长安的夏日，溽热难当，但济世堂后院的书斋内，却因心静而自生清凉。阿树伏案疾书，身旁堆满了从西域带回的笔记、图谱以及中原的医学典籍。平安则在一旁的书架上整理分类，或将师父写就的章节进行初步校对。
《西行医鉴》的编撰，是阿树归国后的头等大事。他立意不拘泥于简单罗列异域方药，而是要构建一个融合东西方医学精华的新框架。这部着作，他计划分为“理”、“法”、“方”、“药”、“术”五大部分。
“理”篇，旨在阐述他对人体、健康与疾病的重新思考。他尝试将中原的阴阳五行、脏腑经络学说，与天竺的“三液”、波斯的“四体液”及希腊的解剖生理知识进行对话与互证。他写道：“人之生命，犹如天地，内有阴阳升降，气血流注，外与四时五行相应。西域之学，精研形体结构，察其脏腑位置、血脉走向，正可补我‘象’、‘数’之不足，使虚无之气化，得有形之依托……然形体虽析，功能犹统，不可执形骸而忘神机，亦不可谈气化而略形质。二者相参，方得全貌。”
在论述具体疾病时，他常以对比方式呈现。例如“热病”一章，他先述《伤寒论》六经传变，再引天竺阿育吠陀对“皮塔”失衡所致热病的分类与疗法，又参以波斯医典基于四体液学说对发热的放血、泻下等治法，最后提出自己的见解：“热邪伤人，途径多端，或自皮毛，或从口鼻，或由情志内生。然其入里化热，耗气伤津之机则一。治之之法，或辛凉解表，或苦寒直折，或扶正透邪，当视其传变深浅、正气强弱、兼夹他邪而定，不可拘泥于一法一域……”
“法”篇则着重介绍诊断与治疗思路的融合。他详细描绘了吐蕃尿诊的观察要点、天竺舌诊的细微分别、波斯脉诊的复杂分类，并与中原的望闻问切相参照，强调“四诊合参，更当博采众长，见微知着”。在治疗法则上，他既推崇中原的“辨证论治”、“三因制宜”，也吸收了天竺的“净化排毒”、波斯的“体液平衡”等思想，提出“祛邪毋伤正，扶正以御邪，调和为上”的总原则。
“方”与“药”两篇，是平安协助整理的重点。他们将数百个验证有效的西域方剂，按主治病证分门别类，每个方剂都注明来源、组成、制法、功效、主治，并与功效相近的中原经方、时方进行比较分析。对于西域药材，他们不仅描述形态、性味、功效，还尽可能标注其在中原的可能替代品，或指出如何与中原药材配伍使用，以减其毒性、增其疗效。平安绘制的草药图谱，线条精准，特征鲜明，成为书中极具价值的部分。
最具突破性的，或许是“术”篇。阿树在此篇中，系统总结了他在西域见识并实践过的各种外治手法与手术技艺。他详细描述了天竺的“金针拔障术”、波斯的创伤处理与简易外科手法，甚至谨慎地引入了部分希腊的解剖知识作为参考。他绘制了改进后的手术器械图样，强调了术前麻醉（采用曼陀罗等药物）、术中止血、术后护理与预防“风邪”（感染）的重要性。他写道：“外科之法，非只莽夫之勇，实乃仁心之极。刀圭所及，关乎生死，故需胆大心细，明察秋毫，更需药石相辅，促其生肌长肉……”
着述的过程，亦是不断验证与完善的过程。阿树时常将书稿中的思路与方法，应用于济世堂的病患。一位罹患“附骨疽”（慢性骨髓炎）多年、溃口流脓不止的老者，经多位名医治疗无效。阿树仔细检查后，认为内有死骨羁留，脓毒难清。他借鉴波斯清创之术，在曼陀罗汤麻醉下，小心扩大创口，取出数块细小死骨，然后以加入波斯“没药”、“乳香”的生肌散填入，配合内服托毒生肌的汤药。月余后，溃口竟神奇愈合，多年痼疾得除。此案被他详细记录于“术”篇之中，作为融合外科与内科治疗的典范。
李仁溥将阿树的一些诊疗案例和初步书稿，分享给太医署的几位开明博士和京中知名医家。起初，质疑与争议之声不绝。尤其对“剖割之术”和“夷狄之药”，许多恪守传统的医者难以接受。
一位须发皆白的老太医在太医署的论案上当面诘问：“阿树先生，我中华医道，博大精深，以内治为本，调和阴阳，自有堂堂正道。何必效那蛮夷之术，操持刀斧，惊扰气血？更何况，身体发肤，受之父母，岂可轻易毁伤？”
阿树从容应答，先向老太医恭敬一揖，然后道：“前辈所言极是，内治为本，乃医道之根。然，疾病变化万千，有如寇匪，有时盘踞筋骨巢穴，药力难达。譬如附骨之疽，内有死骨，如同匪占坚城，若不拔除其据点，纵有良药百万，亦难奏全功。此时，以外科之法，辅以内治之药，正如同精兵拔寨，粮草后继，方可克敌制胜。晚辈所用，非是徒恃刀斧，乃是审时度势，内外兼治，其目的，与前辈秉持之‘扶正祛邪’之理，并无二致。至于身体发肤，晚辈更是慎之又慎，非万不得已，绝不轻用。所用之法，皆以挽救性命、解除极大痛苦为要，此亦是大孝、大仁之体现。”
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