回到瀛台后，光绪大病一场。太医诊断为"肝郁气结，心肾不交"，但他拒绝服药，只让太监找来《万国公报》旧刊，在灯下一页页翻看。有一次，他发现报纸上刊登着自己与康有为的合影（实为拼接而成），竟对着照片喃喃自语："南海先生，朕对不起你。"（《瀛台泣血记》）这话被监视的太监报给慈禧，她当即下令："今后凡西洋报纸、书籍，一概不许送入瀛台！"
最让光绪绝望的是与外界的隔绝。他曾托心腹太监给张之洞送信，想了解南方新政废除的情况，信却被截获在慈禧面前。慈禧拿着那封用胭脂写就的密信，冷笑着对李莲英说："他还以为有人会帮他？那些汉臣精明得很，此刻早就忙着撇清关系了。"果然，不久后张之洞便上了一道《劝学篇》，力陈"中学为体，西学为用"，与维新派划清界限。
政变虽以慈禧的胜利告终，但变法的影响并未被全部消除。在天津，严复翻译的《天演论》仍在私下流传，"物竞天择，适者生存"的警句被青年学子抄在扇面上；在上海，商务印书馆偷偷重印《孔子改制考》，只是将作者名字改成了"匿名"；在湖南，谭嗣同的家乡浏阳，百姓们为他立了"义士祠"，每逢忌日便有人前去焚香。
守旧派内部也并非铁板一块。荣禄虽镇压维新派有功，却对慈禧废除全部新政的做法颇有微词，他在给张之洞的密信中说："变法固不可急，然一概复旧，恐蹈宋明积弊。"（《荣禄存札》）而湖广总督张之洞、两江总督刘坤一等地方督抚，则阳奉阴违地保留了部分实业新政，如汉阳铁厂、江南制造总局仍在扩建，只是对外宣称"系光绪初年旧案"。
国际舆论更是对政变口诛笔伐。英国《泰晤士报》发表社论："慈禧太后的政变使中国错失了最后一次和平改革的机会，这个古老的帝国或将在革命的烈火中重生。"日本《朝日新闻》则详细报道了六君子就义的经过，称谭嗣同为"东方的布鲁诺"。这些报道通过传教士传入中国，让更多人看清了清廷的腐朽。
光绪二十五年正月（1899年2月），瀛台的冰面开始融化。光绪帝在涵元殿的墙壁上刻下许多"杀"字，笔画深可见骨。而在颐和园，慈禧正与荣禄商议立储之事，她指着端郡王载漪的儿子溥儁说："这孩子聪明伶俐，不如过继给光绪，做个大阿哥。"荣禄低头应诺，眼角的余光却瞥见窗外新发的柳条，在寒风中微微颤动。
这场以政变告终的改革，终究没能挽救病入膏肓的清王朝。光绪帝的囚居生涯还要持续十年，而六君子的鲜血，正悄然浇灌着革命的种子。正如谭嗣同临刑前预言的那样："各国变法，无不从流血而成"，中国的新生，注定要在剧烈的阵痛中孕育。
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