为了引开琴酒的注意力，几人制定了 “声东击西” 计划：由阿笠博士伪装成携带笔记的样子，乘坐车辆前往黑羽山，吸引组织注意力；沈慕、柯南与灰原哀则乘坐另一辆车，悄悄前往箱根山，实地侦查研发基地。同时，赤井秀一安排 FBI 警员在黑羽山周边埋伏，安室透则带领公安人员，暗中保护沈慕一行。
出发前，灰原哀将笔记的核心内容拷贝到加密 U 盘，原件则锁进阿笠博士发明的 “防破解保险箱”：“就算琴酒抢到保险箱，没有我的 DNA 和研发代码，也无法打开。” 沈慕看着她坚定的眼神，心中多了几分底气 —— 经过多次合作，他们已经形成了足够的信任，这是对抗组织的重要力量。
车辆行驶在前往箱根山的公路上，夜色渐浓，窗外的山林漆黑一片。沈慕的手机突然收到 FBI 的消息：“黑羽山方向发现琴酒的保时捷，阿笠博士的车辆已被包围，但他们暂时没有动手，似乎在确认笔记是否在车内。” 柯南嘴角上扬：“看来我们的计划成功了，琴酒果然上钩了。”
系统提示：“琴酒的心理状态变化 —— 因未确认笔记位置，处于‘犹豫期’，暂时不会采取极端行动，这为我们争取了至少 3 小时的侦查时间。” 沈慕看向灰原哀：“我们必须尽快找到研发基地的入口，获取更多证据，同时确认矿洞内是否有关押的试验者。”
抵达箱根山北侧后，几人下车步行前往废弃银矿。矿洞入口被茂密的灌木丛掩盖，仅留下一个狭窄的通道，空气中弥漫着淡淡的硫磺味和化学试剂的味道。沈慕打开夜视仪，观察着矿洞周边：“系统检测到矿洞入口有‘红外监控’和‘震动传感器’，组织的守卫很严密。”
柯南拿出特制的干扰器，成功屏蔽了监控和传感器：“灰原，你留在外面接应，我和沈慕哥哥进去侦查。” 灰原哀点头，将一个微型通讯器递给他们：“矿洞内信号可能不好，保持通讯畅通，一旦发现危险，立刻撤离。”
进入矿洞后，通道狭窄曲折，墙壁上布满了潮湿的苔藓。走了大约十分钟，前方出现了微弱的灯光，隐约能听到机器运转的声音。沈慕示意柯南停下，系统侧写守卫心理：“矿洞内的守卫因长期处于封闭环境，警惕性会降低，但对‘陌生脚步声’格外敏感，且会定时巡逻，巡逻间隔约 15 分钟。”
两人趁着巡逻间隙，悄悄靠近灯光来源处，躲在一块巨石后面观察。眼前的景象让他们震惊：废弃的矿洞被改造成了现代化实验室，几个穿着白色防护服的研究员正在操作仪器，大型离心机高速运转，旁边的培育室里，种满了高山龙胆花。实验室的角落，还关押着几名面色苍白的人，看起来像是被组织抓来的试验者。
“系统提示：检测到实验室核心区域有‘密码门’，门上标注的‘乌鸦徽章’下方，有‘Gin’的签名，说明琴酒是这里的直接负责人。” 沈慕低声对柯南说：“我们需要获取实验室的门禁密码，才能进入核心区域，找到永生药剂的试验数据。”
就在这时，通讯器里传来灰原哀急促的声音：“不好了！琴酒好像发现被骗了，他的车辆正在往箱根山方向驶来，预计 20 分钟后抵达！” 柯南脸色一变：“我们必须尽快撤离，否则会被包饺子！” 沈慕点头，快速拍下实验室的布局和试验者的情况，两人沿着原路撤离。
回到车上，几人立刻驱车离开箱根山。途中，沈慕收到系统提示：“任务阶段性完成！成功解码研发笔记，锁定组织研发基地位置，获取实验室初步情报。解锁功能：药物试验者心理侧写（专项分析试验者的行为特征与求救信号）。奖励：矿洞实验室的内部结构草图（基于卫星图片与现场观察推演）。”
灰原哀看着拷贝的笔记数据，语气沉重：“组织的研发进度比我们预想的快，他们已经开始用真人做试验，如果不尽快摧毁基地，后果不堪设想。” 沈慕握住方向盘，眼神坚定：“我们已经掌握了基地的位置和结构，接下来就是联合 FBI、公安，制定突袭计划。而且琴酒这次扑空，肯定会更加谨慎，我们必须抓住他下次行动的机会，一举端掉这个基地。”
车辆行驶在夜色中，远处的箱根山隐没在黑暗里，如同组织的阴谋般深不可测。但沈慕知道，只要他们保持默契，利用好每一条线索，就一定能撕开黑暗的伪装。笔记的解码完成，研发基地的阴影逐渐清晰，一场针对组织核心研发设施的攻坚战，即将拉开序幕。
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