漕运总兵官一职，在明朝是超脱品级的存在，因其多由侯爵或伯爵担任，其地位远高于九品十八级的常规官制。
漕运总督见总兵官时需行上礼问候，若欲办理重要事务，也必须事先请示总兵官，否则即属越权，会遭到追责问罪。
朱祁镇的这一系列措施，并未白费。他的改革有效地巩固了皇权，遏制了文官权力的继续扩张。
这种情况一直延续到万历年间，直到李三才上任，才彻底打破这一持续百年的文武权力平衡。
李三才此人，在推动东林党发展，以及维系地方官绅大族方面，发挥了极为重要的作用。
他掌权之后，第一件事便是将万历皇帝派来的矿税太监驱逐回京，接着便开始干涉漕运总兵官的职权，意图夺权。
当时担任漕运总兵官的是王守仁的孙子王承勋。虽然其祖父声名显赫，但王承勋本人却能力平庸，胆识全无。面对李三才的强势举动，他毫无抵抗之力，只能一味退让。
李三才察觉到王承勋的软弱无能，行事愈发肆意妄为，最终将王承勋压制得毫无还手之力。
自此，维系了百余年的“重文轻武”格局彻底被打破。
由于明朝海运极不发达，几乎已经放弃，而河运事务又完全可以由文臣独立完成，武官的地位自然就显得多余。
万历四十年，王承勋突然上奏皇帝，请求辞官返回京城。万历皇帝批准了他的请求。
文臣们趁此机会上奏，建议裁撤漕运总兵官与参将职位，万历皇帝再次准奏。从此，这条至关重要的运河完全落入文官掌控之中。
十三位负责漕运的把总被划归总督府统辖，军权也随之落入文臣之手。
自从李三才被罢免后，漕运总督一职便空缺了十余年。
但总督府的文官系统仍在正常运转，并未受到太大影响。
朱由校若不想受制于人，漕运事务必须亲自掌控，必须安排自己的人前去接任，夺回实权。
于是，他借着一份关于疏浚运河的奏疏，立刻下令朝臣推举新的漕运总督人选。
此事决定得十分仓促，朱由校本人也尚未有明确人选，但事不宜迟，必须立即着手。
他只能将此事交由群臣讨论，先推举出几位候选人，他也能借此时间思考合适人选。
对于皇帝的这一提议，朝臣似乎也颇感兴趣。不久，一位官员便出列大声奏道：
“启禀陛下，臣恳请重新启用原漕运总督、户部尚书李三才，委以重任！”
紧接着，御史房可壮也上前附议，明确表示支持李三才复职。
言辞激昂，详细陈述了李三才在任时的政绩、所获嘉奖，以及他在民间和士林中的极高声望，唯恐皇帝对其不够了解。
他的一番陈词迅速将气氛推向高潮，众多官员纷纷出列，表示支持李三才复任。
朱由校神色平静，不置可否，只靠在椅上闭目养神，手中轻抚玉佩，静待下文。
他正在等待另一种声音的出现，一种对他更有利的声音。
他对李三才这个人极为熟悉。此人曾率领一个庞大利益集团登顶权力高峰，在当时影响力巨大，确实不容小觑。
常言道，树大招风，李三才终究不是完人，无法做到人人敬仰。
在万历晚期，他的仕途开始遭遇多方责难，弹劾之声络绎不绝。
不仅朝廷中枢有人不满，就连远在南京的官场，也有不少心怀嫉妒之人，接连上书揭发李三才种种所谓罪行。
如今，对他不满之人依然不少，那些秉持正义、敢于直谏的清流之臣，尚有存者。
果不其然，朱由校预料中的反对声浪迅速出现。
通政参议吴殿邦从队列中走出，向皇帝行礼之后高声进言：
“陛下，万万不可启用李三才，臣愿以死相谏！”
“此人先前任职之时，擅权营私，假借国威谋取私利，实乃欺世之徒！”
“万历四十二年，御史刘光傅便曾揭发此贼隐秘劣迹，其竟敢私占皇家木料二十二万根，用于修建私宅，胆大妄为之极！”
“贪污受贿所得金银无数，连账簿都记不胜记！”
“任漕运总督时，南京六部官员多次上疏抨击其恶行，苛敛重赋，使漕运体系紊乱不堪，民间苦不堪言。”
“为官期间，与前任吏部尚书于玉立勾结，暗中结党，操控官员选拔任免，致使朝纲不振，吏治腐败。”
“因其朝中势力盘根错节，不少官员反而为其开脱，只为自保。”
“昔年神宗皇帝病重，无暇过问政务，此贼遂得苟延残喘，逃过清算！”
“未料今日竟有人为其翻案，欲使其再度居官，实乃奸党未尽，其罪难赦，请陛下速决，将其严惩！”
吴殿邦虽职位不高，但言辞激烈，直揭往昔旧账，毫不留情。
刚刚还在力荐李三才的大臣们，此时已是怒不可遏。
御史刘廷宣立即出面驳斥，指责吴殿邦恶意中伤，诽谤重臣。
吴殿邦丝毫不让，反击称刘廷宣不愧是奸佞爪牙。
两人便在殿上唇枪舌剑，各执一词，一方誓保李三才，一方必欲除之而后快，互不相让。
而内阁及各部要员，包括保皇一派，始终沉默不语，皇帝亦作壁上观。
这正是朱由校心中所愿，朝堂之上，唯有纷争不断，方能确保皇权稳固，不容任何一股势力坐大。
两人争吵许久，情绪非但没有平息，反倒越发激烈。殿下的文官们悄悄抬头，目光投向高座之上的皇帝。
朱由校见时机成熟，猛然一声喝止：
“够了！身为朝廷命官，竟敢在朝堂之上当着朕的面争吵不休，言语粗鄙如同街市泼妇，还有何颜面立于朝班？”
“即刻将二人押下，各责四十廷杖，并停发一年俸禄，以儆效尤！”
话音刚落，朱由校悄然对王朝辅使了个眼色。王朝辅会意，立刻高声催促：
“还在等什么？还不将他们拖下去，照旨行事！”
说罢，他望向一旁准备执行命令的杨寰，手中拂尘轻轻一甩。
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