雅典娜对其宠儿的保护与帮助展现出了令人感动的亲密关系，无疑她是他们可以得到的最好的朋友。然而，我们在其他的神话故事中却看到了雅典娜的另一面，对于不幸被她视为敌人的凡夫俗子而言，她是他们凶狠而执着的加害者。这一点很容易受到忽略，但实际上她对于敌人或令她不悦的人们施加的伤害，就如有些希腊神加在她的宠儿身上的那样如出一辙，甚至有过之而无不及。
赫拉或者波塞冬，他们加害赫拉克勒斯或者奥德修斯是英雄神话情节的一种推动力量，最终构成英雄成就功业所要求的磨难。然而，那些引起雅典娜不悦的人们却没有给予英雄成就事业必要的机会，他们大都以毁灭性的结局而告终。
大埃阿斯，曾是她的宠儿之一，直到有一次她在特洛伊的战场上出现在他的面前，他没当她一回事，拒绝了她想要施与的帮助。大埃阿斯扬言以自己的杰出的力量，他不需要她的帮助。
可怜的英雄没有理解雅典娜作为神圣的恩主的作用，她的干预会提高她的宠儿的成就，而不会使他们的英雄事迹逊色。受到“伤害”的雅典娜对大埃阿斯的加害，是冷酷的甚至是令人震惊的。在特洛伊的战场上，阿喀琉斯战死沙场，大埃阿斯浴血奋战击退特洛伊的战士，奥德修斯乘机抢回阿喀琉斯的尸体，接着两位英雄为阿喀琉斯的盔甲展开竞争。由于奥德修斯能言善辩，希腊人把盔甲判给了奥德修斯。大埃阿斯感到受辱，愤怒不己，这时雅典娜乘机报复，驱使他暂时失去理智。疯狂中大埃阿斯冲入希腊人的畜群大肆砍杀，还以为他正在砍杀奥德修斯和其他的希腊人。待平静下来后，大埃阿斯羞愧难当。在索福克勒斯的戏剧《埃阿斯》中，大埃阿斯对自己说：“对一个高贵的人而言，唯一的选择就是要么有尊严的活着，要么有尊严的去死”，他选择了后者。在雅典娜的干预下，他成了一个悲惨失意的形象，他的羞愧最终导致他的自杀。
对于失意的英雄，奥德修斯是有能力同情的：“我同情他的不幸，尽管他是我的敌人，为了施加于他的可怕的精神失常。”所以，当阿伽门农和墨涅拉俄斯要把大埃阿斯的尸体扔出去，任狗和鸟啃噬时，奥德修斯表示了反对意见，认为人们不可以伤害这位“在来到特洛伊的人们中间，除了阿喀琉斯，最勇敢的人”。
相比之下，雅典娜显得极其冷酷无情，她说：“嘲笑你的敌人吧—还有比这更甜蜜的笑声吗？”
多亏雅典娜帮助建造的特洛伊木马，希腊人才得以攻破了这个城市。但是在洗劫这个城市的时候，小埃阿斯犯下的渎神罪，使得雅典娜决心惩罚希腊人，如同惩罚特洛伊人那样。
据已遗失的史诗《洗劫特洛伊》说，身为雅典娜神庙女祭司的特洛伊公主卡珊德拉躲在雅典娜庙避难，因为根据传统，在神庙中避难的人受神的庇护而不受伤害。小埃阿斯闯了进来，把她从抱着的“帕拉迪乌姆”神像下拖开，实施了强奸。雅典娜被如此的渎神罪震惊了，把她的眼光移开了正在发生的暴行。希腊人本来决心用石头砸死小埃阿斯，但是他逃到帕拉迪乌姆神像下而逃过一劫。雅典娜产生愤怒不仅仅在于渎神行为本身，还在于希腊人没有惩罚渎神者。所以即使希腊联军的统帅阿伽门农作了最后的努力，“举行了百牲祭以抚平雅典娜的极端的愤怒”，结果仍然是“她不再聆听他”的安抚。雅典娜的憎恨取代了庇护，她不仅撤回了她的庇护，而且她积极的行动起来，策划在希腊人返航的时候摧毁他们的舰队。
在欧里庇得斯的戏剧《特洛伊妇女》中，波塞冬爽快地答应了雅典娜的请求，雅典娜对波塞冬说：“宙斯将会从天空降下大雨、可怕的冰雹和漆黑的风暴，他允诺借给我他的霹雳投向亚该亚人，火烧他们的战舰。而你，所要做的，是在爱琴海搅起巨浪和漩涡。让广阔的尤卑亚海湾漂满尸体。从此以后希腊人才会敬畏我的祭坛和尊敬所有其他诸神。”
在针对希腊舰队的毁灭性的海上风浪中，雅典娜亲自向小埃阿斯的舰只扔宙斯的霹雳，舰只遭毁沉没。但小埃阿斯奋力游泳，安全地爬上了一块海边的突出岩石。荷马描绘了狂妄的小埃阿斯的最后灭亡，说小埃阿斯暗自庆幸，吹嘘自己逃过大难，连神意也奈何他不得。波塞冬举起三叉戟，把那块海岩劈成两半，小埃阿斯随着碎石跌落无底的大海，这次再也没有爬上岸。
雅典娜一怒之下摧毁了胜利的希腊舰队，而希腊人的对手特洛伊人的遭遇更惨，他们的国家都因为雅典娜的意志而毁灭了。
在某种意义上，特洛伊的故事是一座在雅典娜保护下的城市失宠的故事。特洛伊城，有着神帮助建立的坚固城墙，加上拥有着名的“帕拉迪乌姆”，因而处于雅典娜特别的保护之下，本来是不可能陷落的。由于在“帕里斯的裁决”中，雅典娜输给了爱神阿芙洛狄特，“不能容忍失败的”女神从此把整个特洛伊民族作为憎恨的对象。在希腊人攻打特洛伊的战役中，作为特洛伊的护城女神，雅典娜不仅不履行职责，相反积极地推动特洛伊的毁灭。可是可怜的特洛伊人并不知道他们已经被他们敬拜的女神抛弃了，在《伊利亚特》第六卷中，当狄俄墨得斯在雅典娜的帮助下纵横驰骋疆场，杀死特洛伊战士无数，特洛伊妇女们来到雅典娜神庙寻求保护，哀求她制止狄俄墨得斯。荷马以一句话记载了雅典娜对祈祷的拒绝：“于是她开口祈祷，但是帕拉斯·雅典娜转过了她的头。”特洛伊人向雅典娜哀求，是严格按照希腊宗教活动所要求的去做的。然而这次雅典娜拒绝按照游戏规则出牌，“转过头去”，而不是应允虔诚的信奉者给与她的帮助。当她的宠儿们要求她的帮助的时候，她总是“在场女神”，她的干预推动了他们的成功。但是同样的她也可以拒绝一个请求，甚至是特洛伊人在合适的祭祀地点和由专职的女祭司执行的请求。这暴露出对她的宠儿温情脉脉的“在场女神”的另一面，对子她不喜欢的人们，她也是一个难以和解的神。
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