陆光祖也是老油条了，自然知道这次自己是在劫难逃了，陆光祖立即上疏请罪，向朱载坖承认错误，同时请求惩罚，态度是十分之端正的，同时吏部尚书杨俊民也立即向朱载坖上疏请罪，承认错误，但是朱载坖显然是要借此机会连吏部一起收拾，这点是很明显的。
朱载坖随即下旨，吏部尚书杨俊民处事不谨，降两级以吏部左侍郎署部事，以观后效，吏部左侍郎陆光祖老迈昏聩，暮气难鼓，失察无为，降三级冠带致仕，吏部文选清吏司合衙上下把持铨政，市恩群小，不问官吏，全部罢黜，永不叙用。
朱载坖的这个处理办法是很有深意的，将责任分成了三部分，第一部分就是领导责任，自然是由吏部尚书杨俊民来承担，这个责任是最小的，所以朱载坖给杨俊民定的事处事不谨，也就是没有尽到吏部尚书审查有关人事任免的责任，所以降级并且革职留任，以观后效。
而第二个层级就是具体经办的堂官吏部左侍郎陆光祖，陆光祖是老吏部了，从吏部的主事一路做到左侍郎，吏部的各司陆光祖都担任过主事，尤其是在时文选司，陆光祖多年担任主事，根基极深，朱载坖很清楚，此事没有陆光祖的授意，文选司断然不敢这么干的，但是朱载坖不想把此事扩大化，所以对于陆光祖是要严惩重处，但是并不是朱载坖打击的重点。
所以朱载坖给陆光祖所定的罪名是老迈昏聩，暮气难鼓，这八个字 看似不重，实则极重，朱载坖之所以给陆光祖这八个字，就是彻底断绝陆光祖起复的道路，以后任谁要想起复陆光祖，朱载坖的这八个字都是政敌弹劾的绝妙抓手，因为你陆光祖是皇帝金口玉言所认证的老迈昏聩之人，谁举荐一个老迈昏聩的人当官，这不是明着欺君吗？
你要是说他不老迈昏聩，也就是说当年陆光祖是有意抗旨，就是要和朱载坖对着干的？朱载坖此举的目的就是彻底将陆光祖赶出朝堂，也同时给这些重臣们上上发条，让他们明白搞对抗是没有好下场的。
而朱载坖打击的重点就是文选清吏司，按说文选清吏司只是个干活的衙门，毕竟上面有尚书、侍郎，尤其是这些事情，是必然要经过堂官的手的，文选司只是执行上命罢了，不该这么严惩的，但是朱载坖认为文选司明明知道这和上谕不合，既不告发，也不拒绝，反而是积极配合，这才是要重惩的对象，要是朝廷各衙门都这么干，那上谕岂不是成了废纸？
所以朱载坖的给出的理由是市恩群小，这道上谕当即引爆了整个朝廷，朱载坖这确实是从未有过的事情，文选清吏司在吏部当中是极为重要的衙门，主要负责官员铨选、职位调补及人事管理事务。文选司郎中号称小冢宰，朝廷戏称为鼻孔相公，就是品级虽低，但是实权极重。
吏部是六部之首，主管全国官员的选拔、任用、考核和升迁。而文选司作为吏部的四个清吏司之首，更是直接掌管着这些核心事务。文选司的职责包括管理中央和地方所有文官的编制、品级评定、职位选授、升迁和调动等。可以说，从朝廷到地方，从一品大员到九品芝麻官，所有文官的仕途命运都掌握在文选司手中。
由于大明官员数量庞大、层级复杂，面对如此庞大的官员群体，吏部堂官仅有尚书和侍郎，显然是无法事必躬亲。因此，除了少数重要职位由堂官负责选定之后，报请皇帝或内阁任命外，绝大多数官员的任用、调动都由文选司全权负责。
这种情况下，文选司郎中就成了实际上的选官大总管。他可以决定一个官员是被派往繁华富庶的江南，还是被贬至边远苦寒的塞外；可以让一个官员连升三级，也可以让另一个官员原地踏步多年。正是这种掌握他人命运的权力，使得文选司郎中被戏称为鼻孔相公。
而且吏部还有一个朱载坖认为极为不好的恶习，就是极为排外，吏部内部的官员，往往是论资排辈迁转的，其他衙门调任吏部各司的事极为少见的事情，吏部在这个问题上抱团的很紧，即便是外调官员到吏部各司，也很难开展工作，这些事情其实是朱载坖早就有所耳闻的。
吏部司官之所以“周历四司，挨次迁转”，吏部称“盖有四便：一则备尝诸务，以资谙练；一则随时更调，以济缓急；一则先简后繁，驾轻就熟，且无劳逸不均之叹；一则资序有定，班行不紊，以免凌躐抑处之嫌”。
但是朱载坖认为他们是在搞小圈子，所以朱载坖一直要求吏部司官在考满之后要调其他部院或者是外放，同时也要从地方和其他部院调入官员进入吏部，但是成效不多，吏部自然是有一套歪理的，他们认为：“官有专掌，则吏不为非。吏部一年便转数次，以一两月之官御盘据久占之吏，吏弊系此山积。周历四司，必更历数月，纵遇有缺，或前序转而后超，或前超而后循，各使行其志而究其用。”
他们认为这些一直在吏部的官员，熟悉吏部情况，能够控制这些吏员，使得他们不敢为非作歹，但是朱载坖认为吏部这就是明显搞小圈子，难不成六部的司官都只能在各部院流转了，朝廷只能任命堂官，这样的话岂不是各部事务都这些司官和小吏所把持了，这显然不是朱载坖所要看到的事情。
这些借由此事，朱载坖先拿吏部开刀，直接将整个文选清吏司一锅端，这下不管是内阁还是部院都不能再坐着了，纷纷上疏请求朱载坖收回成命，这太可怕了，上次是团灭一道御史，这下又是团灭一司的官吏，这种范围伤害是很难让人接受的。
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