洪武二十九年（1396），命燕王朱棣率师巡大宁，周王朱橚巡辽东，代王朱桂巡山西。
这种定期的巡边制度，有效遏制了蒙古势力的南侵。
在西南边疆，朱元璋继续推行土司制度，但加强控制。
洪武二十一年（1388），平定思州宣慰使田琛叛乱后，设立贵州都指挥使司，加强对西南的统治。
同时鼓励内地民众移居边疆，移民就宽乡，促进边疆开发。
洪武二十五年（1392）太子朱标突然病逝，给朱元璋沉重打击。
他立朱标之子朱允炆为皇太孙，开始为政权平稳过渡做准备。
为消除对皇太孙的潜在威胁，他进一步加强了对功臣的清洗。
洪武二十六年（1393），以谋反罪诛杀凉国公蓝玉，牵连一万五千余人，史称蓝玉案。
朱元璋晚年特别重视对皇太孙的培养。
他亲自教导朱允炆治国之道，命翰林学士们辅佐。
同时着手削藩，逐步限制诸王权力。
洪武二十九年（1396），下诏改定诸王见东宫仪制，降低藩王地位。
在民生方面，朱元璋晚年仍保持勤政作风。
洪武三十年（1397），他因《大明律》中官吏受赃条处罚过轻，命刑部重新修订，加重对贪官污吏的惩处。
直到临终前，他仍在批阅奏章，关心国事。
洪武三十一年（1398）闰五月初十，朱元璋病逝于南京，享年七十一岁。
他在遗诏中强调。
朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。
这最后十六年，朱元璋以其独特的统治方式，完成了明朝各项制度的最终定型。
他的统治既有开创盛世的功绩，也有严刑峻法的阴影；既有体恤民情的仁政，也有残酷无情的清洗。
但无可否认的是，他为明朝近三百年的统治奠定了坚实基础。
万朝时空的观者们目睹这段历史，无不感受到这位布衣天子复杂而深刻的统治艺术。
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