城内的叛军守将，本就对大小和卓的残暴统治心存不满，又看到清军兵力强盛、军纪严明，深知坚守无望；而城内的回部百姓，早已不堪忍受大小和卓的繁重赋税与徭役，听到清军的宣传后，纷纷要求叛军守将献城投降。在内外压力下，阿克苏的叛军守将最终决定归顺清军，打开城门，迎接清军入城。
清军顺利收复阿克苏，没有费一兵一卒，这不仅是兆惠“安抚为主、军事为辅”战略的首次成功，更让清军赢得了回部百姓的信任。进入阿克苏后，兆惠严格执行乾隆帝的旨意，安抚百姓，废除大小和卓推行的苛捐杂税，发放粮食与布匹，帮助百姓恢复生产；同时，他尊重回部的宗教信仰与风俗习惯，派人修缮被叛军破坏的清真寺，禁止清军士兵干涉宗教活动，让回部百姓真切感受到清军的善意。
此外，兆惠在阿克苏设立行政机构，派遣官员管理，同时招募回部青年加入清军，组建“回部义勇军”，让他们参与平叛战争，既充实了清军的兵力，又增强了回部百姓对清军的认同感。许多回部贵族与宗教人士，纷纷主动向清军提供情报、粮草与兵力支持，为清军后续的征战奠定了坚实的民心基础。
收复阿克苏后，兆惠没有停留，立即部署下一步作战计划：派一支精锐部队驻守阿克苏，巩固后方；同时，兵分两路，一路由副将军富德率领，向叶尔羌方向进军，牵制霍集占的叛军；另一路由自己亲自率领，向喀什噶尔方向进军，牵制波罗尼都的叛军，意图将大小和卓的叛军分割包围，逐个歼灭。
三、黑水营之围：绝境中的铁血坚守
乾隆二十三年十一月，兆惠率领清军主力，从阿克苏出发，向喀什噶尔进军。途中，他得知霍集占在叶尔羌城内囤积了大量粮草，且兵力空虚，便临时改变计划，决定先攻打叶尔羌，擒获霍集占，再回师攻打喀什噶尔。兆惠率领清军，日夜兼程，抵达叶尔羌城外的黑水河畔，扎下营寨，准备攻城——这便是历史上着名的“黑水营”。
叶尔羌城是天山南路的重镇，城墙高大坚固，城内守军多达数万，且霍集占早已做好防御准备，在城外挖掘壕沟、设置障碍，还在城墙上部署了大量火炮与弓箭手。兆惠率领的清军，仅有一万余人，且长途跋涉、疲惫不堪，兵力对比悬殊。此外，霍集占得知清军抵达后，立即派人联络波罗尼都，请求援军，同时组织叛军出城反击，试图将清军围困在黑水营。
兆惠深知清军兵力不足，不宜贸然攻城，便决定先派少量部队，前往叶尔羌城外的英峨奇盘山，抢夺叛军的粮草，同时试探叛军的虚实。然而，清军的行动被叛军察觉，霍集占率领叛军出城，埋伏在英峨奇盘山附近，当清军进入埋伏圈后，叛军发起猛攻，清军猝不及防，伤亡惨重，被迫退回黑水营。
霍集占见清军受挫，士气大振，立即率领叛军，将黑水营团团包围。此时，波罗尼都的援军也已抵达叶尔羌，与霍集占的叛军汇合，叛军兵力增至五万余人，将黑水营围得水泄不通。清军陷入了绝境：外无援军，内无粮草，水源被叛军切断，士兵们不仅要面对叛军的猛攻，还要忍受饥饿与干渴的折磨。
叛军每天都向黑水营发起进攻，用火炮轰击营寨，用弓箭手射杀清军士兵，还派人挖掘地道，试图攻破营寨。兆惠临危不乱，亲自登上营寨指挥作战，他鼓励清军士兵“坚守待援，与营寨共存亡”，同时组织士兵，修筑防御工事，挖掘水井，寻找水源；此外，他还采取“以守为攻”的策略，派小股部队，趁叛军进攻间隙，出城偷袭叛军的粮草营地，烧毁叛军的粮草，扰乱叛军的军心。
清军士兵在兆惠的带领下，凭借顽强的意志，坚守黑水营。他们饿了，就吃煮过的马鞍、皮革；渴了，就喝雪水、泥水；受伤了，就简单包扎后继续作战，没有一人退缩。兆惠身先士卒，亲自率军反击叛军的进攻，多次负伤，却始终坚守在前线，他的铁血与忠诚，极大地鼓舞了清军士兵的士气。
黑水营之围持续了三个月，清军伤亡过半，粮草耗尽，陷入了最艰难的境地。但兆惠始终没有放弃，他一边组织清军坚守，一边派人突围，向驻守阿克苏的清军送信，请求援军。乾隆帝得知兆惠被困黑水营的消息后，极为担忧，立即下令富德率领清军主力，火速前往叶尔羌救援兆惠；同时，下令陕甘总督调拨大量粮草、武器，支援前线。
乾隆二十四年正月，富德率领的援军，历经千辛万苦，终于抵达叶尔羌城外，与围困黑水营的叛军展开激战。叛军见清军援军抵达，士气大跌，霍集占与波罗尼都深知无法同时抵挡兆惠的守军与富德的援军，便下令撤军，退守叶尔羌城。兆惠得知援军抵达后，立即率领城内的清军士兵，出城与富德的援军汇合，内外夹击，大败叛军，成功解除了黑水营之围。
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