其三，司法裁决权。伊犁将军掌管全疆的司法事务，负责审理全疆的重大案件，尤其是涉及军事、民族、边防的案件；有权制定适合新疆地区的司法细则，兼顾中央法律与各民族的风俗习惯，确保司法公正；监督各地司法机构的运作，严禁官员徇私枉法、欺压百姓。对于一般民事案件，可交由地方官员审理，但重大案件必须上报伊犁将军裁决，确保司法权的统一。
其四，民族与宗教管理权。伊犁将军负责协调新疆各民族之间的关系，推行“民族平等、信仰自由”的政策，尊重各民族的风俗习惯与宗教信仰；监督回部阿奇木伯克与宗教人士的行为，严禁利用宗教煽动叛乱、欺压百姓；负责安抚各族百姓，处理民族矛盾，促进各民族之间的交流与融合。例如，伊犁将军可直接干预回部宗教事务，禁止宗教极端行为，保护清真寺等宗教场所，同时鼓励各民族相互通婚、相互往来。
伊犁将军的辖域范围
伊犁将军的辖域，涵盖了今天新疆的全部地区，以及巴尔喀什湖以东、以南的广大地区（包括今哈萨克斯坦东部、吉尔吉斯斯坦北部等部分地区），是当时大清疆域内面积最大的省级军政辖区。其具体辖域可分为三大板块：
一是天山北路，以伊犁、乌鲁木齐为核心，包括迪化直隶州（今乌鲁木齐）、巴里坤、古城（今奇台）、塔尔巴哈台（今塔城）等地区，主要居住着汉族、蒙古族、满族等民族，是清军的主要驻军与军屯区域。
二是天山南路，以喀什噶尔、叶尔羌为核心，包括阿克苏、库车、和田、莎车等地区，主要居住着维吾尔族，是新疆的农业与商业中心，也是回部文化的核心区域。
三是巴尔喀什湖以东、以南地区，包括伊犁河下游、吹河、塔拉斯河等流域，是新疆的西北边境地带，居住着哈萨克族、柯尔克孜族等民族，是抵御中亚各国入侵的重要边防屏障。
这一广阔的辖域，通过伊犁将军的统一管辖，形成了“上下贯通、左右协调”的治理格局，彻底改变了此前天山南北“各自为政”的松散状态。
属官体系：分级管理，各司其职
为确保伊犁将军能够高效履职，清廷在伊犁将军之下，建立了一套层级分明、各司其职的属官体系，分为“军事属官”与“行政属官”两大类，兼顾满、汉、蒙古、回等多个民族，既体现了中央集权，又兼顾了地方特色。
军事属官体系
- 参赞大臣：设2人，分别协助伊犁将军管理天山北路与天山南路的军事事务，是伊犁将军的核心助手，可在伊犁将军缺位时暂行代理职权。例如，喀什噶尔参赞大臣，专门负责天山南路的军事防御与叛乱镇压，直接听命于伊犁将军。
- 领队大臣：设4人，分别掌管伊犁地区的八旗军与绿营军，负责军队训练、边防巡查与军屯事务，直接隶属于伊犁将军。
- 都统、副都统：在乌鲁木齐、塔尔巴哈台等地设立都统或副都统，负责当地的军事指挥与驻军管理，受伊犁将军节制。例如，乌鲁木齐都统，掌管天山北路东部的清军，负责抵御准噶尔部残余势力的反扑。
行政属官体系
- 阿奇木伯克：在天山南路的喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏等重要城市设立，由回部贵族担任，负责当地的行政事务、赋税征收与百姓安抚，但必须接受伊犁将军与参赞大臣的监督，其任免需上报朝廷批准。这一设置，既尊重了回部的传统势力，又确保了中央政府对地方行政的掌控。
- 办事大臣、协办大臣：在和田、库车、莎车等中小型城市设立，由满族或汉族官员担任，协助阿奇木伯克处理行政事务，监督赋税征收与政策推行，直接听命于伊犁将军。
- 府、州、县官员：在天山北路的迪化、巴里坤等汉族聚居区，设立迪化直隶州、巴里坤厅等行政机构，任命知州、同知等官员，按照中原地区的行政模式进行管理，受伊犁将军与陕甘总督双重管辖（主要以伊犁将军为主）。
此外，伊犁将军之下还设有理事同知、通判等官员，负责司法、财政、文化教育等具体事务，形成了“伊犁将军—参赞大臣—领队大臣/都统—办事大臣/阿奇木伯克—府州县官员”的五级管理体系，确保了中央政令能够直达基层，各项治理措施能够有效推行。
三、首任伊犁将军：明瑞的奠基之功
伊犁将军的建制能否成功落地，首任将军的人选至关重要。乾隆帝经过慎重挑选，最终任命明瑞为第一任伊犁将军。明瑞出身满洲镶黄旗，是乾隆朝的着名将领，曾跟随兆惠平定大小和卓叛乱，深谙西域军务与民族事务，作战勇猛、处事沉稳、体恤百姓，深得乾隆帝与清军将士的信任，也得到了新疆各族百姓的认可。
明瑞就任伊犁将军后，深知自己肩负的“建制安边”重任，按照乾隆帝的旨意，从军事、行政、经济、民族融合等多个方面，全力推进伊犁将军府的建设与新疆的治理，为伊犁将军制度的完善与新疆的稳定，奠定了坚实基础。
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