其二，位于贵州省境内，下达命令要求将原本的黔军第一营进行大规模扩编，使其成为拥有一万名兵员的完整师级编制部队。这支新成立的黔军第一师同样享有正规军的优厚待遇，直接归属于贵州提督鲁钦的统率之下。
其三，在四川省方面，首先将原有的川军第一营扩编成规模更大的第一师，在此基础之上，进一步着手组建第二师和第三师。如此一来，整个川军部队的总人数达到了三万之众。并且，这三个师都毫无例外地享受着正规军的各种待遇。其中，四川提督杜文焕亲自兼领第一师；秦佐明受命统领第二师；秦拱明则掌管第三师。不仅如此，还特别整编训练了一万人的石柱白杆兵队伍，作为川军的第四师存在，暂时交由巾帼英雄秦良玉负责管理。
其四，除上述已经明确编制和归属的军队之外，凡是身处四川地区的所有官兵、土司所属的土兵以及前来支援四川战事的各路援军等，均按照每五千人一组的方式重新整编成一个个独立的营级单位。这些众多的军营全部接受总督朱燮元的统一编练指挥，以便能够更好地协同作战，共同应对当前复杂多变的战局形势。
除了赋予师、营编制之外，所有新编练之士兵将每年获得十八两银子的饷银。而不合格之兵，全部裁撤，回籍务农。
相信，经过编练之后的西南军队，一定会比原世界时候更加具有战斗力，西南四省集结、整编之所有兵力将会突破十万余人，而这庞大的军队一年所需的军饷就要将近二百万两银子，消耗的粮食更加庞大。
为此，已经往四川配发了内帑数百万两银子的朱由校还嫌不够，又命户部拨付了五百万两白银运往四川。一手大刀，一手白银，相信朱燮元能更好的推进改土归流策略。
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