湖州名下也拥有部分太湖水域，若按照原有各守其境的旧体制，湖州也应该设置一个水师营或水师独立哨才对，不过由于朱由崧的介入，所以相关事权得到统一，即由江南道太湖营来全面负责太湖流域的巡查和剿匪任务，免得到时候彼此推诿，让湖匪有到处流窜的机会；至于陆师，则与江东道的驻军一样，是驻扎在道内各要点的镇戎部独立队，一旦出现了需要更多兵力投入的情况，则需要驻扎杭州的京营部队提供第一手支援。
“浙南道，置副总兵官一员，防御三员，全道额兵计三千四百员、近海舟船十一只、战马五十匹、驮马走骡三百匹，以上编为水师玉环营及陆师一个团、四个独立哨、四十个独立队。”
浙南道境内没有预备驻扎京营，所以，所属陆师部独立队中，保有了1个整体作战的援剿团，其余部独立队也是独立哨、独立队规模分散驻扎在道内要地的。“。”
朱由崧插话道：“浙南山地纵横，道路不便，从温州出援，可能缓不应急，当再增设两独立哨充当为援剿兵马，如此全道总兵力可增加至三千七百员，原置副总兵官正好升格为总兵官。”
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各道设置总兵官还是副总兵官的界线是道内兵马是否超过三千五百人，超过者设总兵官，不超过者设副总兵官······
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