元帝命令刁协、刘隗、戴渊率领部众攻打石头城，王导、周顗、郭逸、虞潭等兵分三路出战，刁协等人的军队都大败。太子司马绍听说后，想亲自率领将士决战；上车将要出发，中庶子温峤拉住马缰绳劝谏说：“殿下是国家的储君，怎么能以自身轻视天下！”抽出剑斩断马鞅，太子才停止。
王敦拥兵不朝见元帝，放纵士兵劫掠，宫廷和官府的人都逃散了，只有安东将军刘超按兵不动，坚守防卫，以及两位侍中在元帝身边侍奉。元帝脱下军装，穿上朝服，回头说：“想得到我的位置，应当早点说！何必这样残害百姓！”又派使者对王敦说：“您如果没有忘记本朝，在这里停止军事行动，那么天下还可以共同安定；如果不是这样，我就回到琅邪去为贤人让路。”
刁协、刘隗失败后，都进入宫中，在太极殿东阶见元帝。元帝握住刁协、刘隗的手，流泪呜咽，劝他们避祸。刁协说：“我应当坚守至死，不敢有二心。”元帝说：“现在事情紧迫，怎么能不走！”于是命令给刁协、刘隗人马，让他们自己想办法。刁协年老，不能骑马，平时没有恩德，招募随从，都抛弃了他，走到江乘（今江苏句容北），被人杀死，首级送给王敦。刘隗投奔后赵，官至太子太傅去世。（胡三省注：成帝咸和八年，刘隗跟随石虎在潼关战死，难道就是这个刘隗吗！）
元帝命令公卿百官到石头城见王敦，王敦对戴渊说：“前日的战斗，还有余力吗？”戴渊说：“岂敢有余力，只是力量不足罢了！”王敦说：“我现在的行动，天下人认为怎么样？”戴渊说：“只看表面的人说这是叛逆，体会诚心的人说这是忠诚。”王敦笑着说：“你可以说是能言善辩。”又对周顗说：“伯仁，你辜负我！”（胡三省注：愍帝建兴元年，周顗被杜弢围困，投奔王敦于豫章，所以王敦认为周顗欠自己的情。）周顗说：“您起兵冒犯朝廷，我亲自率领六军，不能完成使命，使朝廷的军队失败，因此辜负了您！”
辛未（十八日），大赦天下；任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，王敦都推辞不接受。
当初，西晋灭亡，四方都劝元帝登基。（胡三省注：见九十卷建武元年。）王敦想专揽国政，顾忌元帝年长难以控制，想重新商议立君，王导不同意。等王敦攻克建康，对王导说：“不听我的话，几乎导致家族覆灭。”
王敦因太子有勇有谋，被朝廷内外所拥戴，想诬陷他不孝而废黜他，大会百官，问温峤说：“皇太子以什么德行着称？”声色俱厉。温峤说：“洞察幽微，思虑深远，不是浅陋之人所能估量的；从礼义来看，可以说是孝顺了。”（胡三省注：说太子既有洞察幽微、思虑深远的才能，又尽到了侍奉父母的礼节，以此化解王敦诬陷他不孝的企图。）众人都认为确实如此，王敦的阴谋于是失败。
元帝在广室殿召见周顗，（胡三省注：广室，殿名。）对他说：“近来的大事，两宫（皇宫和太子宫）平安，众人平安，大将军的做法固然符合大家的期望吧？”周顗说：“两宫自然像陛下说的那样，我们这些人还不知道会怎样。”护军长史郝嘏等劝周顗避开王敦，（胡三省注：周顗代替戴渊为护军将军，任命郝嘏为长史。）周顗说：“我身为大臣，朝廷衰败，难道能再在民间求活，向外投奔异族吗！”王敦的参军吕猗，曾经担任尚书郎，（胡三省注：晋朝称尚书郎为台郎。）本性奸诈谄媚，戴渊担任尚书时，痛恨他。吕猗劝说王敦：“周顗、戴渊都有很高的名望，足以迷惑众人，近来他们的话，毫无惭愧之色，您不除掉他们，恐怕必定会有再次起兵的忧患。”王敦一向忌妒二人的才能，心里很赞同，从容地问王导：“周顗、戴渊是南北众人所敬仰的人，（胡三省注：周顗是汝南人，戴渊是广陵人。晋朝南渡后，二人在当时名声第一。）应当登上三司（太尉、司徒、司空）之位是无疑的。”王导不回答。又说：“如果不能担任三司，只应担任尚书令或仆射吧？”（胡三省注：三司，指太尉、司徒、司空；令仆，指尚书令及左右仆射。）王导又不回答。王敦说：“如果不是这样，就应当杀掉他们！”王导还是不回答。丙子（二十三日），王敦派部将陈郡人邓岳逮捕周顗和戴渊。在此之前，王敦对谢鲲说：“我将任命周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。”（胡三省注：戴渊，字若思。）这一天，又问谢鲲：“近来人心怎么样？”谢鲲说：“明公的举动，虽然想极力保全国家，但众人的议论实在没有理解您的高义。（胡三省注：说众人议论王敦起兵指向京城，不是正义的举动。）如果真能起用周顗、戴渊，那么民心就会安定了！”王敦发怒说：“你太粗疏了！这两个人不称职，我已经逮捕他们了！”谢鲲惊愕失措。参军王峤说：“‘人才众多，文王因此安宁。’（胡三省注：《诗经·大雅·文王》中的诗句。）为什么要杀戮名士！”王敦大怒，想斩杀王峤，众人不敢说话。谢鲲说：“明公举行大事，不杀一个人。王峤因为进献忠言违背了您的旨意，就被杀来祭鼓，（胡三省注：君所谓可而有否焉，臣献其否以成其可；君所谓否而有可焉，臣献其可以替其否。衅鼓，杀人以血涂鼓。）不也太过分了吗！”王敦于是释放了王峤，贬为领军长史。（胡三省注：大将军府参军被贬为领军长史，足以看出王敦的幕府比其他幕府重要。）王峤是王浑的族孙。
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