筑牢军事根基，巩固边防安全
明瑞上任后的首要任务，便是整顿新疆的军事部署，筑牢边防防线。他按照“重点驻守、分片防御”的原则，重新调配全疆清军兵力：在伊犁、乌鲁木齐、喀什噶尔等战略要地，增派八旗军与绿营军，加强核心区域的防御；在巴尔喀什湖以东、以南的边境地带，设立边防哨所，组织清军定期巡查，严防中亚哈萨克汗国与浩罕汗国的入侵；在天山南路的偏远地区，派遣小股部队驻守，防范叛乱残余势力的反扑。
同时，明瑞大力推行军屯制度，组织清军士兵在伊犁河流域、乌鲁木齐、巴里坤等地区，开垦土地、种植粮食与蔬菜。他亲自前往各地考察，制定军屯规划，调拨种子、农具与耕牛，鼓励士兵积极参与屯田；对于屯田成效显着的部队与士兵，予以嘉奖与提拔。经过数年努力，新疆的军屯规模大幅扩大，仅伊犁地区的军屯耕地便达数百万亩，清军的军粮基本实现自给，彻底解决了“粮草运输难、后勤保障弱”的问题，为新疆的边防安全提供了坚实的物质基础。
此外，明瑞还加强了清军的训练，制定严格的军事训练制度，定期组织清军进行骑射、步兵、火炮等科目训练，提高清军的战斗力；同时，整顿军纪，严禁清军烧杀抢掠、欺压百姓，对于违反军纪的官员与士兵，一律严惩不贷，确保清军能够得到新疆各族百姓的支持。
完善行政体系，规范治理秩序
明瑞深知，“建制安边”不仅要筑牢军事防线，还要完善行政体系，规范治理秩序。他按照乾隆帝的旨意，细化了伊犁将军府的各项行政制度，明确了各级官员的职责与权限，避免“权责不清、推诿扯皮”；同时，加强对全疆各级官员的考核与管理，定期对阿奇木伯克、办事大臣、府州县官员进行考核，对于政绩突出、安抚百姓有功的官员，予以提拔重用；对于贪腐渎职、欺压百姓的官员，一律革职查办，上报朝廷处置。
在天山南路的回部地区，明瑞注重“因俗而治”，尊重回部的传统习俗与行政模式，同时加强对阿奇木伯克的监督与约束。他规定，阿奇木伯克必须严格按照中央政府的政策征收赋税，严禁额外摊派；必须妥善处理回部百姓的诉求，不得欺压百姓；必须配合清军的军事行动，协助防范叛乱残余势力。对于不服从管理、违法乱纪的阿奇木伯克，明瑞有权予以罢免，上报朝廷重新任命。
在天山北路的汉族聚居区，明瑞按照中原地区的行政模式，完善了迪化直隶州、巴里坤厅等行政机构的运作，推行中原地区的赋税制度与文化教育政策，鼓励汉族百姓开垦荒地、发展农业，同时吸引中原地区的商人前往新疆经商，促进了天山北路的经济发展与文化繁荣。
安抚各族百姓，促进民族融合
明瑞严格执行乾隆帝的“民族平等、信仰自由”政策，将“安抚百姓、促进融合”作为治理新疆的核心任务。他深入新疆各地，走访各族百姓，了解他们的生活状况与诉求，废除了大小和卓叛乱期间推行的苛捐杂税，大幅减免新疆各族百姓的赋税，让百姓得以休养生息；对于在叛乱中流离失所的百姓，明瑞组织官员为他们分配土地、房屋、种子与农具，帮助他们恢复生产、重建家园。
在宗教事务方面，明瑞尊重伊斯兰教的信仰自由，派人修缮被战争破坏的清真寺，禁止清军与官员干涉回部百姓的宗教活动；同时，严厉打击利用宗教煽动叛乱、欺压百姓的极端势力，确保宗教领域的稳定。对于蒙古族、哈萨克族等信仰佛教或萨满教的民族，明瑞同样尊重他们的宗教信仰与风俗习惯，鼓励各民族之间相互包容、相互往来。
此外，明瑞还鼓励各民族之间相互通婚、相互学习，组织中原地区的农业技术人员，前往天山南路的回部地区，指导百姓种植棉花、玉米等农作物；组织回部的丝织工匠，前往天山北路的汉族聚居区，传授丝织技术。通过这种“技术交流、文化互通”的方式，促进了各民族之间的相互了解与融合，增强了新疆各族百姓对大清的认同感与归属感。
明瑞担任伊犁将军期间，始终坚守“守土安边、安抚百姓”的初心，勤勤恳恳、任劳任怨，将伊犁将军府打造成为“军政合一、高效务实”的治理核心，让新疆的局势迅速稳定下来，经济得到快速恢复，各民族和睦相处，为后续伊犁将军制度的延续与完善，奠定了坚实基础。乾隆三十三年（1768年），明瑞在平定缅甸叛乱时壮烈牺牲，乾隆帝悲痛不已，追赠其为太子太保，谥号“果烈”，将其画像悬挂于紫光阁，以表彰其“建制安边、忠勇报国”的不朽功绩。
四、制度成效：安边固疆，开创新疆治理新格局
伊犁将军制度的设立与推行，彻底改变了新疆此前“松散治理”的局面，建立起中央政府对新疆直接、有效的军政管辖体系，在短短数年之内，便取得了显着成效，开创了新疆“稳定、发展、融合”的全新格局。
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