- 户部：掌全国土地、户籍、赋税、粮草、财政收支。“财者，国之血脉也。”皇太极说道，“如今我后金疆域日广，户籍日繁，须清查土地，登记户籍，制定合理赋税，确保粮草充足、财政充盈。户部要做到土地清、户籍明、赋税公，不得苛剥百姓，不得中饱私囊。”任命英俄尔岱为尚书，吴守进为侍郎——英俄尔岱长期掌管后金财政，经验丰富；吴守进原为明廷降将，擅长理财，两人共同打理后金的“钱袋子”。
- 礼部：掌礼仪、祭祀、科举、外交、民族事务。“礼者，纲纪之体现也。”皇太极下令，“礼部要制定满汉蒙各族通用的礼仪制度，规范祭祀、朝会、婚丧等礼节；要开设科举，选拔各族有才之士，不论出身，唯才是取；要处理好与蒙古、朝鲜的外交礼仪，彰显我后金大国风范；要安抚各族百姓，尊重其风俗，化解矛盾，促进融合。”任命萨哈廉为尚书，王崇简为侍郎——萨哈廉是代善之子，聪慧过人，熟悉满蒙礼仪；王崇简是汉臣，精通中原礼仪科举，两人携手搭建后金的“礼仪框架”。
- 兵部：掌全国军事行政，包括军队编制、训练、装备、调遣、军饷粮草供应等（八旗军的作战指挥仍由大汗及贝勒掌控，但日常军政归兵部）。“兵者，国之爪牙也。”皇太极强调，“兵部要整顿八旗军编制，明确各旗兵力；要制定严格的训练制度，确保将士武艺精湛；要统筹装备制造与供应，保障火器、铠甲、战马充足；要保障军饷粮草及时供应，让将士无后顾之忧。”任命宗室岳托为尚书，金砺为侍郎——岳托战功赫赫，熟悉军事；金砺原是明廷降将，擅长军事行政，两人共同强化后金的“军事骨架”。
- 刑部：掌全国司法、刑狱，制定法律条文，审理案件。“法者，天下之公器也。”皇太极下令，“刑部要制定满汉蒙各族通用的法律条文，做到法律明、刑罚公；审理案件要以法律为依据，不分亲疏，不分民族，公正断案，不得徇私舞弊、草菅人命。要通过司法，震慑奸邪，安抚民心，维护天下秩序。”任命宗室济尔哈朗为尚书，张存仁为侍郎——济尔哈朗公正严明，威望甚高；张存仁原为明廷降将，熟悉中原司法体系，两人共同打造后金的“法治屏障”。
- 工部：掌全国工程建设，包括城池、宫殿、堡垒、水利、交通、兵器制造等。“工者，国之根基也。”皇太极说道，“如今我盛京需扩建，辽阳城需加固，边境堡垒需修建，水利需兴修，兵器需制造，皆离不开工部。工部要选拔能工巧匠，统筹工程建设，确保质量，节省开支，不得拖延工期，不得贪污工料。”任命宗室萨木什喀为尚书，孟乔芳为侍郎——萨木什喀擅长工程管理，孟乔芳原为明廷降将，熟悉中原工程技术，两人共同筑牢后金的“物质基础”。
六部尚书皆为正二品，侍郎为正三品。值得注意的是，六部官员的任命遵循“满汉蒙兼顾”的原则——尚书多由宗室贝勒或满洲贵族担任，以保障满洲贵族的核心利益；侍郎则多由汉臣或蒙古王公担任，以吸纳汉蒙人才，兼顾各族利益。这一设置，既巩固了满洲贵族的统治地位，又充分调动了汉蒙人才的积极性，体现了皇太极“满汉蒙一体”的治国思想。
三、建制推行：恩威并施，破除阻力
三院六部建制的宣布，在盛京引起了巨大震动。对于大多数汉臣和蒙古王公来说，这是他们期盼已久的变革——汉臣们熟悉中原官制，在新体制下能更好地发挥才干；蒙古王公们则希望通过规范的制度，保障自己的权益。但对于部分八旗守旧贵族来说，这一体制的推行，意味着他们的权力受到了极大限制——昔日贝勒共议朝政、各旗自行其是的局面一去不返，权力被集中到大汗手中，六部的设立也分割了他们在各旗的行政权力。
阻力很快显现。正蓝旗主莽古尔泰率先发难，他在朝会上直言不讳：“大汗设立三院六部，是要夺我等贝勒之权，忘我女真开国之根本！八旗乃大汗与贝勒共立，政务理应由贝勒共议，何以交给这些汉臣、文臣打理？”
莽古尔泰的话得到了部分守旧贝勒的附和，大殿内的气氛顿时变得紧张起来。皇太极早已料到会有阻力，他面色平静地看着莽古尔泰，缓缓说道：“莽古尔泰贝勒此言差矣。我设立三院六部，是为后金大业，而非为一己之权。昔日，我们靠八旗铁骑打天下，如今要靠建制立纲治天下。贝勒们战功赫赫，我自然不会忘，但治理天下，需懂吏治、理财、礼仪、司法之能，这些，难道是仅凭骑射就能做到的吗？”
他话锋一转，语气变得严厉起来：“汉臣范文程、鲍承先，蒙古王公奥巴、吴克善，皆为我后金立下大功，他们的才干，难道不如你等守旧之见？若说忘本，不忘本者，当以后金大业为重，而非固守一己之权！若有人敢以私权阻挠建制，便是与后金大业为敌，休怪我不念兄弟之情！”
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