牛痘接种的成功让苏晚晚在民间的声望如日中天，然而在太医院内部，暗流却愈发汹涌。
这日寅时，苏晚晚照例到太医院点卯，却发现院中气氛异常。众太医三三两两聚在一起窃窃私语，见她进来立即散开，眼神躲闪。
院使大人。张明德匆匆走来，面色凝重，出事了。
苏晚晚心中一紧：何事？
今早发现药库中一批贵重药材不翼而飞，其中就有皇上特赐的千年人参。
苏晚晚蹙眉：可有查过出入记录？
查过了，张明德压低声音，记录显示...最后经手的人是您。
苏晚晚顿时明白，这是有人要陷害她。千年人参是雍正特赐给她研究药方的，如今失窃，她难辞其咎。
立即封锁太医院，所有人不得出入。她冷静下令，张太医，你带人仔细搜查每个角落。
然而搜查结果令人失望，药材如同人间蒸发。更糟的是，这时养心殿传来消息：皇上突发急病，需要那支千年人参入药！
太医院乱作一团。王太医趁机发难：苏院使，皇上待你不薄，你怎能监守自盗？如今皇上病重，若因缺了这味药有个闪失，你担待得起吗？
众太医纷纷附和，要求严惩苏晚晚。
就在这千钧一发之际，苏晚晚突然想起一事：等等！我记得那支人参的须根上有一处特殊的疤痕。
她转向药库管事：最近可有人取用过人参须根？
管事想了想：前日王太医取过一些，说是配药所需。
苏晚晚立即带人前往王太医的值房。经过仔细搜查，果然在暗格中找到了被切去须根的千年人参！
王太医，你还有什么话说？苏晚晚冷声问道。
王太医面色惨白，却仍强辩：这...这是有人栽赃陷害！
是不是陷害，一验便知。苏晚晚取出一瓶特制药水洒在人参上，切口处立即显现出特殊的印记，这是我特制的防伪标记，就是为了防止有人偷梁换柱。
铁证如山，王太医瘫软在地。
经审问，他供出是受裕亲王指使。裕亲王是康熙的幼子，一直对雍正继位心怀不满，想要通过陷害苏晚晚来打击皇帝威信。
雍正得知真相后震怒，下旨将裕亲王革去爵位，圈禁宗人府。王太医被逐出太医院，流放宁古塔。
经此一事，苏晚晚在太医院的威信大增。但她明白，这只是权斗的冰山一角。
果然，不久后新的危机又出现了。
这日，苏晚晚正在研究新的药方，突然接到齐妃宫中的急报：齐妃突发怪病，全身起满红疹，奇痒难忍。
她立即赶往永寿宫。齐妃躺在床上，痛苦不堪，见苏晚晚进来，厉声斥责：
苏晚晚！是不是你给本宫下了毒？
苏晚晚诊脉后，发现这是中了七日痒的毒。这种毒不会致命，但会让人痛苦七天七夜，极其折磨人。
娘娘误会了。她平静地说，这是有人下毒。不过臣有解毒之法。
她开出药方，又亲自煎药。三日后，齐妃痊愈，但对苏晚晚的态度依然冷淡。
院使大人何必救她？张明德不解，齐妃一向与您不和。
苏晚晚轻叹：医者父母心。况且，我要查清是谁在背后搞鬼。
调查发现，下毒的是齐妃的贴身宫女，而指使者竟是刚被复位的端妃！
端妃因太后求情，不久前被雍正复位。她一回来就迫不及待地要报仇雪恨。
苏晚晚将证据密报雍正。雍正权衡再三，只是将端妃降为贵人，以示惩戒。
这个处罚不痛不痒，端贵人更加怀恨在心。
与此同时，朝中关于立储的争论愈演愈烈。齐妃所出的大阿哥和端贵人所出的二阿哥都有支持者，两派明争暗斗，把后宫也卷入其中。
这日，苏晚晚奉命为各位皇子请平安脉。在给二阿哥诊脉时，她发现一个惊人的事实：二阿哥患有先天性心脏病！
在这个时代，这是不治之症。二阿哥很可能活不过成年。
她将实情密报雍正。雍正听后久久不语，最终长叹：天意如此。
这个消息不知如何泄露出去，朝中立即掀起轩然大波。支持大阿哥的大臣趁机发难，要求立即立储。
端贵人也疯了似的四处活动，想要挽回局面。她甚至找到苏晚晚，威逼利诱要她改口。
苏院使，只要你说是诊错了，本宫保你荣华富贵。端贵人眼中闪着疯狂的光。
苏晚晚断然拒绝：臣不能违背医德。
端贵人恨恨离去。苏晚晚知道，她绝不会善罢甘休。
果然，数日后，太医院接到举报：苏晚晚在给各位娘娘请脉时行为不端！
举报者是端贵人的心腹宫女，她声称亲眼看见苏晚晚在给端贵人请脉时手脚不规矩。
这个指控恶毒至极。在这个注重礼教的时代，若是坐实，苏晚晚必死无疑。
雍正亲自过问此事。养心殿内，端贵人哭得梨花带雨：
皇上要为臣妾做主啊！那苏晚晚借着诊脉的机会，对臣妾...对臣妾...
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