东南海上的风雨，来得比徐光启预想的更快、更猛。
福建巡抚的八百里加急军报，如同被飓风卷裹着，砸进了北京的皇极殿。奏报称，月港外海突发激烈海战，数艘悬挂不明旗帜（疑为佛郎机或红毛夷样式）的巨舰，与多股武装海舶（疑为“海寇”纠集）发生冲突，战火波及近岸，甚至有炮矢落入岸上渔村，造成百姓伤亡，数艘官军巡哨小船被波及受损，东南海疆震动！
奏报中，福建巡抚言辞惶急，称“夷船巨炮猛烈，非我水师旧船可敌”，而海寇“狡黠彪悍，乘乱劫掠”，局势糜烂，请求朝廷速调兵饷，增援海防，并“请旨严查，是否有奸民私通外蕃，酿此巨祸”。
朝堂之上，一片哗然。
那些原本就反对徐光启“多事”的官员，如同嗅到血腥的鲨鱼，立刻蜂拥而上。
“陛下！臣早言海事不可轻启！徐光启在江南鼓捣匠作，其心难测，今果有海寇借端生事，勾结外夷，为祸海疆！此皆其妄兴事端，引狼入室之果也！”一位御史迫不及待地出列弹劾，直接将矛头指向徐光启。
“徐阁老前番调阅泰西遗物，密会西人，如今便有夷船巨炮犯境，天下岂有如此巧合之事？臣恳请陛下，彻查徐光启是否与西人暗通款曲，图谋不轨！”更恶毒的指控也随之而出。
支持徐光启的官员奋起反驳，斥其牵强附会，血口喷人。朝堂之上，争吵再起，乱作一团。
万历皇帝高踞龙椅，脸色极其难看。他最厌恶的，就是麻烦，尤其是这种动刀动枪、还可能牵扯外夷的麻烦！海寇扰边，夷船巨炮……这些字眼让他感到强烈的不安和烦躁。而争吵中不断出现的“徐光启”三字，更让他对这位一向“省心”的首辅，首次产生了清晰的恼怒——看看你搞出来的好事！
徐光启静立班中，面对汹涌的指责，心中却异常冷静，甚至有一丝“果然来了”的了然。他知道，这是对手精心策划的一击，旨在利用皇帝的厌烦与恐惧，一举将自己打入万劫不复之地。但他也深知，危机，往往也蕴藏着转机。
当争吵稍歇，所有人的目光再次聚焦于他时，徐光启出列，撩袍跪倒，声音沉稳而清晰：
“陛下，臣有罪。”
这一认罪，让所有人都是一愣。
“臣之罪，在于未能及早察觉东南海防之弛废，未能预判夷情海寇之凶顽！”徐光启抬起头，目光坦然地迎向皇帝愤怒的视线，“然臣调阅泰西遗物，咨访西人，绝非私通外蕃，实乃为查探夷情，知己知彼！陛下明鉴，泰西罗盘，确较我朝水罗盘更为精准稳定；其海图所示航路，亦有助于我辨识远海。臣以此进献，正是为加强海防预作准备！”
他话锋一转，语气变得沉痛而有力：“今夷船巨炮逞凶，海寇乘势为乱，正说明我朝海防旧制已不堪用！水师战船陈旧，火炮乏力，侦讯不明，方有此败！此非臣‘妄兴事端’之过，实乃我朝多年来忽视海事、固步自封之积弊总爆发！”
他不再纠缠于是否“勾结”，而是将问题直接提升到国家海防战略的高度，将眼前的败绩归因于长期的懈怠，反而将自己“关注海事”的行为，包装成了有先见之明的“忧国”之举。
“陛下！”徐光启重重叩首，“当此之时，非追究细故之际，乃整饬海防、急图自强之秋！夷人船坚炮利，已显于前；海寇坐大，为祸于后。若再因循苟且，恐东南财赋重地永无宁日，我大明万里海疆，将门户洞开！”
他抬起头，眼中闪烁着决绝的光芒，抛出了思虑已久的方案：
“臣恳请陛下，允准臣会同兵部、工部，并召熟悉海事之将领、通晓泰西技艺之才士，立即组建‘海事急务督办署’，专司此次海疆危机处置及后续海防整顿事宜！此署有权调阅沿海各省海防档案，核查水师战备，研议应对夷船巨炮及剿抚海寇之策，并可借鉴泰西有益之船炮技艺，急造改良之器，以应眼前之急，图长远之安！”
“海事急务督办署”！这是一个在紧急状态下，权力高度集中、职能明确的临时机构，名义上是为了应对眼前的危机，实则徐光启打算以此为跳板，将“格致”理念全面渗透到海事领域，并为将来可能的“开海”探索铺路。
他紧接着补充道：“此署为应急而设，事毕即裁。所需钱粮，可从江南近年新增税银中暂支，绝不额外靡费内帑！且臣举荐，可由南京兵部职方司主事孙传庭，以其熟悉江南、通晓军务，协理此事；并请准汤若望等知晓泰西船炮之西士，以‘顾问’之名参与咨议，取其之长，补我之短！”
这一番奏对，有理有据，有担待（认罪于“失察”），有方案（设立督办署），有保障（不动内帑、用江南新增税收），还有具体人选（孙传庭、汤若望）。既回应了皇帝的怒火（承认海防有问题），又给出了解决问题的实际路径（整顿、学习、改良），更巧妙地将自己之前的“敏感行为”（联络西人、研究泰西器物）转化为了应对危机的“必要准备”。
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