天聪六年春，漠南草原的风还带着凛冽寒意，皇太极亲率八旗劲旅与蒙古盟军，踏上了征伐察哈尔部的征程。此时的察哈尔部，在林丹汗的统治下早已不复往日荣光——明廷岁币断绝，内部诸部落离心离德，科尔沁、敖汉等部相继归附后金后，林丹汗成了孤家寡人，却仍凭借祖上余威，盘踞在西拉木伦河流域，负隅顽抗。
“林丹汗自诩蒙古共主，却勾结明廷，欺压同族，早已天怒人怨。”行军途中，皇太极在大帐内对着沙盘，对身边的代善、多尔衮及蒙古王公说道，“此次出兵，非为掠夺，而是为解救察哈尔各部于水火，将漠南蒙古彻底纳入同盟，为日后南下伐明扫清后患。”
科尔沁部贝勒吴克善（布木布泰之兄）起身附和：“大汗所言极是！林丹汗对我等各部横征暴敛，稍有不从便兴兵讨伐，我科尔沁部早受其苦。如今有后金大军相助，定能一举击溃察哈尔，让漠南草原重获安宁！”
皇太极点了点头，随即下令：“传我将令，大军兵分三路——东路以多尔衮、多铎率两白旗及喀喇沁部骑兵，奔袭察哈尔东部牧场，切断其粮草来源；西路以代善、萨哈廉率两红旗及敖汉部骑兵，迂回至察哈尔西部，阻其西逃之路；我亲率中路大军，直捣林丹汗老营，务求一战必胜！”
三路大军如三把利刃，迅猛插向察哈尔部腹地。此时的林丹汗，早已听闻后金大军来犯的消息，却因部众离散、军心涣散，只能勉强集结两万余人应战。他深知自己不是后金对手，起初想率军西逃，投靠漠北喀尔喀部，却被代善率领的西路军死死拦住去路。
“将军，西路后金兵已在杭爱山下扎营，我们无法西撤！”探马慌张地向林丹汗禀报。
林丹汗面色惨白，瘫坐在马背上。他望着身边士气低落的部众，心中充满了绝望。想当年，他继承察哈尔汗位时，部落强盛，控弦之士数万，明廷每年赐银百万两，何等风光？可如今，却落得众叛亲离、无路可逃的境地。
“既然无法西逃，便与后金拼了！”林丹汗拔出腰间弯刀，声嘶力竭地喊道，“谁敢退缩，立斩不赦！”
可他的怒吼，并没有激起部众的斗志。察哈尔士兵们早已厌倦了战争，更对林丹汗的残暴统治心怀怨恨。当皇太极率领的中路大军逼近时，许多士兵竟纷纷放下兵器，选择投降。
双方在昭乌达草原展开决战。皇太极亲自率军冲锋，八旗将士与蒙古盟军并肩作战，气势如虹。察哈尔军节节败退，林丹汗见大势已去，带着少数亲信，杀出重围，向青海方向逃窜。
“追！务必生擒林丹汗！”皇太极下令道。
多尔衮、多铎率领的东路军闻讯赶来，与中路军会合后，一同追击林丹汗残部。一路上，察哈尔部的零散部落纷纷归附，有的主动献上粮草、战马，有的则加入追击队伍，协助后金大军搜寻林丹汗的踪迹。
历经数月追击，后金大军始终未能追上林丹汗。原来，林丹汗一路西逃，途中感染天花，于天聪六年八月病逝于青海大草滩。他的儿子额哲继承汗位，率领残余部众，驻守在托里图城。
消息传回后金大营，皇太极下令停止追击，转而率军前往托里图城，招降额哲。“林丹汗已死，察哈尔部群龙无首。额哲年幼，无力支撑大局，若能招降于他，不仅能收服察哈尔余部，更能向蒙古诸部彰显我后金的仁慈与诚意。”
后金大军抵达托里图城下后，皇太极并没有立刻攻城，而是派额哲的舅舅、科尔沁部贝勒吴克善进城劝降。吴克善见到额哲后，动之以情，晓之以理：“如今漠南蒙古各部皆已归附后金，林丹汗已死，你孤军奋战，无异于以卵击石。后金大汗皇太极英明神武，善待归附各部，若你献城归降，必保你富贵荣华，察哈尔部众也能安居乐业。”
额哲年仅十二岁，面对城外黑压压的后金大军，早已吓得不知所措。他与身边的大臣商议后，深知大势已去，若继续抵抗，只会招致灭顶之灾。最终，额哲决定献城归降。
次日，额哲打开城门，率领察哈尔部文武大臣，手举白旗，出城投降。皇太极亲自出营迎接，见到额哲后，不仅没有丝毫怠慢，反而上前扶起他，温言道：“你父林丹汗虽与我为敌，但罪在一人，与尔等部众无关。我今日收纳你等，并非要灭察哈尔部，而是要让你们与其他蒙古部落一样，共享太平。”
皇太极当即下令，封额哲为和硕亲王，保留察哈尔部的部落组织，让其继续统领部众；同时，将自己的女儿固伦温庄长公主嫁给额哲，以联姻巩固双方关系。这一举措，让察哈尔部众深受感动，也让其他蒙古部落看到了后金的宽容与诚意。
收服察哈尔部后，皇太极获得了一件意想不到的宝物——传国玉玺。这枚玉玺相传为秦始皇所制，后辗转流传至蒙古，被林丹汗视为镇国之宝。额哲归降时，将这枚玉玺献给了皇太极。
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