把1892种药材分成了16部、60类，比如“草部”、“木部”、“虫部”、“兽部”、“果部”等等，这种分类方法跟现代植物学、动物学的分类法特别像，比欧洲的“林奈分类法”早了一百多年。
而且，他还在每一种药材下面，都写了“释名”（解释名字的由来）、“集解”（收集历代的说法）、“正误”（纠正错误）、“气味”（味道和药性）、“主治”（能治的病）、“发明”（自己的发现）、“附方”（相关的药方），内容详细到让人惊叹。
编写过程中，最麻烦的是“画图”。
为了让读者能准确识别药材，李时珍特意请了当地的画工，按照自己的描述和标本，画出药材的根、茎、叶、花、果。
有时候画工画得不对，他就亲自示范，甚至带着画工去山里，指着真正的药材说：
“你看，这叶子是锯齿状的，不是圆形的；
这花是五瓣，不是六瓣。”
就这样，《本草纲目》里一共画了1109幅药材图谱，每一幅都栩栩如生，比现在的“植物图鉴”还靠谱。
可就在编写快要完成的时候，意外发生了———
李时珍的家里着了一场大火，很多手稿和标本都被烧了。
看着烧焦的笔记本，李时珍心疼得直掉眼泪，徒弟们都劝他：
“师傅，算了吧，都烧了这么多，重新写太费劲了。”
李时珍却擦干眼泪，拿起笔说：
“不行，这书必须写完！
我已经写了十几年了，不能就这么放弃。
烧了的，我就重新回忆、重新调研，就算再花十年，我也要把它写完！”
就这样，他又花了五年时间，重新补充、修订手稿，甚至比原来的内容更详细了。”
【作者有话说? (??3(???c)：
我曾是大明的采药医者，踏遍群山尝百草着《本草》正谬误，怎料旧籍错漏难辨、书稿未刊便遭搁置，v我几个免费的“为爱发电”助我校勘定稿，成书之日定让尔等识尽百草真颜、免受药误之苦！?】
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