黑石岛之战虽惨烈告终，但后续的清理、救治、善后事宜千头万绪，如同一场新的战役。
获救的“主祭”被证实是半年前在闽州失踪的一名海商，姓郑，家资巨万，生辰八字确为“壬辰水命”。他虽被邪术折磨数月，魂魄与气血亏虚严重，但在张真人、了然禅师及随军医官的合力救治下，总算保住了性命，只是神智受损，记忆混乱，需长期调养。从其断续的呓语中，得知他并非唯一被掳的“祭品”，只是因其命格特殊被选为“主祭”，其他“祭品”大多已在之前的邪恶试验或小规模仪式中丧生。
黑石岛在“墟境”核心崩塌后，岛屿本身也发生了剧变。弥漫不散的灰雾在数日内渐渐消散，但岛屿中央出现了一个巨大的、深不见底的塌陷坑洞，坑洞周围岩层脆弱，时有新的塌方，且不断有阴冷污浊的气体涌出，显然已不宜靠近。张真人与了然禅师勘察后，认为此地“地煞阴脉”已遭永久性破坏，且残留着强烈的邪秽与空间紊乱气息，建议朝廷将黑石岛彻底划为禁地，派驻少量兵力长期监视，禁止任何船只和人员靠近，以防不测。
“归墟之核”的引爆与“尊者”的献祭，虽未波及外界海域，但其引发的空间震荡，似乎对这片“迷魂海”区域产生了深远影响。据后续水师侦察回报，该海域常年不散的浓雾范围有所缩小，磁暴现象减弱，罗盘失灵的情况也有所好转，但海流变得更加紊乱，且偶尔仍会出现小范围的诡异光影或低语幻听，证明此地并未完全“净化”，只是从极度危险降为了相对危险。
沈暮辰将黑石岛之战的详细经过、战果及后续建议，写成万言奏章，连同几乎碎裂的“偃师令”残骸、部分缴获的邪异器物样本、以及郑姓海商的证词，一并派快船急送京城。
他自己则与张真人、了然禅师、陈提督等人，继续坐镇东南，一方面整顿海防，安抚因连番变故而惶恐不安的沿海百姓；另一方面，继续清剿“影子”组织及“尊主”余党可能残存的势力。
根据从“墟境”中俘获的部分面具人口供，结合之前掌握的线索，朝廷在接下来的数月内，于沿海及内陆数省，又发动了几轮精准打击，捣毁了数个秘密联络点、仓库，抓获了一批潜伏的中下层成员，起获了不少财物和文书。
然而，关于“尊主”本人的线索，却随着“尊者”的魂飞魄散和“墟境”的崩塌，再次断绝。无论是俘虏口供，还是缴获的文书，都未能明确指出“尊主”的真实身份、样貌或确切藏身之处。只知其神秘莫测，似乎从未真正在“影子”组织的普通成员面前显露真容，所有指令皆通过“尊者”等少数几个核心心腹传达。甚至有人怀疑，“尊主”是否真的只是一个代号，或者……根本就不是“人”？
“或许，‘尊主’便是那‘尊上’在人世间的某种化身或投影，随着‘墟境’被毁、‘尊者’伏诛，其与现世的联系已被斩断，再难为祸。”张真人如此推测。但语气中并无十分把握。
了然禅师亦道：“妖邪之源，往往斩草难除根。即便其本体暂时受挫，然恶念不息，终有复燃之日。朝廷与天下正道，当时刻警惕。”
沈暮辰深以为然。他知道，这场持续数年、波及朝野内外的巨大风波，虽然表面上以逆党核心覆灭、东南邪患暂平而告一段落，但阴影并未完全散去。那个追求长生与诡异力量的“尊主”，就像一颗投入深潭的石子，激起的涟漪或许会渐渐平息，但石子本身，可能还沉在无人知晓的黑暗水底。
一月后，朝廷的嘉奖与谕旨抵达东南。
嘉隆帝对沈暮辰、张真人、了然禅师、陈提督及一众有功将士大加封赏。沈暮辰晋爵位为“靖海侯”，仍兼太子太傅、枢密副使；张真人获封“护国真人”，了然禅师获赐“国师”尊号；陈提督等将领各有擢升。阵亡及伤残将士，皆得厚恤。
同时，皇帝准了沈暮辰所奏，将黑石岛划为永久军事禁区，并下旨命工部与钦天监，会同张真人、了然禅师，研究那“偃师令”残骸及缴获的邪物，探寻其原理与克制之法，编纂成册，以备后世。
对于“尊主”下落，圣谕中明示：逆首虽暂匿形迹，然天网恢恢，朝廷绝不放弃追索。命刑部、大理寺、各地方官府，持续留意相关线索，一旦发现，立奏朝廷，务求根除。
尘埃似乎落定，但追索并未停止。
又过半月，张真人与了然禅师因需回京复命及调理伤势，向沈暮辰辞行。临别前，张真人将一份他根据“墟境”所见邪阵与“偃师令”研究，初步推演出的《辟邪镇煞纲要》手稿赠予沈暮辰；了然禅师则留下一串他亲自加持过的佛珠，并叮嘱道：“侯爷身系东南安危，亦是国家栋梁。妖邪之术，诡谲难防，然正气在心，邪不可干。此珠虽微，或可于关键时刻，护持灵台一丝清明。”
沈暮辰郑重谢过，亲自送二位高人登船北返。
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