当初，黄门侍郎荀攸和尚书郑泰、侍中种辑等人商量说：“董卓这人又骄横又残忍，还没什么亲信，虽说他手里有强大的军队，但本质上就是个莽夫，咱们可以直接找机会把他刺杀了。”这事儿都快成了，结果被发现了，荀攸被抓进了监狱，郑泰则逃去投奔袁术。荀攸在监狱里该吃吃该喝喝，跟没事儿人似的，正巧赶上董卓死了，他这才被放了出来。
青州的黄巾军来攻打兖州，兖州刺史刘岱想带兵去迎击，济北相鲍信劝他说：“现在黄巾军有上百万，老百姓都吓得不轻，咱们的士兵也没什么斗志，根本打不过啊。而且黄巾军没有粮草辎重，就靠到处抢掠维持。咱们不如先养精蓄锐，坚守城池。他们想打打不了，想攻又攻不下，时间一长肯定会军心涣散。然后咱们挑选精锐部队，占据要害之地，再出击就能打败他们。”刘岱不听，还是去和黄巾军交战，结果真的被黄巾军给杀了。曹操的部将，东郡的陈宫对曹操说：“现在兖州没了刺史，朝廷的命令也传达不到这儿，我去劝说兖州的官员，您赶紧去接管兖州，以此为根基来谋取天下，这可是成就霸业的好机会啊。”于是陈宫就去劝兖州的别驾、治中，说：“如今天下大乱，兖州没有主心骨，曹东郡可是当世难得的人才，如果把他请来当兖州刺史，一定能让老百姓过上安稳日子。”鲍信等人也觉得有道理，就和兖州的官员万潜等人一起到东郡，迎接曹操来担任兖州刺史。曹操于是带兵在寿张东边攻打黄巾军，但战事进展不顺利。黄巾军又精锐又强悍，曹操的兵力却又少又弱。不过曹操不断安抚激励士兵，明确赏罚制度，抓住机会用奇谋，日夜和黄巾军交战，每次战斗都能有所斩获，黄巾军这才慢慢退走。鲍信在战斗中不幸战死，曹操悬赏寻找他的尸体，却怎么也找不到，只好用木头刻了个鲍信的样子，对着它祭祀痛哭。朝廷下诏任命京兆人金尚为兖州刺史，金尚正准备去上任，曹操半路截击他，金尚没办法，只能逃去投奔袁术。
五月，朝廷任命征西将军皇甫嵩为车骑将军。
当初，吕布劝王允把董卓的部下全都杀了，王允说：“这些人又没犯罪，不能杀。”吕布又想把董卓的财物赏赐给公卿大臣和将领校尉们，王允还是不同意。王允一直把吕布当成一般的剑客看待，吕布觉得自己功劳很大，经常自我夸耀，现在愿望没实现，心里就越来越不平衡。王允性格刚直，痛恨邪恶，一开始因为害怕董卓，所以对他低声下气。董卓被杀后，王允觉得再也没有什么忧患了，就变得很骄傲，因此下属们对他也不太亲近。王允一开始和士孙瑞商量，打算专门下诏赦免董卓的部下，可后来又犹豫了，说：“这些部下都是听从他们主公的命令。现在如果把他们定性为恶逆之人，却又赦免他们，恐怕反而会让他们更加怀疑自己，这可不是安抚他们的好办法。”于是就没这么做。接着又有人提议干脆解散董卓的军队，有人劝王允说：“凉州人一直害怕袁绍，又忌惮关东的军队，如果现在一下子解除他们的武装，打开函谷关，他们肯定人人自危。可以让皇甫嵩当将军，统领他们的军队，让他们留在陕县，以此安抚他们。”王允说：“不行。关东起兵的那些人，都是我们这边的。现在如果让他们占据险要之地，屯兵陕县，虽然能安抚凉州人，却会让关东的人起疑心，这可不行。”
当时民间传言说要把凉州人全都杀掉，董卓原来的将领和校尉们听到后，都人心惶惶，互相惊恐煽动，纷纷拥兵自保，还互相说：“蔡邕就因为和董公关系好，都受牵连被杀了。现在不但不赦免我们，还想解散我们的军队，今天解散军队，明天我们就会像鱼肉一样任人宰割！”吕布派李肃到陕县，拿着诏书去杀牛辅，牛辅等人反过来和李肃交战，李肃战败，逃到弘农，吕布把他杀了。牛辅这人胆小，没守住阵地，正好军营里无缘无故自己惊扰起来，牛辅想逃跑，被身边的人给杀了。李傕等人回来的时候，牛辅已经死了，李傕等人没了依靠，就派使者到长安请求赦免。王允说：“一年之内不能赦免两次。”拒绝了他们。李傕等人更加害怕，不知道该怎么办，打算各自解散队伍，偷偷跑回故乡。讨虏校尉，武威人贾诩说：“各位要是抛弃军队独自逃跑，随便一个亭长就能把你们抓住。不如大家一起往西去，攻打长安，为董公报仇。要是事情成功了，就可以尊奉朝廷来匡正天下；要是没成功，再逃跑也不迟。”李傕等人觉得有道理，就一起结盟，率领几千人，日夜往西赶路。王允因为胡文才、杨整修都是凉州有头有脸的人物，就把他们叫来，派他们往东去，想让他们去劝李傕等人罢兵，而且对他们脸色也不好，还说：“关东那些家伙，想干什么？你们去把他们叫回来！”于是这两人去了，其实是把李傕的军队召了回来。李傕一路上不断收拢士兵，等到达长安的时候，已经有十多万人了。他们和董卓原来的部曲樊稠、李蒙等人一起包围了长安城。长安城城墙高大险峻，不好攻打，他们围攻了八天。
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