随着新秩序在废墟之上艰难铺展，一种难以用常理解释的变化，如同春风化雨，悄无声息地渗入世界的肌理。这不是雷霆万钧的剧变，而是深埋的种子，在经历严冬与烈火后，于新泥中探出的、带着陌生姿态的嫩芽。
最先察觉到自身不同的，是北境边军一个名叫王石头的普通士卒。那日轮值，他路过一片古战场的边缘。此地历经劫波，早已地貌大改，唯有些许残破兵刃半掩于土。他本欲捡拾些尚可回炉的废铁，指尖刚触及一截锈蚀的断矛，一阵不属于他的冰冷与决绝便顺着指尖猛撞进脑海——那是百年前，某个无名枪兵面对潮水般敌骑时，最后一记突刺的感受。王石头骇然松手，断矛却在掌心留下了一道浅白色的、如同锈迹的印痕。自那以后，他对兵刃有了奇异的感知。不是看见，而是“感觉”。他能模糊感到营中兵器架上，哪把刀曾饱饮鲜血，哪面盾曾历经重击，甚至能依稀分辨出不同兵器上残留的、近乎湮灭的“意”——有的是狂暴的杀意，有的是坚韧的守意，混乱而微弱。这能力时灵时不灵，且接触久了会心神不宁，他只当是自己劫后心神不稳的癔症，不敢声张。
几乎同时，在南方赤地千里的“枯壤”边缘，一个名叫阿禾的孤儿，在挖掘草根时，因极度干渴晕厥过去。迷迷糊糊中，他感到身下滚烫的沙土，似乎传来一阵细微的、如同心跳般的脉动，那脉动里充满了干裂的痛楚与对一丝凉意的渴望。他醒来后，发现嘴里含着半截多汁的、从未见过的暗红色根茎。奇迹般恢复了少许气力后，他尝试将手掌贴在沙地上，闭上眼，竟能隐约“听”到地下极深处，有极其微弱的水流呜咽之声，那声音断断续续，仿佛随时会断绝。阿禾将这发现告诉村里仅存的几位老人，起初无人相信，直到他指着一处看似绝无可能的地方，让人向下深挖近三丈，竟真的渗出些许浑浊但珍贵的水滴。村人视之为枯壤复苏的祥瑞，阿禾自己却常在夜里，感到脚下大地传来沉闷的、仿佛未曾愈合的伤痛低吟。
海底的变故则更为直观。一个名叫墨鳞的年轻夜叉，曾在璇光藻初次爆发时被其光芒波及，性情变得短暂狂躁，被族人隔离。当藻群的统一意志随评估机制退去，墨鳞的狂暴也渐渐平息，却留下了一种奇特的“后觉”。他能闭着眼，仅凭皮肤对水流的感知，就“看”到周围藻群的分布与流向，甚至能勉强感知到这些藻类简单而循环的“情绪”——对阳光的趋向，对污浊的本能排斥。一次小型海流乱涌时，他无意中将担忧的念头投向一片藻丛，那片藻丛竟缓缓改变了飘浮方向，替他提前示警了暗流。族人对此既惊且疑，畏惧这仍是藻类控制的余毒，墨鳞自己也困惑不已，只能独自在偏僻礁石区，尝试与这些沉默的“光之草”进行无人理解的交流。
变化不独发生在生灵身上。中州一处正在重建的城池，一位老石匠在雕刻新城门瑞兽“椒图”时，想着死于前次灾厄的小孙女，心中悲恸，不知不觉将孙女最爱的野菊花形态，融入了椒图盘绕的鳞甲纹路之中。最后一凿落下，那石质椒图的双眼竟在夕阳余晖下，闪过一丝温润的光，仿佛活了过来。此后，进出此门的百姓，尤其是心中怀有丧亲之痛者，行至门下，常会感到一阵莫名的、令人鼻酸又心安的暖意，仿佛被无声地抚慰。老石匠手艺精绝，此事起初被传为“匠心通神”，立为美谈。然而，当张居正微服巡查至此，驻足门下，闭目感应良久后，却神色凝重地召来了随行的钦天监官员。
“非是匠心，至少不全是。”张居正抚过那冰凉的石刻鳞甲，指尖传来极其微弱、却真实不虚的“波动”，那波动中蕴含着深沉的哀思与宁静的守护之意，“此石，此纹，此刻工，在某个瞬间，与某种……‘东西’共鸣了，将一份情感烙印在了这死物之中，竟使其拥有了影响心绪的微弱‘场’。”他立刻联想到了近期各地零星上报的一些奇闻：有牧童笛声能让惊兽安宁，有绣娘针下图案能引来彩蝶停留片刻，有农夫在特定时辰播种，作物长势总会莫名好上一分……这些都被当作祥瑞或巧合，未曾深究。
张居正迅速将这些散碎信息与王石头、阿禾、墨鳞乃至老石匠的异状联系起来，察觉到了某种共通之处——皆与灾变、强烈的情感或执念、以及接触特定“痕迹”有关。他不敢怠慢，将所察所感，详细密奏于敖璇，并建议暗中查访，谨慎应对。
敖璇的龙魂盘桓于九天，细细感应着这些“异变”发生处的天地灵机流转。数日后，她于一次小型朝议中，对张居正、寂慧禅师、戚继光等核心重臣道出了她的推演：
“此非妖异，乃‘痕’与‘韵’之交织显化。”她以神念将感知到的景象与道理传递众人，“天地万物，凡有经历，必留‘痕’。熵尊之劫，光树重生，众生百态，乃至一草一木之死生，皆于天地间、于法则中、于众生集体心念内，刻下深深‘痕印’。如今新秩序初立，法则未固，灵机涌动，这些深刻的‘痕印’便如水中沉渣，偶有泛起。而某些生灵，或因心念纯粹，或因际遇特殊，或因血脉残留，其自身‘韵’——可理解为生命波动、意念特质——偶然与某一类‘痕印’同频，便可能激发共鸣，显露出些许异常。”
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