皇太极的话义正辞严，震慑了所有反对者。莽古尔泰脸色煞白，却不敢再反驳——他深知皇太极的手段，此前整顿八旗时，皇太极就曾以违纪为由严惩过八旗贵族，如今皇太极权力稳固，他若执意反对，只会自食恶果。
为了进一步破除阻力，皇太极采取了“恩威并施”的策略：一方面，他对积极支持建制的贝勒、大臣予以重赏——代善因支持建制，被赏赐黄金百两、绸缎千匹；范文程因谋划有功，被加封为太子太傅，赐府第一座；另一方面，他对公然阻挠建制的守旧贵族予以严惩——正白旗一名甲喇额真因散布“建制会亡我女真”的流言，被皇太极下令斩首示众；镶蓝旗一名固山额真因拒绝配合户部清查旗地，被削去爵位，贬为庶人。
与此同时，皇太极还多次召集八旗贵族议事，耐心讲解三院六部建制的重要性：“我等女真族人丁稀少，要想一统天下，必须依靠汉蒙各族人民。三院六部的设立，就是要让汉蒙各族人才有施展才干的舞台，让他们真心归附我后金；就是要让天下百姓看到，我后金不仅能打仗，更能治理天下。只有这样，我们才能夺取中原，建立万世基业。”
在皇太极的强硬推动和耐心劝导下，阻力渐渐消除，三院六部建制开始逐步推行。
四、建制成效：政令畅通，国力日盛
三院六部的设立，给后金带来了翻天覆地的变化。
在行政上，昔日权责不清、政令混乱的局面得到彻底改变。六部各司其职，运转有序：吏部制定了详细的官员选拔考核制度，选拔了一批有才干的汉蒙官员，充实到各级官府，吏治焕然一新；户部清查了辽东土地，登记了各族户籍，制定了“轻徭薄赋”的政策，减轻了百姓负担，促进了农业生产，粮草储备日益充足；礼部制定了统一的礼仪制度，开设了科举考试，第一次科举便选拔出汉蒙各族秀才数十人，充实到内三院和六部，同时规范了与蒙古、朝鲜的外交礼仪，提升了后金的国际地位；兵部整顿了八旗军编制，制定了严格的训练计划，统筹了装备制造，八旗军的战斗力和后勤保障能力大幅提升；刑部制定了《崇德会典》的雏形，规范了法律条文，公正审理案件，维护了社会秩序，各族百姓的安全感显着增强；工部扩建了盛京，加固了辽阳、锦州等边境城池，兴修了浑河水利，开设了火器工坊、铠甲工坊，兵器装备的质量和产量大幅提高。
在政治上，权力进一步集中到皇太极手中。内三院成为皇太极的决策中枢，六部直接对皇太极负责，贝勒共议朝政的制度名存实亡，后金从“八旗共治”的部族政权，正式转变为“大汗集权”的封建王朝政权。这一转变，使得后金的决策效率大幅提高，能够集中全国力量办大事——无论是南征北战，还是发展生产，都能做到政令畅通、步调一致。
在民族融合上，三院六部的设立极大地促进了满汉蒙各族的融合。汉臣和蒙古王公进入中枢机构和六部任职，与满洲贵族共同治理国家，打破了民族间的隔阂；科举制度的推行，让汉蒙各族知识分子看到了上升的希望，纷纷投身后金的治理事业；各项政策的制定兼顾了各族利益，让各族百姓感受到了公平对待，归附之心日益坚定。盛京城内，满汉蒙各族官员一同办公，百姓互通有无，呈现出一派“各族同心，共兴后金”的繁荣景象。
天聪十年五月，在三院六部建制推行初见成效、后金国力日益强盛、蒙古诸部彻底归附的背景下，范文程、宁完我等汉臣联合蒙古王公，共同上书皇太极，请求皇太极登基称帝，改国号为“大清”，改元“崇德”。
“大汗顺应天命，统一满洲，收服蒙古，安抚汉人，疆域万里，百姓归心。如今三院六部建制已成，政令畅通，国力日盛，当登基称帝，改国号以顺天意，定年号以昭万世。”范文程在奏折中写道。
皇太极看着奏折，心中感慨万千。从十三副遗甲起兵，到如今坐拥辽东、统辖各族、建制立纲，父亲努尔哈赤未竟的大业，正在他手中一步步实现。他知道，登基称帝、改国号为大清，不仅是个人地位的提升，更是后金从部族政权向封建王朝转变的标志，是向明廷宣战、争夺天下正统的宣言。
经过一番推辞后，皇太极最终应允。天聪十年五月十六日，皇太极在盛京举行盛大的登基称帝大典，正式改国号为“大清”，改元“崇德”。登基大典上，满汉蒙各族官员、王公贵族共同朝拜，山呼万岁，盛京的上空，回荡着“大清万年”的欢呼声。
站在大政殿的龙椅上，接受各族臣民的朝拜，皇太极的目光坚定地望向南方。他知道，设立三院六部、登基称帝，都只是他大业中的一步。接下来，他要率领日益强盛的大清，集中全部力量，突破山海关，问鼎中原，将大清的旗帜插遍天下，建立一个统一的、多民族的强大王朝。
而此时的明廷，依旧深陷党争与农民起义的泥潭，朝政腐败，国力衰退。他们还没有意识到，一个采用中原先进制度、融合满汉蒙各族力量、军事强大、行政高效的大清王朝，已经在关外崛起，正以不可阻挡之势，向着中原大地，缓缓驶来。三院六部的设立，为大清的强盛奠定了坚实的政治基础，也为日后清军入关、统一全国，做好了充分的准备。一个崭新的时代，正在大清的龙旗之下，缓缓开启。
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