小智一行人与芽衣透子两人意外在野外相遇，并决定一起前往飞云市，在这途中也就是前往飞云市的天之箭桥上，众人帮助一只哥德小姐与莎丽小姐重逢。
她们这超越时间的友谊，让众人很是感动，只不过众人不知道的是，今天晚上在飞云市不远处的荒野名胜区，火箭队也开始了他们的行动。
危机正悄然接近！
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飞云市！
合众地区的最大的城市，也是核心城市，摩天大楼比比皆是，十分壮观！
而最吸引人的莫过于这里的特产——飞云冰淇淋，不仅美味，而且还拥有治愈神奇宝贝异常状态的功能。
“飞云市真的好大哦！”艾莉丝顿时惊呼起来，牙牙也是露出头来，欢呼雀跃的叫了起来。
“对了，我听说这里有非常好吃的飞云冰淇淋哦，我一定要去吃吃看！”天桐笑着提议道。
“好呀，好呀！在进行道馆之前先尝尝飞云冰淇淋吧！”接着艾莉丝疑惑的四处观望道，“奇怪，芽衣和透子跑哪里去了？”
刚进入飞云市，这两个小姑娘就跑没影了，等了一会儿，就当小智一行人准备让胡帕将她们两个找回来的时候，小智突然笑道，“她们来了！”
天桐、艾莉丝以及拉帝亚斯它们顺着小智的目光看去，果不其然就看到了，芽衣正拿着两个飞云冰淇淋向小智一行人跑来，“小智哥，快尝尝这冰淇淋。”
说着，将手上的一支冰淇淋递给了小智，这让其他人见状很是羡慕，毕竟他们也很想吃冰淇淋。
“哎呀～”
突然透子出现在了其身后，一拳就落在了芽衣的脑袋上，“你乱跑什么？刚进飞云市就向着飞云冰淇淋的店铺跑去，现在又率先溜了回来！”
“对了，这是你们的飞云冰淇淋！”透子连忙从空间背包中拿出了打包好的飞云冰淇淋，一一分发了下去。
“哦耶！太好了，是飞云冰淇淋！”艾莉丝率先欢呼了起来，毕竟她可惦记好久。
“谢谢！”天桐很有礼貌的道歉一声。
而拉帝亚斯、胡帕、皮卡丘、伊布以及牙牙也纷纷拿着一个飞云冰淇淋?了起来。
“略略略～”芽衣拉下一个眼皮，对透子吐了吐小香丁，然后就慢慢地对她的冰淇淋?了起来，很是俏皮可爱！
对此，小智与透子无奈的摇了摇头，低头品尝起了这美味的飞云冰淇淋。
吃完冰淇淋，小智一行人便向着飞云道馆的方向前进，至于逛逛飞云市只能向后放一放，毕竟这种大都市就是逛上两天两夜也逛不完，还不如先拿下徽章，就有的是时间逛！
只是走在路上，小智忍不住皱起了眉头，他总是有种说不上来的奇怪感觉，仿佛在预示着即将发生巨大事故！
就在众人穿过城市的花园，正巧碰到了爬在树上的道馆训练家——亚堤，他正在观察树上的虫神奇宝贝！
“亚堤先生！”小智率先上前打了声招呼，“是不是发生什么事了？”
亚堤先生闻言顿时警惕了起，他知道小智是个超能力者，再结合他的观察，当即严肃道，“从昨晚开始，虫系神奇宝贝好像察觉到了什么，一直很焦躁不安！”
“我听说当大灾难来临的时候，虫系神奇宝贝就会开始焦躁！”艾莉丝顿时惊呼道。
亚堤先生沉重的点点头，“是啊，虫系神奇宝贝具有感应到人类无法察觉到的电磁波等现象的能力，这在科学上也已经被证实了！”
小智顿时明白这次事件绝对不简单，当即全力使用波导之力感应了起来，睁开双眼小智严肃道，“地下有大量的波导正在移动！”
“什么？！”亚提先生闻言顿时大惊，“该不会是地下水道吧？而且那里一直连接到前边荒野里的河流！”
“等一下，这么说来，以前住在荒野里的神奇宝贝也曾经透过这个地下水道迁移到这里来呢！”亚堤先生此刻也意识到了什么，不出意外的话，应该是荒野名胜区那边出了问题。
“胡帕带我们去地下水道！”
小智的话音刚落下，胡帕就毫不犹豫的丢出了圆环，众人毫不犹豫的穿越圆环来到了地下水道，在小智的指引下，向着波导汇聚的方向赶了过去。
结果前进没多久，就看到了一只百足蜈蚣被卡在了水管里，只留下尾巴在外面一摆一摆的，从体型上来看，这只明显还是只年幼的孩子。
“它被卡在里面了。”芽衣与透子顿时惊呼了起来，两位小姑娘对于神奇宝贝可是很热爱的，透子更是想都没想伸手抓住了百足蜈蚣的尾巴，试图想要将其拽出来。
亚堤的脸色突然一变，“糟了，这只百足蜈蚣的特性是毒刺，不可以乱碰啊！要是中毒就遭了！”
“啊？透子！”芽衣顿时手忙脚乱的也冲了上去想要帮忙，虽然两人经常开玩笑，但两人的关系绝对是很好的。
小智眼中顿时闪过蓝色光芒，超能力发动，顿时将百足蜈蚣给拉了出来。
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