突袭当天，天色未亮，行动队伍便兵分三路向箱根山进发。沈慕、柯南与灰原哀跟随核心突袭组，乘坐越野车悄悄靠近研发基地。系统实时提示：“当前时段为守卫换班间隙，核心通道的守卫数量减少 40%，是潜入的最佳时机。”
抵达基地外围后，柯南利用微型无人机，成功干扰了入口的监控系统。赤井秀一带领队员，迅速控制了外围岗哨，没有发出任何声响。安室透则按照计划，引爆了基地东侧的小型炸弹，制造 “设备故障” 的假象，吸引了大部分守卫的注意力。
沈慕与柯南趁机潜入基地，通过通风管道向地下三层移动。系统持续侧写沿途守卫的心理：“听到爆炸声后出现恐慌情绪，巡逻节奏混乱，部分守卫擅自离开岗位查看情况。” 两人借助这个机会，顺利抵达核心实验室顶部，通过爆破装置打开通道，悄悄潜入室内。
实验室里，10 名测试对象已被固定在试验台上，几名研发人员正准备注射永生药剂。看到突然出现的沈慕与柯南，所有人都愣住了。沈慕立刻播放录音，同时喊道：“琴酒已经做好了清理你们的准备，测试成功或失败，你们都活不了！”
研发人员的脸色瞬间变得惨白，一名戴眼镜的研究员颤抖着说：“你说的是真的？” 系统提示：“该研究员心理防线薄弱，对‘生存’的渴望已压制对组织的忠诚。” 沈慕点头：“只要你们配合我们，停止测试，就能获得警方的保护。”
就在这时，实验室的门被猛地踹开，琴酒带着几名核心成员冲了进来，枪口对准沈慕：“一群叛徒，敢破坏组织的计划！” 柯南早有准备，按下手中的遥控器，实验室的通风系统立刻喷出麻醉气体，琴酒等人猝不及防，动作迟缓了几分。
与此同时，赤井秀一与安室透带领队员赶到，与组织成员展开激烈枪战。沈慕趁机让研发人员停止测试，将测试对象转移到安全区域。灰原哀则快速收集核心实验室的药物样本与数据，将其存储到加密设备中。
战斗持续了半小时，组织成员因腹背受敌，逐渐溃败。琴酒见势不妙，启动了实验室的自毁程序，随后趁乱从紧急撤离通道逃脱。沈慕等人在自毁程序启动前，成功撤离核心实验室，与外围队员汇合。
当众人安全抵达基地外时，身后传来巨大的爆炸声，箱根山研发基地在火光中化为废墟。系统提示音响起：“任务完成！成功摧毁组织研发基地，阻止永生药剂最终测试，获取完整药物数据。解锁功能：药物研发心理策反（专项分析研发人员的叛逃可能性）。奖励：组织核心成员最新行踪线索。”
看着燃烧的基地，柯南松了口气：“终于端掉了这个毒窝。” 沈慕却眉头紧锁：“琴酒逃脱了，而且组织的医疗试验网络还未彻底清除，这场战斗还没结束。” 他拿出系统奖励的行踪线索，上面标注着 “琴酒已前往米花港，计划转移剩余药物原料”。
灰原哀握着手中的药物样本，眼神坚定：“有了这些数据，我们就能研发出彻底中和永生药剂的解药，再也不用担心组织的威胁了。” 沈慕点头，心中明白，虽然取得了重大胜利，但与组织的终极对决，还在等待着他们。
夕阳西下，行动队伍带着获救的测试对象和研发人员，踏上返程之路。箱根山的火光渐渐熄灭，但正义与邪恶的较量，并未就此落幕。沈慕看着手中的线索，知道下一场战斗已近在眼前，而他们，必须做好万全准备，迎接最终的挑战。
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