桓玄逃到寻阳，郭昶之给他提供了各种器具物资和兵力支持。三月辛未，桓玄强迫皇帝往西走，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队在后面紧追不舍。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之驻守湓口。桓玄在逃亡路上还亲自写《起居注》，讲述讨伐刘裕的事儿，把自己说得好像谋划得完美无缺，全是各路军队不听指挥，才导致最后失败逃跑。他一门心思都在写这个，根本没时间跟手下人商量当下的局势。《起居注》写完后，还到处给人看。
三月丙戌，刘裕宣称接到皇帝的秘密诏书，让武陵王司马遵秉承皇帝旨意，总管百官事务，加封为侍中、大将军，同时宣布大赦天下，但桓玄一族不在赦免范围内。
刘敬宣、高雅之联合青州的大姓家族以及鲜卑的豪强首领，打算谋杀南燕主慕容备德，推举司马休之当头儿。慕容备德任命刘轨为司空，对他特别宠信。高雅之想拉刘轨一起参与谋划，刘敬宣说：“刘公年纪大了，就想在齐地安稳过日子，这事儿别告诉他。”但高雅之最后还是跟刘轨说了，刘轨没答应。结果这事儿不小心泄露了，刘敬宣等人往南逃跑，南燕的人抓住刘轨，把他杀了，又追上高雅之，也把他杀了。刘敬宣、司马休之逃到淮水、泗水一带，听说桓玄战败，就又回来归附东晋，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，就命令北地王慕容钟等人带兵，准备趁机拿下江南地区，结果正好慕容备德生病，这事儿就搁置了。
夏天四月己丑，武陵王司马遵进入东宫居住，宫里宫外的人对他都毕恭毕敬。他任免百官的时候，用的是皇帝诏书的格式，发布的命令叫令书。司马遵任命司马休之监理荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事，兼任荆州刺史。
四月庚寅，桓玄挟持着皇帝到了江陵，桓石康把他们接了进去。桓玄重新安排了百官职位，任命卞范之为尚书仆射。他觉得自己刚吃了败仗，担心威严和命令没人听，就进一步加重刑罚，这下大家心里更不满，都开始怨恨他。殷仲文劝他别这样，桓玄生气地说：“现在因为将领们作战失利，再加上天象对我们不利，所以才回到旧都江陵。可那些小人物还叽叽喳喳，乱提意见！现在就得用强硬手段整治，不能心软姑息。”荆、江各郡听说桓玄逃亡到这儿，有人上表问候他的起居情况，桓玄都不接受，反而让各地为他迁都到江陵庆贺。
当初，王谧是桓玄称帝的重要辅佐大臣，桓玄接受禅让的时候，就是王谧亲手解下皇帝的玉玺和绶带。桓玄战败后，大家都觉得王谧应该被杀，只有刘裕特别出面保全了他。刘毅曾经在朝会的时候，故意问王谧玉玺绶带在哪儿。王谧心里特别不安，就逃到曲阿。刘裕写信给武陵王，把王谧又迎回来恢复了职位。
桓玄哥哥的儿子桓歆带着氐族首领杨秋进犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起迎击，把他们打败了，还在练固斩杀了杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人，和何澹之等人一起防守湓口。何无忌、刘道规的军队到了桑落洲，四月庚戌，何澹之等人带领水军迎战。何澹之平常乘坐的战船装饰得特别华丽，旗帜飘扬，很是威风。何无忌说：“敌军主帅肯定不在这艘船上，这就是想迷惑咱们，得赶紧攻打它。”大家都说：“何澹之不在这船上，就算拿下也没啥用。”何无忌说：“现在咱们人少，敌人人多，打仗很难有绝对的胜算。何澹之既然不在这艘船，那船上的守卫肯定不强，咱们派精兵攻打，一定能拿下。拿下这艘船，敌人的士气就会受挫，咱们的士气就会加倍，趁势进攻，肯定能打败敌人。”刘道规说：“好主意！”于是就带兵去攻打，果然拿下了那艘船，然后大声喊：“已经抓住何澹之啦！”何澹之的军队一下子就乱了阵脚。何无忌这边的士兵也以为真抓住了何澹之，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，进而占据寻阳，还派使者把宗庙的牌位送回京城。朝廷加封刘裕为都督江州诸军事。
桑落洲这场战斗中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全副铠甲跳进水里，潜游了三十来步，才爬上了岸。当时去江陵的路已经被截断，他只好回到豫章。刘裕早就听说胡籓为人忠诚正直，就把他招来，让他参与领军军事。
桓玄在荆州收拢兵力，还不到三十天，就又聚集了两万人，战船和器械也都很充足。四月甲寅，桓玄又带着各路军队，挟持着皇帝向东进发，任命苻宏为梁州刺史，作为前锋；还派散骑常侍徐放先去，劝刘裕等人说：“如果你们能收兵解散，我们可以重新开始，给你们每个人都安排职位，保证你们的待遇。”
刘裕任命诸葛长民都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀掉社仑，没成功，就逃到北魏去了。
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