当初，王穆起兵，派使者招纳敦煌处士郭瑀，运粟三万石供给。王穆任命郭瑀为太府左长史、军师将军，任命郭瑀侄儿郭嘏为敦煌太守。不久王穆听信谗言，引兵攻打郭嘏，郭瑀劝谏不听，出城大哭，举手告别城池说：“我不再见到你了！”回来用被子盖住脸，不与人言，不食而死。吕光听说后，说：“二虏相攻，此成擒之机，不可因屡战疲劳而失永逸之机。”于是率步骑二万攻打酒泉，攻克，进屯凉兴；王穆引兵东还，未到，部众溃散，王穆单骑逃走，骍马令郭文斩其首级送来。
晋孝武帝太元十三年（戊子年，公元388年）
春季，正月，东晋康乐献武公谢玄去世。
二月，前秦主苻登驻军朝那，后秦主姚苌驻军武都。
翟辽派司马眭琼到后燕谢罪；后燕主慕容垂因其多次反复，斩眭琼以断绝关系。翟辽于是自称魏天王，改元建光，设置百官。
后燕青州刺史陈留王慕容绍被平原太守辟闾浑逼迫，退屯黄巾固。后燕主慕容垂改任慕容绍为徐州刺史。辟闾浑是辟闾蔚之子，趁苻氏之乱，占据齐地来降东晋。
三月，乙亥日，后燕主慕容垂让太子慕容宝录尚书事，授予政务，自己只总管大纲而已。
后燕赵王慕容麟攻击许谦，破之，许谦奔西燕。于是废代郡，将其民众全部迁移到龙城。
吕光平定凉州，杜进功劳最多。吕光任命他为武威太守，尊宠当权，群僚莫及。吕光外甥石聪从关中来，吕光问他：“中州人说我的政事如何？”石聪说：“只听说有杜进，没听说有舅舅。”吕光因此忌恨杜进而杀之。
吕光与群僚宴会，谈到政事，参军京兆人段业说：“明公用法太严峻。”吕光说：“吴起无恩而楚强，商鞅严刑而秦兴。”段业说：“吴起丧身，商鞅亡家，都是残酷所致。明公正开建大业，效法尧、舜，犹恐不成，却慕吴起、商鞅的治国之法，岂是此州士女所期望的？”吕光改容谢之。
夏季，四月，戊午日，东晋任命朱序为都督司、雍、梁、秦四州诸军事、雍州刺史，戍守洛阳。任命谯王司马恬代其为都督兖、冀、幽、并诸军事、青、兖二州刺史。
苑川王乞伏国仁在平襄击破鲜卑越质叱黎，俘获其子越质诘归。
丁亥日，后燕主慕容垂立夫人段氏为皇后，让太子慕容宝兼领大单于。段氏是右光禄大夫段仪之女；其妹嫁给范阳王慕容德。段仪是慕容宝的舅舅。追谥前妃段氏为成昭皇后。
五月，前秦皇太弟苻懿去世，谥曰献哀。
翟辽迁屯滑台。
六月，苑川王乞伏国仁去世，谥曰宣烈，庙号烈祖。其子乞伏公府尚幼，群下推举乞伏国仁弟乞伏乾归为大都督、大将军、大单于、河南王，大赦，改元太初。
魏王拓跋珪在弱落水南击破库莫奚。秋季，七月，库莫奚又袭击北魏军营，拓跋珪又击破之。库莫奚，本属宇文部，与契丹同类而异种，其先人都被燕王慕容皝击破，迁居松漠之间。
前秦、后秦自春相持，屡战，互有胜负，至此各自解兵归去。关西豪杰因后秦久无成功，多离开而归附前秦。
河南王乞伏乾归立其妻边氏为王后；设置百官，仿汉制，任命南川侯出连乞都为丞相，梁州刺史悌眷为御史大夫，金城人边芮为左长史，东秦州刺史秘宜为右长史，武始人翟勍为左司马，略阳人王松寿为主簿，堂弟乞伏轲弹为梁州牧，弟乞伏益州为秦州牧，屈眷为河州牧。
八月，前秦主苻登立子苻崇为皇太子，苻弁为南安王，苻尚为北海王。
后燕护军将军平幼会合章武王慕容宙讨伐吴深，破之，吴深逃走保绎幕。
魏王拓跋珪暗有图谋后燕之志，派九原公拓跋仪出使到中山，后燕主慕容垂责问他说：“魏王为何不自来？”拓跋仪说：“先王与燕共同事奉晋室，世为兄弟，臣今奉使，于理未失。”慕容垂说：“我今威加四海，岂能与昔日相比！”拓跋仪说：“燕若不修德礼，想以兵威自强，这是将帅之事，非使臣所知。”拓跋仪返回，对拓跋珪说：“燕主衰老，太子暗弱，范阳王（慕容德）自负材气；非少主之臣。燕主死后，内难必作，到那时才可图谋，现在则不可。”拓跋珪认为他说得好。拓跋仪是拓跋珪同母弟拓跋翰之子。
九月，河南王乞伏乾归迁都金城。
张申攻广平，王祖攻乐陵；壬午日，后燕高阳王慕容隆率兵讨伐。
冬季，十月，后秦主姚苌回安定。前秦主苻登到新平就地取粮，率众万余包围姚苌军营，四面大哭；姚苌命营中哭以应答，苻登才退兵。
十二月，庚子日，东晋尚书令南康襄公谢石去世。
后燕太原王慕容楷、赵王慕容麟率兵在合口与高阳王慕容隆会合，攻击张申；王祖率各堡垒兵共同救援，夜犯后燕军，后燕军迎击打退他们。慕容隆想追击，慕容楷、慕容麟说：“王祖老贼，或许诈走设伏，不如等天明。”慕容隆说：“这些是无根据地（白地）的群盗，乌合而来，侥幸一决，并非素有约束，能统一进退。如今失利而去，众人不为所用；乘势追击，不过数里，可全擒。张申所恃，只在王祖，王祖破，则张申降。”于是留慕容楷、慕容麟守张申营垒，慕容隆与平幼分道追击，等到天明，大获而回，悬挂所获首级给张申看。甲寅日，张申出降，王祖也归降请罪。
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