次日清晨，清军主力部队发起猛攻，土司兵果然集中兵力抵抗。就在双方激战正酣之际，迂回包抄的清军突然出现在土司兵后方，发起突袭。土司兵腹背受敌，顿时大乱，纷纷溃逃。鄂尔泰率领清军乘胜追击，一举攻破乌蒙土司府，禄万钟企图逃往缅甸，却被清军截获，押解至昆明。
与此同时，北路军、南路军也大获全胜。镇雄土司陇庆侯战死沙场，东川土司禄氏被迫投降。平定三大土司叛乱后，鄂尔泰下令，废除乌蒙、镇雄、东川三府的土司制度，设立流官，重新划分行政区划，将乌蒙府改为昭通府，镇雄府改为镇雄州，东川府划归云南管辖。
为了稳定滇东北局势，鄂尔泰采取了“安抚为先”的策略。他下令，严禁清军滥杀无辜，对放下武器的土司兵予以赦免；对主动归顺的土司残余势力，保留其财产，甚至授予官职；对被土司压迫的百姓，分给土地、粮食，帮助他们重建家园。同时，他在昭通、镇雄、东川等地开设学堂，教授汉文化，鼓励汉族与少数民族通婚，促进民族融合；推行“摊丁入亩”“火耗归公”等新政，减轻百姓负担，规范赋税征收，让滇东北的社会秩序迅速恢复稳定。
滇东北平定后，鄂尔泰将目光投向了贵州的苗族地区。贵州古州、台拱的苗族土司，世代盘踞苗岭群峰，凭借险峻的地形，屡起叛乱，是贵州治理的一大难题。此前，朝廷多次派兵镇压，均因不熟悉苗族习俗、不了解地形而失败。鄂尔泰吸取以往的教训，制定了“剿抚兼用、以抚为主”的策略。
他首先派人前往古州、台拱等地，联络苗族中的开明人士，宣传改土归流的好处，劝诫苗族土司主动归顺。同时，他下令清军进驻苗族地区周边，形成军事威慑，对顽固抵抗的土司形成压力。然而，古州土司杨昌明，自恃兵力强盛，又有周边苗族部落的支持，拒不归顺，还联合台拱、清江等地的土司，发动大规模叛乱，围攻清军驻地。
鄂尔泰见状，不再犹豫，调集滇黔清军，兵分五路，进攻古州、台拱等地。此次出兵，鄂尔泰严令清军：“苗族百姓多受土司蛊惑，并非真心叛乱，严禁滥杀无辜，对放下武器的百姓，一律予以安抚；只针对顽固抵抗的土司及其亲信，不得牵连百姓。”
清军进军途中，严格遵守鄂尔泰的命令，不侵扰苗族村寨，不劫掠百姓财物。不少苗族百姓见清军纪律严明，并非像土司所说的“烧杀抢掠”，纷纷主动向清军提供情报，甚至帮助清军引路。在苗族百姓的帮助下，清军顺利突破苗岭天险，对叛乱土司发起猛攻。
杨昌明的叛军虽勇猛，却缺乏统一指挥，又失去了百姓的支持，很快便溃不成军。清军一举攻破古州土司府，杨昌明被活捉。平定古州叛乱后，鄂尔泰乘胜追击，先后平定了台拱、清江等地的土司叛乱。此后，他在贵州设立八寨、丹江、都江、清江等六厅，委派流官治理，同时推行汉化政策，开设学堂，传授农业生产技术，减免赋税，安抚苗族百姓，让贵州的局势逐渐稳定下来。
在经略云贵的过程中，鄂尔泰深知，西南地区民族众多，民风各异，若一味推行汉化，强行改变少数民族的习俗，必然会引发新的矛盾。因此，他在推行改土归流、传播汉文化的同时，也尊重少数民族的习俗和信仰。他下令，禁止官员歧视、欺压少数民族百姓，允许少数民族保留自己的语言、习俗和宗教信仰；对少数民族的传统节日，予以支持和保护；在处理民族矛盾时，采取“就地调解”的方式，邀请少数民族的长老、首领参与调解，尊重少数民族的意愿，让各族百姓能够和睦相处。
此外，鄂尔泰还十分重视西南边疆的边防建设。云贵地区与缅甸、越南接壤，边境线漫长，历来是外来势力入侵的重要通道。为了加强边防，鄂尔泰下令，在边境地区修筑城池、堡垒，派遣清军驻守；同时，加强与缅甸、越南的外交往来，划定边境线，签订友好盟约，严禁双方势力越境侵扰；此外，他还在边境地区设立集市，促进边境贸易的发展，增进中国与缅甸、越南的经济文化交流，以贸易促和平，以交流固边防。
在鄂尔泰的苦心经营下，云贵地区的局势发生了根本性的转变。昔日的土司割据之地，如今政令畅通；流离失所的百姓，如今安居乐业；尖锐的民族矛盾，如今逐渐缓和；动荡不安的边疆，如今固若金汤。改土归流在云贵地区全面推行，先后废除土司百余处，设立府、厅、州、县数十个，流官制度全面确立，中央政府对云贵地区的管辖得到了空前加强。
经济方面，云贵地区的农业、手工业、商业得到了快速发展。鄂尔泰组织百姓兴修水利，开垦荒地，推广汉族先进的农业生产技术，让云贵地区的粮食产量大幅提高，百姓再也不用为吃饭发愁；开设集市，促进了云贵地区与内地的经济交流，食盐、茶叶、丝绸等商品在云贵地区广泛流通；手工业也逐渐兴起，苗族的银器、彝族的刺绣等特产，不仅在国内畅销，还通过边境贸易传入缅甸、越南等地。
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