故事的开始，是两位考古学家也就是男女主角在苏格兰发现了三万五千年前的星图壁画，这幅星图指向距离地球34.56光年的一颗行星，这颗行星，被命名为LV-223。
不久之后，为了探寻人类的起源，普罗米修斯计划启动。这项计划由贯穿整个异形世界的韦兰德公司筹资发起，共耗资一万亿美元。
参与计划的成员，包括船员、科学家以及韦兰德公司的女总裁搭乘“普罗米修斯”号飞船前往LV-223星球。
经过两年的漫长飞行，飞船到达LV-233行星，然而到达这里，等待他们的并不是发现人类起源的惊喜，而是灾难的开始。
这颗行星是被他们称作“工程师”的外星人的研发基地，而他们所研发的，就是大名鼎鼎或者说臭名昭着的异形。而这些异形被研发出来的目的，就是毁灭地球的所有生物！
只不过，很久之前这座研发基地发生了意外，这些所谓的工程师失去了对异形的控制而被自己制造的生化武器所反噬，最终只有一名工程师活了下来，并一直将自己保存在他们飞船的休眠仓。
而普罗米修斯号上的成员，到达这颗行星之后，先后遭遇了异形还有工程师的袭击，再加上内部出现问题，内忧外患之下，最终绝大部分人死去，普罗米修斯号飞船也彻底损毁，只有女主角伊丽莎白·肖和仿生人戴维活了下来。
伊丽莎白·肖使用仿生人戴维向地球发送了一段警告讯息之后，便一起搭乘工程师遗留在行星中的飞船，前往工程师的母星，去探寻他们为什么想要毁灭人类的真相。
不过，接下来的事情，就是另一场灾难的开始了。
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