魏国人陈馀对孔鲋（鲋，音fù ）说：“秦朝即将销毁先王的典籍，而你是收藏书籍的人，这太危险了！”孔鲋说：“我研究的是不被当世所用的学问，了解我的只有朋友。秦朝不是我的朋友，我有什么危险呢！我会把这些书藏起来，等待有人来寻求；等到有人寻求的时候，就没有什么可担忧的了。”孔鲋是孔子的八世孙，字子鱼。
三十五年（己丑，公元前212年）
秦始皇命令蒙恬修筑一条从九原（今内蒙古包头西北 ）直达云阳（今陕西淳化西北 ）的直道，这条道路要开山填谷，全长一千八百里，多年都没有修成。
秦始皇认为咸阳人口众多，而先王的宫殿狭小，于是在渭水南岸的上林苑中建造朝宫。他先建造前殿阿房宫（胡三省注：师古说，阿，就是近的意思；因为这座宫殿离咸阳很近，所以取名阿房。《索隐》说，这座宫殿是根据外形来命名的；意思是宫殿的四周有宽阔的回廊。《三辅黄图》说，这座宫殿是在阿基旁边建造的，所以天下人都称它为阿房宫。《括地志》记载，秦阿房宫也叫阿城，在雍州长安县西十四里。《史记正义》说，阿房宫在上林苑中；雍州城郭的西南面，就是阿房宫城的东南面。），阿房宫东西长五百步，南北宽五十丈，上面可以容纳上万人，下面可以树立五丈高的大旗。宫殿周围修筑了阁道，从殿下一直通到南山（今陕西秦岭 ），在南山的山顶上建造了阙楼。又修了一条复道，从阿房宫渡过渭水，连接到咸阳，以此象征天上的北极星、阁道星跨过银河抵达营室星（胡三省注：《天官书》说，天极星后面有十七颗星，跨过银河抵达营室星，这就是阁道星。北辰就是天极星。营室星有两颗，代表天子的宫殿 ）。秦始皇征发了七十多万受过宫刑和其他徒刑的人，让他们分别去修建阿房宫和骊山陵墓。从北山开采石料，从蜀地、荆地征调木材，这些材料都被运到了施工现场。关中地区一共建造了三百座宫殿，关外建造了四百多座。秦始皇还在东海边的朐县（今江苏连云港西南 ）立石，作为秦朝的东门。他把三万户人家迁到骊邑（今陕西临潼 ），五万户人家迁到云阳，这些人家都免除十年的赋税和徭役
卢生劝说秦始皇：“方术之士说，君主应该时常微服出行，以此来躲避恶鬼。恶鬼避开了，真人就会到来。希望陛下居住的宫殿不要让别人知道，这样或许就能得到长生不老的药了！”秦始皇说：“我羡慕真人！”从此，他自称“真人”，不再称“朕”。他下令把咸阳城周围二百里内的二百七十座宫殿，用复道、甬道连接起来，在宫殿里摆满帷帐、钟鼓和美人，并且按照登记的位置不许移动。秦始皇出行所到之处，如果有人说出他的行踪，就会被处死。有一次，秦始皇前往梁山宫（在今陕西乾县西 ），从山上看到丞相李斯的车骑众多，心里很不高兴。有人把这件事告诉了李斯，李斯随后减少了车骑。秦始皇大怒，说：“一定是宫里的人泄露了我的话！”于是下令审问，却没有人承认。秦始皇就把当时在场的人全部抓起来杀掉了。从此以后，没有人知道秦始皇的行踪。大臣们有事要向秦始皇奏报，都在咸阳宫进行。
侯生、卢生一起非议秦始皇，然后逃走了。秦始皇听说后，大怒道：“卢生等人，我如此尊重他们，赏赐也很丰厚，如今他们竟然诽谤我！我派人去调查咸阳的儒生，有人竟然制造妖言来迷惑百姓。”于是，秦始皇派御史去审问所有的儒生。儒生们相互告发牵连（胡三省注：传相告引，是指甲牵连乙，乙又牵连丙 ），秦始皇亲自判定触犯禁令的有四百六十多人，把他们全部活埋在咸阳，以此来警示后人；同时，还增派更多的罪犯去戍守边疆。秦始皇的长子扶苏劝谏说：“这些儒生们都诵读并遵循孔子的学说。如今陛下却用重法来惩处他们，我担心天下会因此不安定。”秦始皇听后非常生气，派扶苏到上郡去监督蒙恬的军队，这也为后来胡亥夺取皇位、杀害扶苏埋下了伏笔。
三十六年（庚寅，公元前211年）
东郡（今河南濮阳西南 ）落下一块陨石，有人在陨石上刻字：“始皇死而地分。”秦始皇派御史去追查，没有人承认，于是他把陨石附近的居民全部处死，并烧毁了这块陨石。
秦始皇将三万户人家迁到河北榆中（今内蒙古伊金霍洛旗北 ），并赏赐他们爵位一级。
三十七年（辛卯，公元前210年）
冬季，十月癸丑日，秦始皇出游，左丞相李斯跟随，右丞相冯去疾留守咸阳（去疾，姓冯 ）。秦始皇的二十多个儿子中，小儿子胡亥最受宠爱，他请求跟随出游，秦始皇答应了。
十一月，秦始皇一行人来到云梦泽（今湖北安陆南 ），在九疑山（今湖南宁远南 ）遥祭虞舜。之后，他们乘船顺江而下，观赏籍柯，渡过海渚（今安徽安庆附近 ），经过丹阳（今江苏南京 ），到达钱塘（今浙江杭州 ）。秦始皇在钱塘江边，望着浙江（今钱塘江 ），由于江水波涛汹涌，于是向西走了一百二十里，从狭窄的地方渡江。然后，秦始皇登上会稽山（在今浙江绍兴 ），祭祀大禹，遥望南海，立下石碑歌颂自己的功绩。返回途中，经过吴地，从江乘（今江苏南京东北 ）渡江。沿着海边向北，到达琅邪、之罘。在途中，秦始皇看到一条大鱼，便射死了它。接着，他继续沿海向西，到达平原津（今山东平原南 ）时，秦始皇生病了。
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