次日清晨，清军主力部队发起猛攻，叛军果然集中兵力抵抗。就在双方激战正酣之际，迂回包抄的清军突然出现在寺庙后方，发起突袭。叛军腹背受敌，顿时大乱，纷纷溃逃。岳钟琪率领清军乘胜追击，一举攻占郭隆寺，斩杀叛军数千人，俘虏叛军万余人，罗卜藏丹津率领少数亲信，再次逃窜。
此时，年羹尧率领的主力部队也已赶到，与岳钟琪汇合。年羹尧下令，继续追击罗卜藏丹津，同时派人安抚被迫从叛的蒙古、藏族部落，宣传朝廷的安抚政策——凡主动投降者，一律赦免其罪，保留其部落，减免赋税；凡顽固抵抗者，一律严惩不贷。
在朝廷的安抚政策下，越来越多的蒙古、藏族部落主动投降，叛军的势力日渐削弱。罗卜藏丹津率领少数亲信，一路逃窜，企图逃往新疆，投靠准噶尔部首领噶尔丹策零。岳钟琪得知消息后，率领五千精锐骑兵，日夜兼程，追击罗卜藏丹津。
雍正二年二月，岳钟琪率领骑兵，在青海与新疆交界的乌兰穆和尔追上了罗卜藏丹津。此时，罗卜藏丹津身边只剩下数百名亲信，已是穷途末路。岳钟琪一声令下，清军骑兵发起猛攻，叛军亲信纷纷战死，罗卜藏丹津见大势已去，企图化妆成牧民，逃往准噶尔，却被清军士兵识破，当场活捉。
至此，历时半年的罗卜藏丹津叛乱，被彻底平定。清军共斩杀叛军三万余人，俘虏叛军五万余人，缴获战马数万匹，牛羊数十万头，收复了青海全部领土。消息传到京城，雍正帝龙颜大悦，下旨嘉奖年羹尧、岳钟琪等人，封年羹尧为一等公，岳钟琪为三等公，赏赐金银珠宝无数。
平定叛乱后，年羹尧按照雍正帝的旨意，在青海推行了一系列治理措施，以巩固统治，防止叛乱再次发生。
首先，废除和硕特蒙古亲王的世袭特权，重新划分青海蒙古诸部的辖地，将青海蒙古诸部分为二十九旗，任命部落首领为札萨克，由清廷直接管辖，严禁各部落相互勾结，擅自兴兵。同时，设立青海办事大臣，驻扎西宁，统筹管理青海的军政事务，加强中央政府对青海的管辖。
其次，安抚各族百姓，减轻百姓负担。年羹尧下令，赦免被迫从叛的蒙古、藏族百姓，归还其被叛军掠夺的财产，分给他们土地、牛羊，帮助他们重建家园。同时，减免青海地区的赋税，取消蒙古、藏族部落向清廷缴纳的贡品，减轻百姓的经济负担，赢得了各族百姓的信任与支持。
再次，加强宗教管理，整顿藏传佛教寺庙。青海是藏传佛教的重要传播地，不少藏传佛教寺庙参与了罗卜藏丹津的叛乱，成为叛军的据点。年羹尧下令，清查青海的藏传佛教寺庙，取缔参与叛乱的寺庙，严惩叛乱的僧人；同时，规范寺庙的管理，规定寺庙的僧人数量，禁止寺庙私藏武器、干预政务，让藏传佛教寺庙成为弘扬佛法、安抚民心的场所，不再成为叛乱的温床。
此外，加强边防建设，巩固西北边疆。年羹尧下令，在青海边境地区修筑城池、堡垒，派遣清军驻守；同时，加强与新疆、西藏的联系，划定边境线，防止准噶尔部、西藏的叛乱势力入侵青海；此外，他还在青海地区推行屯田政策，组织清军士兵与百姓开垦荒地，种植粮食，提高青海地区的粮食产量，减轻军需运输的负担，以农养兵，以兵护边。
在年羹尧的苦心经营下，青海地区的局势迅速稳定下来。昔日的叛乱之地，如今政令畅通，百姓安居乐业，蒙古、藏族各族百姓和睦相处，西北边疆固若金汤。中央政府对青海的管辖得到了空前加强，青海正式纳入大清的直接管辖版图，成为中国领土不可分割的一部分。
然而，平定罗卜藏丹津叛乱后，年羹尧居功自傲，日渐骄横。他在青海擅自任免官员，滥杀无辜，克扣军饷，甚至不把雍正帝放在眼里，屡屡违抗圣旨。雍正帝起初念其功绩，多次予以警告，可年羹尧却不知悔改，反而变本加厉。
雍正三年，雍正帝忍无可忍，下旨将年羹尧革职拿问，押解至京，交三法司会审。经审讯，年羹尧犯有九十二项大罪，雍正帝念其平定罗卜藏丹津叛乱的功绩，赐其自尽，抄没家产，其家人流放宁古塔。
年羹尧死后，雍正帝任命岳钟琪为川陕总督，继续治理青海与西北边疆。岳钟琪继承了年羹尧的治理方略，进一步完善青海的治理措施，加强边防建设，安抚各族百姓，促进青海地区的经济文化发展。在岳钟琪的治理下，青海地区迎来了长期的稳定与繁荣，成为西北边疆的一片乐土。
平定罗卜藏丹津叛乱，是雍正朝一次重要的军事行动，也是巩固西北边疆的关键一战。这场叛乱的平定，不仅粉碎了罗卜藏丹津分裂国家的阴谋，维护了国家的统一和领土完整，也巩固了雍正帝的皇权，为雍正朝推行各项新政、稳定朝局创造了有利条件。
同时，这场叛乱的平定，也展现了大清的军事实力和雍正帝的雄才大略。雍正帝在朝局未稳的情况下，果断出兵，任命贤能将领，制定正确的战略战术，最终平定叛乱，彰显了他维护国家统一、巩固边疆的决心。年羹尧、岳钟琪等将领，勇猛善战，鞠躬尽瘁，为平定叛乱、巩固西北边疆立下了赫赫战功，成为大清的栋梁之臣。
多年以后，当人们回望雍正朝的历史，无不对平定罗卜藏丹津叛乱这一壮举赞叹不已。它不仅改变了青海地区的历史进程，也为中国古代西北边疆治理提供了成功的典范。这场叛乱的平定，维护了国家的统一和领土完整，促进了西北边疆的稳定与发展，为康乾盛世的延续和发展奠定了坚实的西北基础。
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