黑水营之围的胜利，是平定大小和卓叛乱的转折点。这场战役，清军在绝境中坚守三个月，凭借顽强的意志与兆惠的卓越指挥，成功击退叛军，不仅打破了大小和卓的嚣张气焰，还极大地鼓舞了清军的士气，为后续彻底平定叛乱奠定了基础。乾隆帝得知黑水营之围解除后，龙颜大悦，下旨嘉奖兆惠与清军将士，称赞兆惠“身陷绝境，却能坚守待援、重创叛军，实属不易，堪称大清柱石”。
四、决战叶尔羌、喀什噶尔：肃清叛乱势力，平定天山
黑水营之围解除后，兆惠与富德率领清军，在叶尔羌城外休整，补充粮草与兵力，准备对叶尔羌城发起总攻。此时，清军的援军与粮草已陆续抵达，兵力增至三万余人，士气高涨；而大小和卓的叛军，经过黑水营之战的惨败，士气低落，兵力损失过半，且内部矛盾重重，许多叛军士兵不愿继续为大小和卓卖命，纷纷逃离军营，叛军的统治岌岌可危。
乾隆二十四年二月，兆惠与富德兵分两路，对叶尔羌城发起总攻：兆惠率领清军主力，从正面攻打叶尔羌城；富德率领一支精锐部队，绕到叶尔羌城的后方，切断叛军的退路，防止霍集占逃走。清军的进攻极为猛烈，火炮轰击城墙，士兵们奋勇登城，叛军虽然顽强抵抗，但终究抵挡不住清军的猛攻，城墙被清军攻破，清军冲入城内，与叛军展开巷战。
霍集占见叶尔羌城无法坚守，便率领少数亲信，从叶尔羌城的西门突围，逃往喀什噶尔，投奔波罗尼都。兆惠率领清军，顺利收复叶尔羌城，进入城内后，他继续推行安抚政策，安抚百姓，发放粮食与布匹，修复被战争破坏的房屋与清真寺，让叶尔羌城的秩序迅速恢复。
收复叶尔羌后，兆惠没有停留，立即率领清军，乘胜追击，向喀什噶尔进军。此时，波罗尼都得知霍集占逃往喀什噶尔，且清军即将抵达，早已惊慌失措，他一边组织叛军坚守喀什噶尔城，一边派人联络中亚的巴达克山王国，请求支援。但巴达克山王国深知清军的强大，不敢得罪清朝，拒绝了波罗尼都的请求，波罗尼都陷入了孤立无援的境地。
三月，兆惠率领清军抵达喀什噶尔城外，与富德的部队汇合，对喀什噶尔城发起猛攻。喀什噶尔城是大小和卓的老巢，也是回部的宗教中心，叛军的防御极为严密，但此时的叛军，早已人心涣散，战斗力低下，根本无法抵挡清军的进攻。清军仅用三天时间，便攻破了喀什噶尔城的城门，冲入城内，与叛军展开最后的决战。
波罗尼都与霍集占见大势已去，不敢继续抵抗，率领少数亲信，从喀什噶尔城的东门突围，逃往中亚的巴达克山，试图寻求巴达克山王国的庇护，伺机卷土重来。兆惠得知消息后，立即派遣富德率领清军精锐，火速追击，务必擒获大小和卓，彻底肃清叛乱势力。
富德率领清军，一路追击，穿越沙漠戈壁，历经数日跋涉，终于抵达巴达克山边境。他派人前往巴达克山王国，向巴达克山国王施压，要求他交出大小和卓，否则清军将出兵攻打巴达克山。巴达克山国王深知清军的强大，若拒绝清军的要求，必将引火烧身，因此，他立即派遣军队，擒获了波罗尼都与霍集占，将二人处死，并将他们的首级交给清军，送回北京。
大小和卓被处死的消息传到西域后，残余的叛军群龙无首，纷纷向清军投降，天山南路的所有叛军据点，全部被清军收复。至此，历时两年的大小和卓叛乱，被清军彻底平定，天山南北终于迎来了和平与安定。兆惠率领清军，在西域浴血奋战一年多，历经无数艰难险阻，终于完成了“定西域、固边防”的使命，用热血与忠诚，扞卫了大清的领土完整。
五、战后安边：经略西域，奠定长治久安之基
平定大小和卓叛乱后，兆惠没有立即班师回朝，而是按照乾隆帝的旨意，留在西域，主持战后治理工作，为西域的长治久安奠定基础。兆惠深知，“平叛易，治理难”，若不能采取有效的治理措施，西域仍可能再次爆发叛乱，因此，他结合西域的实际情况，从军事、政治、经济、文化等多个方面，推行了一系列安边举措，与乾隆帝的西域新政相辅相成。
在军事部署上，兆惠加强了西域的边防建设，在伊犁、乌鲁木齐、喀什噶尔、叶尔羌等重要战略要地，驻扎重兵，实行“驻军屯田、兵民结合”的策略。他组织清军士兵，在西域的伊犁河流域、巴里坤、乌鲁木齐等地区，开垦土地，种植粮食、蔬菜等农作物，实现“军粮自给”，减少后勤保障的压力；同时，他设立驿站与军台，加强军事通讯与交通联络，建立严格的边防巡查制度，严防中亚各国与准噶尔部残余势力入侵，巩固了西域的边防安全。此外，兆惠还招募回部、蒙古族、汉族等各族青年，加入清军，组建“西域边防军”，让他们参与边防巡查与治安维护，增强了西域各族百姓对大清的认同感与归属感。
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