围，却被新华军士兵层层包围，在激战中被击毙，剩余的残部士兵见指挥官战死，士气彻底崩溃，纷纷放下武器投降。
激战至上午十时许，大版周边乡村据点的残部被全部清剿完毕，新华军以伤亡三十余人的代价，歼敌两百余人，俘虏六百余人，缴获步枪五百余支、机枪十余挺、手榴弹三百余枚。随后，赵刚率领部队前往冥骨巫市区，与周卫国率领的小队汇合，一同清剿冥骨巫市区的残部。
与此同时，周卫国率领的小队已抵达京都周边。京都曾是泥轰帝国的古都，也是京都守备军的驻地，经过前期的战斗，京都市区已沦为一片废墟，残余军队约两千余人，分散藏匿在京都古城墙废墟、旧蝗宫遗址及周边深山之中，由中佐铃木汰狼指挥。铃木汰狼是狂热的军国主义分子，即便部队溃散、弹尽粮绝，也仍不愿投降，下令士兵们藏匿在深山与废墟中，伺机袭扰新华军部队，屠杀平民，抢夺物资。
周卫国得知铃木汰狼的所作所为后，极为愤怒，下令部队兵分两路，一路由机械化步兵部队组成，清剿京都市区废墟中的残部；另一路由步兵部队组成，深入深山，清剿藏匿在山中的残部。机械化步兵部队抵达京都市区后，依托装甲车、坦克的优势，沿着废墟街道推进，用坦克炮轰击残部的防御工事，用机枪扫射藏匿的残部士兵，步兵部队紧随其后，逐街逐户清剿，不放过任何一个可疑的角落。
废墟中的残部士兵，大多是老弱残兵，装备简陋，根本无法与新华军的机械化部队抗衡，不少士兵看到新华军的坦克与装甲车后，吓得魂飞魄散，纷纷放下武器投降；少数负隅顽抗的士兵，被新华军士兵迅速歼灭。深入深山的步兵部队，在山林中展开地毯式搜索，山林地形复杂、杂草丛生，残部士兵藏匿在山洞、密林之中，不时发动伏击，给新华军部队造成了一定的伤亡。
为了彻底清剿山中的残部，周卫国下令调用喷火坦克与火焰喷射器部队，对山洞、密林进行清剿。喷火坦克抵近山洞入口，喷出高温火焰，火焰顺着山洞蔓延，将里面的残部士兵活活烧死；火焰喷射器部队沿着密林推进，焚烧杂草与树木，将藏匿在密林中的残部士兵逼出，再逐一歼灭。铃木汰狼试图带领残余士兵躲进深山深处的山洞，却被新华军士兵发现，喷火坦克对着山洞入口喷出火焰，铃木汰狼与洞内的两百余名残部士兵，全部被火焰吞噬，无一生还。
10月13日傍晚，苯詶岛中部地区的清剿任务基本完成。第一路部队共计歼敌一千五百余人，俘虏两千五百余人，缴获各类武器三千余件，彻底清除了冥骨巫、大版、京都周边的所有残余军队，同时解救了被残部扣押的平民两千余人，将其转移至安全区域，安排士兵保护与安置。
与第一路部队同步推进的，是负责苯詶岛西部地区的第二路部队。苯詶岛西部地区的广岛、冈山、神户等地，曾是泥轰海军的重要基地，经过新华军前期的饱和轰炸，港口、军工设施已被彻底摧毁，残余军队约三千余人，主要是海军陆战队的溃散士兵、岸防部队的残部，以及少量陆军散兵，分散藏匿在广岛周边的深山、神户的港口废墟及冈山的乡村地区，装备匮乏，大多已失去抵抗意志，不少士兵甚至已脱下军装，藏匿在平民之中。
陈明远将第二路部队分为三路，一路负责清剿广岛周边的残部，一路负责清剿神户港口废墟的残部，另一路负责清剿冈山乡村地区的残部。负责清剿广岛周边残部的小队，抵达广岛近郊后，发现这里的残部大多藏匿在深山之中，依托山洞、峡谷构建了临时据点，总计约一千余人，由大佐冈村凝刺的部下少佐佐藤三狼指挥。佐藤三狼深知自己已无路可逃，却仍不愿投降，下令士兵们抢夺平民的粮食，加固据点防御，准备与新华军顽抗到底。
新华军小队抵达据点附近后，先对据点进行包围，随后发起劝降。佐藤三狼非但拒绝劝降，还下令士兵们向新华军部队发射迫击炮，造成新华军五名士兵伤亡。陈明远得知后，下令部队发起猛攻，调用自行火炮轰击据点的防御工事，同时派遣步兵部队从侧翼迂回，突入据点内部。自行火炮的炮弹威力巨大，据点的防御工事被逐一摧毁，山洞入口被炸开，不少残部士兵被炸弹炸死、炸伤。
步兵部队趁机突入据点，与残部展开激战。山洞内空间狭窄，双方士兵近距离厮杀，新华军士兵手持冲锋枪，凭借灵活的战术动作，逐一清除山洞内的残部；残部士兵则依托熟悉的地形，在山洞转角设置伏击点，顽强抵抗。激战持续了三个多小时，佐藤三狼被新华军士兵击毙，残余的残部士兵要么被歼灭，要么放下武器投降。至此，广岛周边的残部被彻底清剿完毕，新华军歼敌三百余人，俘虏七百余人，缴获步枪八百余支、迫击炮五门。
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