他们逐一审定五大战区下各镇总兵府的防区、驻地、兵额。过程并非坦途，原有利益格局被打破，暗流汹涌。后军都督府所辖陕西、山西部分划入中部战区，秦王朱樉、晋王朱?虽未明言，其微妙的抵触情绪仍透过渠道传来。
幸有朱元璋乾纲独断，朱标、朱栋耐心疏导，方使方案得以推行。
细则明定：战区总兵官（上将）拥有辖内作战指挥、部队训练、边防建设全权，然无权跨区调兵，无权任命大校以上军官，准尉至上校军衔，由战区根据军功、年限等考核决定，报兵部审核，军事委员会核准签字，报皇帝知悉。其后勤由中央垂直供给，并受战区军法、宣慰工作部、战利品审计司三重监督。
新式军衔、编制与晋升体系，乃激励士气的核心，亦触动利益最深。吴琳领衔的吏务组与朱栋、常遇春负责的训练军校组通力合作，制定详尽步骤。
“军衔授予，切忌滥觞。”吴琳建言，神色严谨，“须对现有军官严加考核，涵盖兵法、武艺、识字算数（低级军官可酌情）、过往战功，结合现职，综合评定。意在优胜劣汰，拔擢真才。”
朱栋深以为然：“吴尚书所言极是。高级军衔尤须慎之又慎，宁缺毋滥。可设‘过渡期’，如原卫所指挥使改游击府，考核合格授中校游击副将，优异者可授上校游击将军或新设参将府上校副参将；原都指挥使改镇总兵府，考核合格授少将副总兵，优异者可授予中将总兵或中将副总冰官。另原卫所指挥使考核成绩排名优异者可任命新设参将府，大校参将。未通过者，或降衔，或转闲职、预备役，或优抚致仕，务必安置妥当。”
常遇春更关注基层：“士官与军士长，乃军中之胆！非老行伍不能带好兵！选拔务求公正，晋升考核要看年限，更要看带兵本事、手上功夫！不能让老实人吃亏！”
晋升流程细则明确规定：士兵至士官，由百户所、千户所层层考核推荐，游击府核准；士官至准尉，需通过战区“士官晋升军官考核”或立显赫军功，并经军事学院短期培训；军官晋升，少尉至上校，由战区依年度考核（德、能、勤、绩、廉）与军功决定，报兵部备案，军事委员会核准签字，报皇帝知晓；大校及以上，由军委会严格考核提名，附详细考语战功，呈请皇帝朱笔御批。
同时，《大明军队人员考核暂行条例》颁布，将标准量化、透明化，力求最大程度减少人为操纵。
新旧军饷转换与后勤保障体系建设，李文忠掌舵的后勤与审计组压力如山。提高军饷意味巨额开支，垂直后勤更是对旧有贪腐链条的斩草除根。
户部尚书面带难色，奏报声近乎哀鸣：“陛下，曹国公，吴王殿下！初步核算，仅神策军、北部战区（左军都督府改）、中部战区（中军都督府改）三处试点，若按新饷足额发放，岁增饷银逾四百万贯大明宝钞，禄米八十万石！
尚未计改制、安置、装备之靡费。国库……国库虽因新政稍裕，然百业待兴，实难堪此重负啊！”
朱栋成竹在胸，提出“分级兑现，以战养战”之策：“试点部队，新饷全额发放，所需钱粮，由国库优先保障。同时，暂借吴王府瑞恒昌商号及海贸利润百万贯，以解燃眉，日后由改革收益偿还。
待卫所转置，冗员精简，加之‘战利品审计司’运作，国库压力自可缓解。更有一支虎狼之师，可速定边患，广开商路，其长远之利，岂是眼前银钱可衡量？”
关于垂直后勤，细则规定：兵部下设“总后勤司”，战区、总兵府设“后勤分局/处”，直管仓库、辎重。指挥官依定额与计划申领物资，无权干预采购、运输、仓储。建立严格物资登记、盘点、审计制度，引入数算学院新式记账法，严防贪墨。
“战利品审计司”的人选成为焦点。朱栋力陈：“审计官必求独立！由军委会与兵部共选忠诚可靠、精通数算、不畏强权之文吏担任，授以军衔，直属中央。其薪俸升迁，皆与驻地无涉，方能铁面无私，大胆履职！” 此议确保了审计的锋芒与威慑。
原卫所人员转置分流，最为错综复杂，牵动社稷安稳。朱栋与吴琳、刘基等人呕心沥血，设计“多路并进”之策：
择优入新军：卫所官兵皆可参选，合格者按新制授衔定岗，享新饷。此为主渠，吸纳旧军精华。
转隶预备役：年龄体能尚可未入常备军者，转入预备役。按地编组，农时生产，闲时训练（岁不少于两月），战时征调。发基础津贴（约常备军同阶三分之一），享部分税赋减免。由兵部预备役司主理，地方协办。
转任地方：识文断字、有管理之能者，经考可转任巡捕、衙役、税吏、仓管等。体健者可入官办矿场、工坊、筑路队。朝廷提供岗位，协调安置。
边地屯田：鼓励举家迁往辽东、岭北、漠南等新设布政使司军屯，朝廷分予土地、种子农具、减免赋税，予安家费。既可实边，亦消化人员。
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