然而，灭佛政策在执行过程中遇到了许多实际问题。首先是人员安置问题，大量僧尼还俗后需要安排生计；其次是财产处理问题，寺院拥有的土地、财物需要合理分配；最重要的是信仰问题，如何应对虔诚佛教徒的抵抗。这些问题都需要妥善解决，否则可能引发新的社会动荡。
太子拓跋晃在此期间发挥了关键作用。他利用监国的身份，暗中指示一些地方官员放缓执行力度，为佛教徒提供逃亡时间。他还通过自己的佛教导师玄高，秘密组织僧侣保护经卷佛像，将重要法器转移到安全地点。这些措施虽然不能阻止灭佛的大趋势，但为佛教保留了一线生机。
盖吴起义在六月被彻底镇压，盖吴本人战死。但起义的影响远未结束。太武帝从这次事件中得出的结论是：必须加强中央集权，消除一切可能威胁统治的因素，而佛教正是其中之一。因此，即使起义已经平定，灭佛的步伐却没有停止，反而变得更加坚决。
到太平真君七年七月，灭佛运动已经在全国范围内展开。从平城到洛阳，从长安到邺城，到处都可以看到被查封的寺院、被毁坏的佛像、被强制还俗的僧尼。佛教在中国北方似乎面临着前所未有的危机。
然而，深谙政治智慧的太武帝也意识到，过激的宗教政策可能带来副作用。因此，在推行灭佛的同时，他也采取了一些安抚措施。比如规定年老体弱的僧尼可以暂缓还俗，允许保留部分寺院作为道教场所，对配合政策的佛教徒给予一定补偿等。这些措施在一定程度上缓解了社会矛盾。
盖吴起义与灭佛运动的关系是复杂而多维的。起义暴露了北魏统治下的社会矛盾，而佛教寺院在这个过程中扮演了矛盾焦点的角色。太武帝和崔浩利用这个时机推行彻底的宗教改革，既是为了解决现实问题，也是为了推进他们的政治理想。这一系列事件不仅改变了北魏的宗教格局，也对整个中国佛教史产生了深远影响。
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