皮纳可和温莉一边说着难听的话,一边温暖的欢迎二人
爱德华和阿尔丰斯为了得到蒂姆.马鲁克医生遗留下来的贤者之石的资料--「马鲁克笔记」再次回到中央，可是,资料的存放地--中央图书馆第一分馆却因为火灾而消失了，根据目击者的供词,引起火灾的犯人就是欺卡...
为了取回失去的一切,艾尔林克兄弟一直不断的追寻贤者之可,但却发现那原来是要牺牲活人才能得到的东西
爱德华受到严重的打击,决心寻找马鲁克遗留下来的留言中那句「真相中的真相」的真正意思...
爱德华和阿尔丰斯发现了原来研究贤者之石的地点就是「第五研究所」，应该是废墟的「第五研究所」却隐藏着无数的陷阱，接着有两个黑影袭击爱德华和阿尔丰斯,原来他们是死囚48号和66号...
爱德华和48号死囚在「第五研究所」展开决战,为了得到贤者之石的情报,攻防战在继续着
另一方面,在研究所的中庭,阿尔丰斯和66号的战斗也开始了...
爱德华深入研究所内部,那里是以往为了把錬金术转为军事用途而进行大规模生体錬成的地方，研究所内放置了大量未完成的贤者之石和巨大的錬成阵，塔卡提议爱德华利用这些资料来完成贤者之石...
爱德华伤痕累累的在医院的病床朦胧中清醒过来
阿尔丰斯也以半坏的姿态被放置在房间的一角，虽然距离贤者之石只差一步，爱德华却因为自己未能踏出这步而内心受到折磨...
困惑的阿尔丰斯,怀疑自己的记忆和灵魂都是虚假的,于是从爱德华面前逃走，独自站立于街角的他，遇上了两位伊斯巴尔少年兄弟莱昂和利克，二人把阿尔丰斯带到伊斯巴尔人隐密的营地,在那里,阿尔丰斯再次遇上了意想不到的人...
爱德华和阿尔丰斯摸索不让大家面临危险而又能够恢复回状的方法，二人为了寻找这可能性以及跟师父见面,决定前往达布里斯，温莉与他们俩人同行前往途中经过机械铠的圣地拉什巴兰
另一方面,继续调查有关第5研究所和贤者之石的马斯·灰兹发现了某件事实,可是就在这时候...
爱德华和阿尔丰斯还有温莉来到机械铠的圣地拉什巴兰，温莉看到遍布街上的机械铠工厂兴奋非常
三人在拉什巴兰有名的机械铠Arm wrestling大赛上,遇见了双手和双脚都是机械铠造成的女孩帕尼尼亚...
爱德华和阿尔丰斯被他们最害怕的人--他们的錬金术师父泉·卡提斯--在拉什巴兰抓住了
得知爱德华成为「军队的走狗」国家錬金术师后,泉·卡提斯怒不可遏,带着二人前往达布里斯，另一方面,东方司令部的马斯坦接到调动回中央的正式辞令...
泉·卡提斯把爱德华和阿尔丰斯带到泉的卡洛衣湖的孤岛--尤克岛岛，那里是二人以前修练的地方，那里还遗留着不少当时的痕迹,二人回忆起往昔的同时,又再一次的审视了自己
在尤克岛回忆往事的同时,爱德华和阿尔丰斯也后悔着往犯下的过失，但他们决意即使如此也要继续前进，就在这时候,本来应该是无人的森林中,出现了一位会使用錬金术的神秘少年...
泉从尤克岛带回来的少年,他的右肩上有旧伤痕,那跟爱德华小时候受的伤很相似，在爱德华追问下少年逃跑了
另一方面,马斯·灰兹的继任者富兰克·阿查与阿姆斯特朗少佐一起追踪爱德华他们的行踪,终于来到了达布里斯...
少年右脚上有洛尔波罗斯的纹章，围绕着他,军部、金布利、艾尔林克兄弟、还有泉在南方司令部对峙着
另一方面,洛伊接到大总统的命令,为了逮捕欺卡,率领军队前往基修阿近郊的贫民区...
拥有爱德华失去了的右手和左脚的少年名叫拉斯，他是泉施行人体錬成失败后制造出来的人造人
拉斯为了成为真正的人类,搜集身体欠缺的其他部份,于是袭击爱德华...
第33话「被囚禁的阿尔丰斯」
在但丁之馆,格利特率领合成兽军团来袭,并带走了阿尔丰斯，阿尔丰斯被囚禁在他们的根据地--市外的酒馆DEVIL'S NEST，在那里,格利特追问他有关永远生命的秘密...
在DEVIL'S NEST展开了歼灭不稳定份子作战，弓箭队的士兵把格利特合成兽军团一个接着一个的射杀，格利特因为金布利和塔卡的背叛，接着又受到拉斯特和布拉托尼的攻击,最后被逼逃跑...
拉斯特在偶然的机会下再次遇上以前认识的露乔
两年前,露乔为了寻找治疗突然侵袭村庄的怪病--石化病而日夜钻研錬金术
传闻以往曾经有人在伊斯巴尔研制出贤者之石
在南部边境的地方,爱德华和阿尔丰斯与被军队护送的伊斯巴尔人接触，得知有位老人知道有关贤者之石的事情，爱德华阿尔丰斯和温莉向着这位老人身处的基修阿市进发...少尉接到军队内务课的命令要监察马斯坦大佐，他与布雷特、法尔曼和费尔利开始记录秘密的「洛伊?马斯坦监察日记」
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