淝水之战后，司马曜的威望达到了顶峰，他开始逐渐沉迷于酒色，对朝政也不再像以前那样上心。他与司马道子之间的矛盾日益加深，兄弟二人争权夺利，使得朝廷内部纷争不断。
司马道子在朝中结党营私，任用了许多奸佞之臣，大肆搜刮民脂民膏，导致民怨沸腾。司马曜为了制衡司马道子，开始重用身边的宦官和宠臣。这些人在朝廷中狐假虎威，进一步加剧了政治的腐败。
司马曜对佛教也十分痴迷，他在宫中修建了许多寺庙，供养了大量的僧尼。他还花费大量的钱财用于佛事活动，使得国家财政负担日益加重。在他的影响下，东晋的佛教迅速发展，寺庙遍布各地，大量的劳动力和财富流入佛门，严重影响了社会经济的发展。
太元二十一年（公元396年）九月，司马曜在后宫与宠妃张贵人饮酒作乐。酒过三巡后，司马曜因一句玩笑话激怒了张贵人。张贵人担心司马曜会因此而废黜她，于是在司马曜熟睡之际，指使宫女用被子将他活活闷死。这位曾经在淝水之战中力挽狂澜的东晋皇帝，就这样以一种荒诞的方式结束了自己的生命，时年三十五岁。
司马曜死后，谥号“孝武皇帝”，庙号“烈宗”。“孝武”的谥号，是对他在维护东晋政权稳定、抵御外敌入侵方面所做出贡献的肯定；而他后期的昏庸统治，也让后人对他的一生充满了遗憾和惋惜。司马曜的一生，从少年登基时的隐忍，到亲政后的励精图治，再到后期的迷失堕落，深刻地反映了东晋王朝复杂的政治局势和权力斗争，也成为了中国历史上一段充满传奇与悲剧色彩的故事。
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